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如何運(yùn)行plink軟件--三種方法

有小伙伴問我:

?

飛哥,plink的命令在哪里輸入?

?

同樣的問題還有:

  • 如何安裝plink軟件
  • plink軟件的圖標(biāo)是什么
  • plink軟件有沒有快捷方式
  • ……

你以為plink軟件像word或者Excel一樣?

或者你以為plink軟件像Python或者R語言一樣?

不不不,它只是一個(gè)軟件,一個(gè)只能在命令行添加參數(shù)的軟件,沒有圖形界面,沒有快捷方式,不能用鼠標(biāo)點(diǎn)擊的軟件。

現(xiàn)在我提供三種方法,來運(yùn)行plink軟件。

首先是下載軟件:https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/

下載到本地,解壓即可。

比如windows系統(tǒng),解壓下如下:

第一種方法:直接調(diào)用

很多人都是先在windows鍵找到cmd,然后再進(jìn)入相關(guān)文件夾,其實(shí)有個(gè)簡單的方法:直接在文件夾路徑中輸入cmd回車:

上面黑黑的框,就是cmd的終端,在里面運(yùn)行plink軟件。

如果輸入plink.exe,就會出現(xiàn)幫助文檔:

將plink文件變?yōu)?-1-2的編碼形式:、

>plink --file toy --recodeA --out a1

結(jié)果:

如果有自己的文件,可以按照這個(gè)方式,將plink.exe放到自己的文件夾中,然后按照這種方式執(zhí)行命令即可。

2. 放到環(huán)境變量中

這是經(jīng)典的一種方法,還記得配置java環(huán)境嗎,就是加入到環(huán)境變量中。如果了解到Linux系統(tǒng),它就像bin文件夾一樣。它的好處是可以在其它文件夾中直接調(diào)用,就像你可以在任何文件夾中新建excel一樣。

首先,復(fù)制這個(gè)路徑:

然后,打開我的電腦,右鍵--屬性--高級系統(tǒng)設(shè)置

直接在上面的2中雙擊也是比較簡單的:點(diǎn)擊新建,然后粘貼進(jìn)去plink.exe的路徑即可。

測試:

隨便進(jìn)入一個(gè)路徑,在目錄下鍵入cmd,進(jìn)入終端:

鍵入plink,就會出現(xiàn)幫助文檔:

然后輸入命令即可。

3. 使用git和bin模仿Linux系統(tǒng)

第三種,也是最簡單的一種,安裝git軟件,然后右鍵打開git的終端:

然后運(yùn)行下面命令,將plink.exe放到bin文件夾下:

 mkdir ~/bin/; cp plink.exe ~/bin/

鍵入plink,就可以看到幫助文檔,說明已經(jīng)搞定了。

測試一下:

plink --file toy --recodeA --out a1

結(jié)果:

所以,你知道GCTA在windows是如何運(yùn)行的吧?有三種方法……


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