有小伙伴問我:
?飛哥,plink的命令在哪里輸入?
?
同樣的問題還有:
你以為plink軟件像word或者Excel一樣?
或者你以為plink軟件像Python或者R語言一樣?
不不不,它只是一個(gè)軟件,一個(gè)只能在命令行添加參數(shù)的軟件,沒有圖形界面,沒有快捷方式,不能用鼠標(biāo)點(diǎn)擊的軟件。
現(xiàn)在我提供三種方法,來運(yùn)行plink軟件。
首先是下載軟件:https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/
下載到本地,解壓即可。比如windows系統(tǒng),解壓下如下:
很多人都是先在windows鍵找到cmd,然后再進(jìn)入相關(guān)文件夾,其實(shí)有個(gè)簡單的方法:直接在文件夾路徑中輸入cmd回車:
上面黑黑的框,就是cmd的終端,在里面運(yùn)行plink軟件。如果輸入plink.exe,就會出現(xiàn)幫助文檔:
將plink文件變?yōu)?-1-2的編碼形式:、
>plink --file toy --recodeA --out a1
結(jié)果:
如果有自己的文件,可以按照這個(gè)方式,將plink.exe放到自己的文件夾中,然后按照這種方式執(zhí)行命令即可。
這是經(jīng)典的一種方法,還記得配置java環(huán)境嗎,就是加入到環(huán)境變量中。如果了解到Linux系統(tǒng),它就像bin文件夾一樣。它的好處是可以在其它文件夾中直接調(diào)用,就像你可以在任何文件夾中新建excel一樣。
首先,復(fù)制這個(gè)路徑:
然后,打開我的電腦,右鍵--屬性--高級系統(tǒng)設(shè)置
直接在上面的2中雙擊也是比較簡單的:點(diǎn)擊新建,然后粘貼進(jìn)去plink.exe的路徑即可。
測試:隨便進(jìn)入一個(gè)路徑,在目錄下鍵入cmd,進(jìn)入終端:
鍵入plink,就會出現(xiàn)幫助文檔:然后輸入命令即可。第三種,也是最簡單的一種,安裝git軟件,然后右鍵打開git的終端:
然后運(yùn)行下面命令,將plink.exe放到bin文件夾下: mkdir ~/bin/; cp plink.exe ~/bin/
鍵入plink,就可以看到幫助文檔,說明已經(jīng)搞定了。測試一下:
plink --file toy --recodeA --out a1
結(jié)果:所以,你知道GCTA在windows是如何運(yùn)行的吧?有三種方法……
分割線
大家好,我是鄧飛,一個(gè)持續(xù)分享的農(nóng)業(yè)數(shù)據(jù)分析師,這里我將自己公眾號的干貨內(nèi)容挑重點(diǎn)羅列一下,方便大家閱讀和使用。
1,GWAS學(xué)習(xí)教程(快來領(lǐng)取 | 飛哥的GWAS分析教程),這個(gè)pdf是我將公眾號的內(nèi)容進(jìn)行了匯總,更方便從頭學(xué)習(xí)GWAS分析,里面配套了數(shù)據(jù)、代碼和講解,屬于干貨推薦的Number 1。
2,農(nóng)學(xué)人如何入門數(shù)據(jù)分析資料匯總(飛哥匯總 | 入門數(shù)據(jù)分析資源推薦),里面推薦了免費(fèi)的教程,包括編程、統(tǒng)計(jì)和專業(yè)書籍。
3,數(shù)量遺傳學(xué)電子書下載(數(shù)量遺傳學(xué),分享幾本書的電子版)
4,R語言電子書線上書籍推薦(學(xué)習(xí)R語言這幾本電子書就夠了!)
點(diǎn)贊超過50,我錄制一個(gè)視頻?。?!走起。
聯(lián)系客服