男,
一個長大了才會遇到的帥哥,
穩(wěn)健,瀟灑,大方,靠譜。
一段生信緣,一棵技能樹。
生信技能樹核心成員,單細(xì)胞天地特約撰稿人,簡書創(chuàng)作者,單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
?將單細(xì)胞研究的基本思路與新藥研發(fā)的成熟管線結(jié)合起來。
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人類開展藥物篩選的方法與科學(xué)技術(shù)的發(fā)展密不可分,先后經(jīng)歷了活體評價(神農(nóng)嘗百草)、器官/組織篩選,再到現(xiàn)代的分子靶向、細(xì)胞表型等方法。在這個歷程中,單細(xì)胞技術(shù)將怎樣推進藥靶的發(fā)現(xiàn)呢?
在講單細(xì)胞技術(shù)加速藥靶發(fā)現(xiàn)之前,我們先來理解一下什么叫藥靶以及相關(guān)的幾個問題:
藥物與機體生物大分子的結(jié)合部位即藥物靶點。藥物作用靶點涉及受體、酶、離子通道、轉(zhuǎn)運體、免疫系統(tǒng)、基因等??梢?,藥靶不是有機體中天然存在的,它是疾病固有的特征,舉兩個例子:
但是生物大分子依然是一類最大的經(jīng)典靶點,那么僅看人體的生物大分子的話,人體到底有多少潛在靶點呢?在后基因組時代我們可以回答這個問題,人類共有20000--25000個蛋白質(zhì)編碼的基因,加上人體微生物基因組編碼蛋白基因,這個總量是可以衡量的。研究表明大約有5000個潛在的可成藥的大分子靶點適合用于小分子藥物開發(fā),另外有3200個靶點可適用于生物學(xué)治療。
以上,我們簡單明白了靶點的基本性質(zhì),那么我的單細(xì)胞分析流程可以從哪些方面來入手藥靶發(fā)現(xiàn)呢?
首先,單細(xì)胞技術(shù)把我們認(rèn)識靶點的精度拉到組織器官和生物大分子之間,這就是生命的基本單位:細(xì)胞。把細(xì)胞的類型和狀態(tài)及其表達的基因、受體配體、通路、TCR/BCR、酶、離子通道、轉(zhuǎn)運體的改變放入到新藥研發(fā)的流程中我們不難發(fā)現(xiàn),單細(xì)胞技術(shù)幾乎重新為這個管線新著了一遍色。
單細(xì)胞水平的靶點更加接近真實世界。如EGFR調(diào)控的下游信號通路主要有RAS-RAF-MAPK通路和PI3K-AKT-mTOR通路,是細(xì)胞增殖和存活的重要信號通路,針對腫瘤細(xì)胞,EGFR是抗癌藥物的重要靶點。那么腫瘤細(xì)胞還有哪些特有的通路呢?這時候我們可以做一個差異分析,于是,單細(xì)胞水平的生物標(biāo)志物(biomarker)和靶點(target)是那樣的接近:
隨著單細(xì)胞多組學(xué)和空間技術(shù)的成熟,基于系統(tǒng)生物學(xué)和生物信息學(xué)的生物標(biāo)志物及靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)系統(tǒng)日益成熟,人們得以快速確定與疾病發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)的關(guān)鍵因素,以發(fā)現(xiàn)新生物標(biāo)志物和新靶標(biāo)。
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https://otd.harvard.edu/explore-innovation/technologies/single-cell-high-throughput-drug-screening
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