清政府始于康熙朝派兵西藏，揭開了對西藏行使政治、軍事主權(quán)，保衛(wèi)邊疆和鞏固國防的歷史。在此之前，西藏地方政局雖然向清朝稱臣納貢，但本身內(nèi)部政局混亂。
清入關(guān)前后，西藏的格魯派與衛(wèi)拉特蒙古四部之一的和碩特部首領固始汗聯(lián)盟，固始汗應其求援，率軍入藏，消滅藏巴汗地方政權(quán)，統(tǒng)一并控制衛(wèi)藏，建立甘丹頗章地方政權(quán)。固始汗實際成為西藏地方的統(tǒng)治者。
1639年（清崇德四年），清政府經(jīng)藏傳佛教高僧伊拉古克三呼圖克圖的赴清聯(lián)絡，與西藏地方建立聯(lián)系，并把利用藏傳佛教格魯派以籠絡蒙藏人心作為一項戰(zhàn)略。1652年（清順治九年），五世達賴喇嘛應邀覲京，順治帝待以殊禮，次年（1653年）正式冊封他為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”，頒發(fā)金冊、金印。同時，敕封固始汗為“遵行文義敏慧顧實汗”，頒賜金冊、金印。從此，歷代達賴喇嘛必須經(jīng)過中央政府的冊封遂成為制度。清朝以政教分治的方式賦予固始汗以政治權(quán)，其后代亦襲職受封，控制西藏70余年，對安定西藏及加強中央對西藏的治理貢獻頗多。
1682年（康熙二十一年）五世達賴圓寂后，第巴.桑結(jié)嘉措獨擅藏政，蒙藏貴族爭權(quán)奪利斗爭激烈。1690年和1696年，康熙帝親征噶爾丹，在烏蘭布通（今內(nèi)蒙克什克騰旗境）和昭莫多（今蒙古土拉河與克魯倫河間）地區(qū)兩次擊潰噶爾丹，從俘虜口中獲知五世達賴圓寂和第巴.桑結(jié)嘉措溝通噶爾丹等情況。
康熙帝十分震怒，敕諭第巴.桑結(jié)嘉措將所犯罪行如實奏報。桑結(jié)嘉措遣使謝罪，康熙帝考慮再三，為安定西藏政局，“寬宥其罪。”
1705年，拉藏汗襲殺桑結(jié)嘉措，并呈報清廷廢黜其所立之第六世達賴喇嘛倉央嘉措?？滴醯巯铝顚}央嘉措押解北京，但在“行至西寧口外病故”。拉藏汗另立六世達賴意西嘉措，奏請清廷批準。由于遭到西藏格魯派集團以及青海蒙古諸部的反對，清朝對拉藏汗失去信任，遂于1709年特派侍郎赫壽入藏協(xié)助拉藏汗辦理事務，同時于1713年（康熙五十二年）封五世班禪羅桑益西為“班禪額爾德尼”。
從此，歷代班禪均受中央政府冊封也成為一項制度。
西藏政局不安，給新疆的準噶爾部策妄阿喇布坦以乘機插手西藏地方事務的妄想，他聯(lián)合青海蒙古部落與拉藏汗爭奪政教權(quán)力。他曾企圖延請倉央嘉措去伊犁傳教，但遭到了拉藏汗的拒絕。他又煽動和利用拉薩的僧俗信眾反對拉藏汗所立的意西嘉措，并揚言將派兵護送靈童格桑嘉措入藏坐床。
1716年（康熙五十六年），他派遣策零敦多布率軍六千，從新疆葉爾羌入西藏阿里；另遣一隊至青海取靈童格桑嘉措，因有清軍保護而沒有成功。次年（1717年），策零敦多布率軍攻入拉薩，殺死拉藏汗，將意西嘉措囚禁。蒙古和碩特部固始汗系控制西藏地方的歷史由此結(jié)束。
舊藏兵
準噶爾軍占領拉薩后，“戕害擄掠”、“拆毀寺廟”，將黃教喇嘛“令入紅教”，（《清圣祖實錄》卷281，第1～3頁。）燒殺奸淫，無惡不作，激起藏族人民的反抗。清廷聞奏，遂于1718年特命青?？偠筋~倫特、侍衛(wèi)色楞等率兵從青海進攻，但不幸于喀喇烏蘇（即黑河）全軍覆沒。
此后，康熙帝針對諸多王公、大臣不宜進兵的勸言和反對，嚴肅指出準軍占據(jù)西藏的危害性和出兵的重要性：“西藏屏蔽青海滇蜀，茍準夷盜據(jù)，將邊無寧日”。（《西藏通覽》，轉(zhuǎn)引自牙含章《達賴喇嘛傳》第42頁。）并說：“朕意此時不進兵安藏，賊寇忌憚，或煽惑沿邊番部，將作何處置耶？”（丹珠昂奔主編《歷輩達賴喇嘛與班撣額爾德尼年譜》）
拉藏汗
1719年（康熙五十八年），康熙帝命令重組第二次進藏部隊。其規(guī)模和布置遠比第一次用兵巨大，命皇太子允禵為撫遠大將軍，統(tǒng)帥六師，駐節(jié)西寧，調(diào)餉征兵，居中調(diào)度。平逆將軍延信、固原提督馬繼伯、山東登州總兵官李麟等，率陜、甘滿漢官兵，于康熙五十九年（1720年）四月，從西寧向黑河進兵，并擔負護送清朝已冊封的七世達賴喇嘛的任務，此為中路。征西將軍噶爾弼、四川永寧協(xié)副將岳鍾琪等率領滇、川、楚、浙滿漢官兵，由打箭爐（今康定）進兵拉薩，是為南路。靖逆將軍富寧安駐兵巴里坤、阿爾泰（今新疆烏魯木齊一帶），牽制準噶爾不敢向西藏增兵。三路并進，對外“揚稱三十萬大兵進剿”，（《清圣祖實錄》卷284，第1～2頁。）實際上也達到了“一萬二千名”（《清圣祖實錄》卷286，第23～26頁。）以上。
康熙帝還動員滇、川、甘、青各部落、土司及民眾擔當后勤支戰(zhàn)，僅“青海蒙古汗、王、貝勒、臺吉等，各自率所部兵，或數(shù)千，或數(shù)百，隨清兵扈送達賴喇嘛入藏，軍容甚盛”。（注：牙含章：《達賴喇嘛傳》，人民出版社1984年9月版，第43頁。）可見動員兵民規(guī)模龐大，至少也在一兩萬人上下。
南路清軍從四川出發(fā)，一路攻克除都、工布江達、墨竹工卡和達孜，至8月23日，進入拉薩，沿途土司、頭人率眾投降。噶爾弼占領拉薩后，先把隱藏在三大寺的準噶爾喇嘛101人全部逮捕，將其中的5個頭目立即斬首，其余予以監(jiān)禁。
又命令投降的第巴,達仔娃斷絕向黑河的準噶爾兵糧食供給，并用他的印信，將策零敦多布處所有西藏之兵“暗地差人前去令其各散”，于是策零敦多布在黑河陷于孤立絕境。
從青海護送七世達賴喇嘛進藏的中路清軍，在簿克河、齊嫩果爾、錯冒拉等地三次擊敗了截堵的準藏聯(lián)軍，8月底進駐黑河，策零敦多布率殘部由藏北逃回新疆伊犁。9月初，延信護送七世達賴喇嘛到達拉薩，9月15日，在布達拉宮舉行了隆重的坐床典禮。
這是清朝將政治宣傳和軍事進擊相結(jié)合的一次成功演練，贏得了西藏僧俗民眾的歡迎。清朝的用兵，意義重大，影響深遠?？滴醯蹫榇藢懥恕镀蕉ㄎ鞑乇摹?，立碑于布達拉宮門口“以垂永久”。碑文記述驅(qū)準經(jīng)過，盛贊清軍“天兵所臨，邪魔掃蕩”，“樂土安居”（張羽新：《清政府與喇嘛教》，西藏人民出版社1988年9月版，第300頁：《平定西藏碑文》。）的歷史功績。
它驅(qū)逐了準噶爾出西藏，解救了西藏人民，保衛(wèi)了祖國領土完整，結(jié)束了蒙藏貴族在西藏圍繞真假達賴喇嘛的權(quán)力之爭。
清朝的御制平定西藏碑
清軍組織以延信為首的軍事法庭（臨時政權(quán)），奉旨將假達賴意西嘉措押京處理，穩(wěn)定了格魯派僧俗人心。清朝開始采取蒙藏分離和政教分離政策，排除企圖繼承西藏汗王的羅卜藏丹津一伙青海和碩特部貴族的干擾和反對，徹底廢除蒙古汗王與第巴制，選定在“逐準保藏”戰(zhàn)爭中有功的藏族官員康濟鼐、阿爾布巴、隆布鼐、扎爾奈等4人為噶倫，組成西藏地方政府。
從此，西藏地方實現(xiàn)了由蒙藏聯(lián)合掌政向藏族官員單獨執(zhí)政的轉(zhuǎn)變，標志著清朝對西藏實行從間接管理到直接治理的歷史性轉(zhuǎn)折。
清朝用兵西藏后即決定在西藏開始駐兵防守。進兵之前，議政大臣等曾議奏：“明年若送達賴喇嘛登禪榻，即令一千步兵前往看守?！保ā肚迨プ鎸嶄洝肪?86，第25～26頁。）康熙六十年（1721年）二月，大將軍允禵疏奏：“西藏雖已平定，駐防尤屬緊要?，F(xiàn)今留駐彼處者，扎薩克蒙古兵五百名、額駙阿寶兵五百名、察哈爾兵五百名、云南兵三百名、四川兵一千二百名，以公策旺諾爾布總統(tǒng)管轄”。（《清圣祖實錄》卷291，第11～12頁。）
三月，清政府再從云南、四川各調(diào)兵500名入藏，這樣共計有4000兵丁駐防西藏。不過鑒于西藏政局很快趨向穩(wěn)定，僅1年左右，除在察木多（今昌都）等處留兵一千駐防之外，其余駐藏兵丁奉命內(nèi)撤，這是清朝在西藏派駐官兵的開始。
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