中文字幕理论片,69视频免费在线观看,亚洲成人app,国产1级毛片,刘涛最大尺度戏视频,欧美亚洲美女视频,2021韩国美女仙女屋vip视频

在對170億對配對序列進(jìn)行測序和質(zhì)量控制后，我們可從387個個體中進(jìn)行5.5 TB的數(shù)據(jù)分析，這里總共136例PSC，158 HCs和93例IBD對照患者（表1)。

表1 研究隊(duì)列中原發(fā)性硬化性膽管炎和健康對照特征的總結(jié)

注：補(bǔ)充表4提供了IBD對照的人口統(tǒng)計(jì)學(xué)信息。HC均未使用任何所述藥物。 連續(xù)數(shù)據(jù)以中位數(shù)（最小到最大值）給出，計(jì)數(shù)數(shù)據(jù)以n（％）表示。

AB，抗生素；ALP，堿性磷酸酶；ALT，丙氨酸轉(zhuǎn)氨酶；AST，天冬氨酸轉(zhuǎn)氨酶；BMI，體重指數(shù)；G，德國人；GGT，γ-谷氨酰轉(zhuǎn)移酶；N，挪威人；不適用，不可用；PPI，質(zhì)子泵抑制劑。德國隊(duì)列中缺少10種HC的aBMI數(shù)據(jù)，除非另有說明，否則其他數(shù)據(jù)完整。

1.微生物分類和遺傳多樣性

在合并隊(duì)列中，總體微生物組組成在表型(PSC、HCs和IBD)之間有顯著的變化（圖1A），這在單獨(dú)分析每個隊(duì)列時也很明顯（圖1B和C）。地理位置也是影響所有表型（包括HC）（圖2A）的總體微生物組組成的重要因素。

與HCs相比，PSC患者的微生物基因豐富度（觀察到的基因）顯著降低（圖1D），而且在調(diào)整年齡，性別和體重指數(shù)時，伴隨的IBD對PSC患者的基因豐富度沒有影響。

圖1 PSC患者和對照組的總體細(xì)菌分類組成和基因豐富度

(A)PSC患者、健康和IBD對照組的微生物組的不同。(B)德國人群隊(duì)列的腸道微生物變化。(C)挪威人群隊(duì)列的腸道微生物變化。(D)與對照組相比，PSC中觀察到的基因數(shù)量。(A-C)中的所有組質(zhì)心代表排序中各組各自點(diǎn)的算術(shù)平均值。

2.個體差異

經(jīng)過質(zhì)量控制和過濾后，整個數(shù)據(jù)集中共鑒定出413個類群（種群到菌株水平）。對于每個國家，我們分析了樣本中零分類率小于80％的單個分類單元，也分析了分布的變化（mu）和零豐度的差異（nu）。該分析確定了與HC相比，PSC中的Clostridiumasparagiforme和未分類的埃希氏菌屬物種豐度顯著增加，以及幾種物種顯著減少，包括：Ruminococcusobeum，Eubacteriumsiraeum和Receuticaleutale；此外，有9個物種顯示顯著增加并且我們發(fā)現(xiàn)與HCs相比，PSC患者中5個物種顯示顯著降低（圖2B）。盡管幾種細(xì)菌在IBD中表現(xiàn)出相似的模式，但IBD和HCs之間的物種如Ruminococcusobeum, Bacteroides intestinalis和幾種梭菌都沒有差異。

先前的研究發(fā)現(xiàn)PSC中Veillonella屬的含量增加。與HCs相比，PSC患者體內(nèi)的Veillonellaatypica，Veillonellaparvula，未分類的Veillonella呈上升趨勢。與PSC相關(guān)的其他物種包括除變形桿菌（Proteusmirabilis）和雞腸球菌（Enterococcusgallinarum）之外的肺炎克雷伯氏菌（K.pneumoniae），這些細(xì)菌以前與PSC的腸屏障功能和免疫反應(yīng)有關(guān)。由于挪威隊(duì)列中的豐度低，我們最初的分析未包括肺炎克雷伯氏菌。一項(xiàng)有針對性的分析表明在25％的PSC患者的微生物組中能夠檢測到肺炎克雷伯菌，但在HC中僅為4.4％，而在IBD對照組微生物組中有45.2％檢測到肺炎克雷伯菌，僅在少數(shù)患者中檢出了雞膽小球菌和奇異瘧原蟲。當(dāng)對一部分德國樣品進(jìn)行物種特異性實(shí)時聚合酶鏈反應(yīng)時，肺炎克雷伯氏菌在PSC，IBD和HCs中的流行率相似，而在少數(shù)樣品中檢測到了雞膽小球菌和奇異瘧原蟲。

為了進(jìn)一步描述表型之間的結(jié)構(gòu)微生物組差異，我們使用SparCC生成了細(xì)菌物種豐度互相關(guān)網(wǎng)絡(luò)，HC中的網(wǎng)絡(luò)由幾個大的和小的簇組成（圖2C）。當(dāng)覆蓋在PSC中觀察到的協(xié)相關(guān)時，PSC患者的HCs中的網(wǎng)絡(luò)被破壞，損失了幾個簇，而其他簇則較少（圖2D）。與HC相比，沒有PSC的IBD對照品也顯示出網(wǎng)絡(luò)破裂，但與PSC中觀察到的明顯不同。

圖2 PSC與HCs物種組成的差異

（A）在PSC和HCs中豐富度不同的物種和（B）差異不同的物種。物種通過門屬關(guān)系著色。（C）HCs和（D）PSC患者的細(xì)菌豐度相關(guān)網(wǎng)絡(luò)。在（A）和（B）中，森林圖中的三角形/條表示對數(shù)（奇數(shù)比）/SE。（C）和（D）中的紅線和藍(lán)線分別表示物種之間的正相關(guān)和負(fù)相關(guān)。結(jié)節(jié)的大小反映了每種表型的平方根變換后的中位數(shù)相對豐度，而包圍的結(jié)節(jié)標(biāo)記了關(guān)節(jié)點(diǎn)。僅顯示r>0.4的相關(guān)性，而相關(guān)系數(shù)的增加則通過增加線寬來反映。

3.在原發(fā)性硬化性膽管炎中微生物組的遺傳環(huán)境中的廣泛變化，突出顯示氨基酸和B維生素的生物合成變化

總體而言，過濾后我們檢測到兩個隊(duì)列中均存在121個代謝途徑和424個酶家族。除106個酶家族外，我們還發(fā)現(xiàn)與HCs相比，PSC患者的微生物群中53種代謝途徑差異性豐富。

與HCs相比，PSC患者的微生物組顯示，與支鏈氨基酸（BCAA）異亮氨酸生物合成相關(guān)的代謝途徑顯著減少（圖3），以及與BCAA異亮氨酸，纈氨酸和亮氨酸相關(guān)的幾種酶家族水平也顯著降低（圖4A-C），IBD患者的水平與PSC中的水平相似。與芳族氨基酸生物合成相關(guān)的代謝途徑也存在差異，但不一致，某些途徑富含PSC（L-苯丙氨酸生物合成的PWY6628超級途徑），而其他途徑則被耗盡，例如，芳香氨基酸生物合成的COMPLETEARO-PWY超級途徑，如圖3所示。與HC相比，PSC中7種最富集的代謝途徑中有4種與其他2種氨基酸，即精氨酸和鳥氨酸的生物合成有關(guān)（圖3）。這4種途徑在PSC和IBD中的水平相似，但直接比較中，與HC相比，這些途徑中只有2種在IBD中顯著富集。

與HC相比，PSC患者顯示出與硫胺素（維生素B1）的生物合成有關(guān)的代謝途徑水平更高（例如，硫胺素二磷酸生物合成的THISYN-PWY超途徑I，圖3）。該途徑在PSC和IBD中顯示出相似的水平，而IBD患者顯示出比HCs高的水平；然而，生物合成硫胺素（維生素B1）的關(guān)鍵中間體5′-磷酸核糖基-5-氨基咪唑（PWY6122，PWY6277和PWY6121）的3種代謝途徑在PSC中都被消耗掉了（圖3）。此外，與幾個與維生素B6代謝相關(guān)的酶家族的HC相比，PSC患者表現(xiàn)出顯著差異，最突出的是EC4.3.3.6吡哆醛-5磷酸合酶的顯著消耗（圖4D），這是一種單獨(dú)構(gòu)成吡哆醛5'-磷酸生物合成II和從頭合成活性形式維生素B6，吡哆醛5'-磷酸（PLP）和EC2.6.1.52磷酸絲氨酸代謝途徑的酶。后者是構(gòu)成代謝途徑PYRIDOXSYN-PWY：吡哆醛50-磷酸生物合成I的7個酶家族中的1個，與HCs相比，PSC中的酶家族增加（圖3）。至于該代謝途徑中的最后6個酶家族，與HC相比，PSC中富集了1個（EC1.1.1.290），其中3個表現(xiàn)出相似的水平（EC2.6.99.2、1.1.1.262和2.2.1.7），并且，后2個（EC1.2.1.72和1.4.3.5）未通過我們的初始過濾，共有84個物種參與了數(shù)據(jù)集中的EC4.3.3.6吡哆醛-5-磷酸合酶。在薈萃分析中，與HCs相比，在PSC中E.taleal和Eubacterium.siraeum的豐度顯著降低（見圖2A），同時這兩個物種也是促成該酶豐度最高的5個物種之一。有28個物種構(gòu)成了PYRIDOXSYNPWY：吡哆醛5'-磷酸的生物合成I，但在元分析中檢測到的所有貢獻(xiàn)物種均未顯示PSC和HCs之間存在差異。

關(guān)于其他B族維生素，還減少了兩種酶，分別是EC2.7.1.26核黃素激酶和EC2.7.7.2黃素腺嘌呤二核苷酸合成酶，這些酶負(fù)責(zé)合成維生素B2的活性形式。在PSC中（圖4E和F），核黃素合酶（EC2.5.1.9）負(fù)責(zé)導(dǎo)致核黃素和5-氨基-6-D-核糖基氨基尿嘧啶合成的反應(yīng)，在PSC中富集（圖4G）；此外，PSC患者的微生物組顯示出與氨產(chǎn)生有關(guān)的酶家族豐富（圖4H和I）。與HCs相比，PSC還豐富了與抗生素抗性相關(guān)的酶家族（如EC3.5.2.6內(nèi)酰胺酶）（圖4J）。

圖3 PSC微生物組中代謝途徑的改變

熱圖和森林圖顯示了來自各個隊(duì)列（熱圖中的左2列）和薈萃分析（熱圖和森林中的右列）的PSC和HC之間的微生物組代謝途徑。森林圖中的三角形/條表示對數(shù)（比值）/SE。

圖4 PSC患者腸道微生物組的遺傳潛力

點(diǎn)狀圖顯示了與BCAA微生物代謝相關(guān)的酶家族（EC等級為4級）的相對豐富度（A）纈氨酸，（B）亮氨酸和（C）異亮氨酸，（D）維生素B6（PLP）的活性形式（E）維生素B2，黃素單核苷酸（FMN）和（F）黃素腺嘌呤二核苷酸（FAD）的活性形式，以及（G）核黃素（維生素B2）和相關(guān)代謝產(chǎn)物的合成，（H，I）氨的產(chǎn)生，以及（J）抗生素耐藥性。紅色條形表示中位數(shù)。

4.原發(fā)性硬化性膽管炎患者微生物組中的代謝途徑減弱，血漿中相關(guān)代謝物水平降低

由于最初的微生物組分析確定了BCAA和B維生素在細(xì)菌代謝中的潛在變化，而腸道微生物組可能是這些代謝產(chǎn)物的重要來源，我們從血漿中選擇了維生素B和BCAA代謝物進(jìn)行了研究，其中有191名PSC患者的隊(duì)列研究（在宏基因組研究隊(duì)列中也招募了27名患者）和48例HCs，與HCs相比，PSC患者血漿中維生素B6，PLP和BCAAs異亮氨酸，亮氨酸和纈氨酸的主要活性形式明顯減少（圖5A–D）；與對照組相比，PSC中的其他維生素B6代謝產(chǎn)物（即吡哆醛和4-吡啶氧酸）含量也較低。此外，維生素B2（核黃素）代謝物黃素單核苷酸的PSC水平降低，相當(dāng)于EC2.7.1.26的降低，而維生素B2本身沒有差異。對于維生素B1，與對照組相比，PSC患者的硫胺素相似，而PSC中的硫胺素單磷酸鹽減少。在有微生物組和代謝組學(xué)數(shù)據(jù)可用的27名患者中，這些B維生素的血漿水平與相關(guān)代謝途徑或酶家族的相對豐度不相關(guān)，這可能是由于糞便和血漿采樣之間的間隔長；與HCs相比，PSC患者的必需氨基酸組氨酸減少了；在其他測定的氨基酸中，只有鳥氨酸在PSC中有所增加。

因?yàn)?/span>BCAAs的循環(huán)水平與腸道微生物群將這些氨基酸運(yùn)輸?shù)郊?xì)菌中的潛在能力有關(guān)，我們專門研究了5個與BCAA向細(xì)菌內(nèi)向運(yùn)輸有關(guān)的基因和基因組。在薈萃分析中，這些基因組的PSC豐度顯著高于HC，IBD的水平與PSC相似。

微生物代謝物可能會改變疾病的嚴(yán)重程度，因此，我們調(diào)查了代謝產(chǎn)物與PSC無肝移植生存之間的關(guān)系。達(dá)到臨床終點(diǎn)的患者的血漿PLP和BCAA（即異亮氨酸，亮氨酸和纈氨酸）的濃度均低于未達(dá)到臨床終點(diǎn)的患者。當(dāng)將血漿濃度分成四分位數(shù)時，這些代謝物的低水平都強(qiáng)烈預(yù)示著無肝移植的存活率降低（圖5E–H）。對于PLP而言，效果似乎特別強(qiáng)（圖5A和E），這與Cox回歸模型中的肝移植或死亡風(fēng)險(xiǎn)降低相關(guān)，而與Mayo風(fēng)險(xiǎn)評分和肝纖維化評分無關(guān)。PLP還與肝移植或死亡風(fēng)險(xiǎn)降低相關(guān)，而與其他風(fēng)險(xiǎn)評分無關(guān)。PLP可能被堿性磷酸酶代謝，兩者呈中度負(fù)相關(guān)，但添加到模型后，堿性磷酸酶與存活率并不是獨(dú)立相關(guān)。校正Mayo風(fēng)險(xiǎn)評分后，異亮氨酸，亮氨酸和纈氨酸與肝移植的無生存期無關(guān)。

圖5 微生物群系相關(guān)血漿代謝產(chǎn)物與肝移植術(shù)后生存期

(A)與hc相比，PSC患者血漿中活性維生素B6代謝物PLP，(B)異亮氨酸，(C)亮氨酸和(D)纈氨酸，(E)PLP、(F)異亮氨酸、(G)亮氨酸和(H)纈氨酸的低水平均與PSC中肝移植存活的減少有關(guān)。

5.微生物組作為原發(fā)性硬化性膽管炎疾病表型和臨床特征的生物標(biāo)記物

當(dāng)在物種數(shù)據(jù)上應(yīng)用隨機(jī)森林模型時，我們能夠以較高的預(yù)測能力從HC中鑒別出PSC，并且從IBD鑒別出PSC（圖6B），同時將PSC與HCs和IBD分開具有類似的預(yù)測能力。添加人體測量學(xué)信息（即年齡，性別和體重指數(shù)）對PSC與HCs的預(yù)測影響很小，并且通常使用物種數(shù)據(jù)表現(xiàn)優(yōu)于酶家族和代謝途徑來分離表型。

最后，我們合并了兩個微生物組隊(duì)列，以分析PSC患者臨床個體之間的差異。比較有和沒有IBD的PSC患者，我們無法檢測到基因豐富度，種類，代謝途徑或酶家族的任何差異。在患有和不患有IBD的PSC患者之間，總體細(xì)菌組成均沒有顯著變化。PSC中的微生物基因豐富度與疾病持續(xù)時間或Mayo風(fēng)險(xiǎn)評分之間沒有相關(guān)性。在一部分可以進(jìn)行肝硬度測量（通過瞬時彈性成像法測量）的德國PSC患者中，肝硬度與基因豐富度沒有顯著相關(guān)性。在測試肝硬度與酶家族以及與維生素B6或BCAA合成相關(guān)的代謝途徑之間的關(guān)聯(lián)時，肝硬度增加與EC6.1.1.4亮氨酸轉(zhuǎn)移RNA連接酶水平降低之間存在弱關(guān)聯(lián)，但不適用于任何其他已測試的功能。

在PSC患者中使用熊去氧膽酸（UDCA）與Erectale水平升高有關(guān)，PSC中的HC含量較薈萃中的HCs減少（圖2A）。UDCA的使用還與Veillonelladispar的豐度降低有關(guān)；此外，UDCA使用者和非使用者之間的β多樣性（Bray-Curtis）發(fā)生了細(xì)微的變化。我們沒有發(fā)現(xiàn)美沙拉敏對任何物種有任何顯著影響，美沙拉敏和UDCA的使用均與酶家族或代謝途徑的差異無關(guān)。值得注意的是，UDCA僅在挪威PSC患者隊(duì)列中進(jìn)行分析，因?yàn)?/span>94%的德國PSC患者在取樣時使用了UDCA。

圖6 應(yīng)用隨機(jī)森林分類技術(shù)分離臨床表型

(A)PSC vs HC和(B) PSC vs IBD。使用所有可用物種(紅線)或僅使用重要物種(藍(lán)線)的結(jié)果。

在本研究中，我們分析了挪威和德國受試者的2個隊(duì)列中的糞便微生物組，其中包括PSC，IBD和HCs患者。在第三組獨(dú)立的挪威PSC和HC患者中，我們使用高分辨率鳥槍宏基因組測序和靶向代謝組學(xué)研究方法，發(fā)現(xiàn)了一個與PSC相關(guān)的微生物組，它具有低基因計(jì)數(shù)和多樣性，不受并發(fā)IBD的影響，現(xiàn)在可以在物種水平上鑒定；PSC微生物組中與例如維生素B6合成和BCAA合成有關(guān)的基因功能的顯著改變; PSC中維生素B6和BCAAs的血漿濃度降低，以及這些代謝物的低濃度與無肝移植生存率的降低密切相關(guān)，表明研究微生物代謝改變可能有助于查明與PSC病程有關(guān)的生物學(xué)變化。

通過使用鳥槍宏基因組測序，我們在研究PSC的微生物組研究中取得了重大的飛躍，提供了編碼酶和代謝途徑的微生物基因的詳細(xì)功能分析。與HCs相比，PSC患者與幾種必需營養(yǎng)素如BCAAs和維生素B6（例如PLP）的細(xì)菌合成相關(guān)的基因顯示出明顯的變化。PLP是維生素B6的活性形式，是許多代謝反應(yīng)的重要輔助因子，有助于腸道免疫調(diào)節(jié)和淋巴細(xì)胞向腸道的運(yùn)輸。PLP可以通過2個獨(dú)立途徑從頭產(chǎn)生，大多數(shù)能夠生產(chǎn)PLP的生物體使用的主要途徑是通過單一酶（EC4.3.3.6），該酶在PSC中顯著耗竭。PSC中不那么豐富的多酶途徑PYRIDOXSYN-PWY：吡哆醛5’磷酸的生物合成增加?？偟膩碚f，宏基因組學(xué)數(shù)據(jù)表明PSC患者中合成PLP的遺傳潛力降低，需要進(jìn)一步在實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ拖到y(tǒng)中進(jìn)行評估。據(jù)估計(jì)，腸道細(xì)菌合成維生素B6的能力滿足每日推薦攝入量的86％，暗示腸道微生物組的改變可能會極大地影響飲食需求。在血漿中進(jìn)行的靶標(biāo)代謝物分析表明，PLP和其他B6種類（吡哆醛和4-吡啶氧酸）的濃度均降低，這表明PSC中存在真正的維生素B6缺乏癥。值得注意的是，已知PLP在不同程度的終末期肝病中會降低，不僅與自身缺乏有關(guān)，而且還歸因于PLP對吡哆醛的分解代謝增加，例如在慢性炎癥的情況下通過堿性磷酸酶或其他機(jī)制引起的。盡管如此，獨(dú)立于Mayo風(fēng)險(xiǎn)評分的預(yù)測效果仍可能指出了PLP在終末期肝病之外的PSC中的作用。綜上所述，細(xì)菌功能改變的鑒定為我們指出了重要的生物學(xué)，該生物學(xué)也被系統(tǒng)地改變了。應(yīng)該強(qiáng)調(diào)的是，我們的研究結(jié)果沒有顯示出腸道和血液之間的直接聯(lián)系，但是其他研究應(yīng)該調(diào)查這種聯(lián)系，以及PLP是代表PSC中疾病活動性和嚴(yán)重性的機(jī)制還是僅是疾病活動性和嚴(yán)重性的標(biāo)志物。

關(guān)于微生物合成和飲食需求的類似考慮與BCAAs有關(guān)。已知肝硬化患者中循環(huán)BCAA會減少，但包括PSC在內(nèi)的晚期肝臟疾病也會減少。與此相反，胰島素抵抗患者的循環(huán)BCAA水平升高，與微生物組的合成能力提高相關(guān)，同時將這些BCAA轉(zhuǎn)移到細(xì)菌中代謝的能力降低。在PSC中，我們發(fā)現(xiàn)了相反的情況，即細(xì)菌合成的減少和對細(xì)菌的進(jìn)口能力的提高，這需要考慮腸道微生物組是否有助于在PSC中觀察到血漿BCAA濃度降低。在我們的研究中，血漿BCAA的低濃度預(yù)示著肝移植的存活率降低，但與Mayo風(fēng)險(xiǎn)評分無關(guān)，這表明BCAA的改變可能與疾病階段有關(guān)。關(guān)于這些代謝物在人中PSC中的作用的確切結(jié)論需要進(jìn)行干預(yù)試驗(yàn)，例如補(bǔ)充治療，而維生素B6或BCAAs作為PSC中預(yù)測性生物標(biāo)志物的潛在臨床價值則需要進(jìn)行獨(dú)立的驗(yàn)證研究。值得注意的是，由于在幾種病因的肝病中均觀察到維生素B6和BCAA的缺乏，因此在其他肝病中也可能會觀察到相似的腸道微生物組相關(guān)調(diào)節(jié)因子作用。

對于其他測定的代謝物，腸道微生物組與血漿水平之間的關(guān)系不太明顯。對于硫胺素和核黃素，這可能是由于腸道微生物的潛在貢獻(xiàn)較低，據(jù)估計(jì)僅能滿足每日推薦攝入量的2％-3％。然而，在PSC中與核黃素代謝相關(guān)的細(xì)菌基因的改變可能是有趣的，因?yàn)檫@些改變是細(xì)菌核黃素代謝產(chǎn)物的來源，細(xì)菌核黃素代謝產(chǎn)物是激活在粘膜相關(guān)恒定T細(xì)胞必需的，而這些T細(xì)胞是與PSC相關(guān)的在肝臟中豐富的先天性T細(xì)胞。

腸道微生物組的功能方面很重要，但特定細(xì)菌物種的作用也很重要。我們觀察到經(jīng)典潛在病原體埃希氏菌的增加，以及通常被歸類為短鏈脂肪酸丁酸酯生產(chǎn)者的物種的減少。先前的工作強(qiáng)調(diào)了PSC中Veillonella屬的相對豐度增加在Nakamoto等人的一項(xiàng)研究中，從PSC患者中分離出的12 K肺炎病毒株對小鼠肝膽損傷的敏感性增加，并且細(xì)菌易位。根據(jù)Nakamoto等人的研究，在本研究的宏基因組學(xué)測序數(shù)據(jù)中，肺炎克雷伯氏菌在PSC患者中的發(fā)生率比HCs高。使用更敏感的方法（定量聚合酶鏈反應(yīng)）在德國隊(duì)列的一小部分中，與鳥彈槍測序數(shù)據(jù)相比，PSC患者中發(fā)現(xiàn)的肺炎克雷伯菌序列比例更高，但在PSC和HCs中的流行率相似。肺炎克雷伯氏菌等非常低的豐富類群的臨床相關(guān)性值得懷疑，而且肺炎克雷伯菌在人PSC中的作用尚不明確。正如Nakamoto等人的文章的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)所暗示的，只有肺炎克雷伯氏菌種的特定菌株才有可能誘導(dǎo)肝膽損傷，這突出了在進(jìn)一步的微生物組研究中提高分辨率的必要性。有趣的是，最近關(guān)于酒精性肝炎患者的研究中也提出了類似的概念，他們糞便中糞腸球菌的豐度也很高。糞腸球菌E菌株具有產(chǎn)生外毒素胞溶素的能力與更嚴(yán)重的疾病相關(guān)?？傮w而言，似乎單個微生物和微生物的集體代謝能力都發(fā)生了變化。腸道微生物組可能會改變?nèi)祟惣膊?，而不一定是觸發(fā)事件，這樣的機(jī)制可能指向新的治療機(jī)會。

一個重要的觀察結(jié)果是，無論是否在微生物物種和功能水平上，患有或不患有IBD的PSC患者的微生物組之間都具有驚人的相似性。與之前的數(shù)據(jù)一致，沒有肝病的IBD中的總體微生物組組成與PSC患者不同；然而，PSC患者和沒有PSC的IBD患者之間幾乎沒有任何物種和功能差異，這表明PSC與IBD的區(qū)別與多個物種或功能的變化有關(guān)。這是可能的研究挑戰(zhàn)，找到適當(dāng)匹配的有和沒有PSC的IBD患者用于對照病例研究是非常困難的。

地理位置的差異帶來了另一個挑戰(zhàn)，但也可能是病例對照研究中的重要因素。此外，在挪威和德國隊(duì)列中，采樣和DNA提取的方式有所不同。在某些研究中，地理位置確實(shí)是微生物組組成的最強(qiáng)預(yù)測因子，突顯了在多隊(duì)列國際研究中確定和驗(yàn)證核心特征以定義真實(shí)疾病特征的必要性。但是，在目前的研究中，不可能研究確定挪威和德國之間地理或處理方法上的差異。

這項(xiàng)研究的主要優(yōu)勢是使用了兩個來自不同國家的獨(dú)立病例對照隊(duì)列，并使用了最新測序方法。盡管據(jù)我們所知，這項(xiàng)研究是迄今為止使用全基因組測序?qū)?/span>PSC患者中的微生物組進(jìn)行研究的最大隊(duì)列，但通過納入更多患者以及肝病對照，結(jié)果的可靠性可能會進(jìn)一步提高。值得注意的是，到目前為止，我們發(fā)現(xiàn)微生物組變化與代謝物差異和預(yù)后之間的聯(lián)系是顯著關(guān)聯(lián)的。如果要進(jìn)一步探索這些聯(lián)系，時間和受試者匹配的血液和糞便樣本在進(jìn)一步的研究中也很重要。肝移植終點(diǎn)在不同的國家可能有所不同，可能使其作為臨床考慮因素較小。另一個限制是飲食數(shù)據(jù)只能通過標(biāo)準(zhǔn)問卷進(jìn)行粗略的調(diào)查，因此飲食因素可能會影響我們的研究結(jié)果。此外，由于采用橫斷設(shè)計(jì)，我們無法辨別檢測到的變化是否在疾病發(fā)作之前或之后，這限制了得出因果關(guān)系結(jié)論的可能性。由于PSC是一種罕見的疾病，因此很難描述發(fā)病期間的微生物群信息。但是，應(yīng)該建立起更大的國際隨訪資料庫，以幫助解決這些限制因素。

總之，與HCs相比，PSC患者的腸道微生物組表現(xiàn)出較大的功能差異，包括必需營養(yǎng)素的微生物代謝，而這些差異與IBD無關(guān)。與肝移植生存相關(guān)的相關(guān)循環(huán)代謝產(chǎn)物的改變表明，總體微生物功能可能與PSC的疾病進(jìn)程有關(guān)。