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科研 | SBB: 洲際尺度上細(xì)菌與真菌多樣性變化呈現(xiàn)不一致的規(guī)律(國人作品)


譯:青山綠水,編輯:小菌菌、江舜堯。

原創(chuàng)微文,歡迎轉(zhuǎn)發(fā)轉(zhuǎn)載。

導(dǎo)讀

生物多樣性的起源和維持機(jī)制一直以來都是生態(tài)學(xué)領(lǐng)域亟待解決的重要研究課題。大量證據(jù)顯示地球上大型動植物的多樣性會隨著緯度的升高而降低,但是到目前為止并沒有可靠的證據(jù)能夠支持土壤微生物多樣性是否也遵循這樣的規(guī)律。甚至有些研究基于特定的的緯度范圍發(fā)現(xiàn)微生物多樣性可能與緯度之間根本不存在線性關(guān)系。此外由于細(xì)菌和真菌在個體大小、生長策略及生態(tài)功能上的差異,細(xì)菌和真菌的維度多樣性變化是否存在差異及其背后的機(jī)制仍然不夠明確。

研究人員依托“中國森林生態(tài)系統(tǒng)野外定位站研究網(wǎng)絡(luò)”從尖峰嶺到大興安嶺沿著4100 km的緯度范圍連續(xù)采樣,發(fā)現(xiàn)森林土壤細(xì)菌多樣性隨緯度呈現(xiàn)單峰變化特征,而真菌多樣性隨緯度增加而逐漸降低。而這種不一致的規(guī)律背后的機(jī)制是:MAT和地上凈初級生產(chǎn)力是真菌緯度多樣性變化的決定因子,而土壤pHN:P是細(xì)菌緯度多樣性變化的決定因子。因此可以預(yù)測未來氣候變暖所帶來的地上初級生產(chǎn)力的升高可能會增加腐生真菌和病原真菌的多樣性,但是可能會降低外生菌根的多樣性,而這樣的變化可能對森林生態(tài)系統(tǒng),尤其是溫帶森林的生態(tài)系統(tǒng)功能產(chǎn)生深遠(yuǎn)的影響。

此外該研究發(fā)現(xiàn)洲際尺度上森林土壤采樣的“隨機(jī)效應(yīng)”會造成微生物多樣性24.5%-38.8%的變化,從而強(qiáng)調(diào)大的空間尺度上微生物地理學(xué)研究采樣的嚴(yán)謹(jǐn)性。

論文ID

原名:Decoupled diversity patterns in bacteria and fungi across continental forest ecosystems

譯名:洲際尺度上細(xì)菌與真菌多樣性變化呈現(xiàn)不一致的規(guī)律

期刊:Soil Biology and Biochemistry

IF:5.29

發(fā)表時間:2020.3

通訊作者:王清奎&ManuelDelgado-Baquerizo

作者單位:中國科學(xué)院沈陽應(yīng)用生態(tài)研究所; Universidad Pablo de Olavide

實(shí)驗(yàn)設(shè)計

本文以“中國森林生態(tài)系統(tǒng)野外定位站研究網(wǎng)絡(luò)”為依托,從尖峰嶺到大興安嶺沿著4100 km的緯度范圍連續(xù)采樣(圖1),為驗(yàn)證細(xì)菌和真菌的緯度多樣性是否呈現(xiàn)不一致的規(guī)律,并探討潛在的機(jī)制。在每個森林類型中設(shè)置5-610 m × 20 m的樣方,在每個樣方內(nèi)利用土鉆多點(diǎn)采集0-10 cm土層土壤,然后組成一個混合樣品。把混合好的樣品分為兩份份,用來提取土壤微生物DNA和磷脂脂肪酸立馬放入裝有干冰的的保溫盒內(nèi)保存。同時調(diào)查和記錄林地的植物組成與多樣性、土壤理化性質(zhì)、經(jīng)緯度和海拔等環(huán)境參數(shù)(表3.1),在南北熱量梯度上共采集了144個土壤樣品。樣點(diǎn)經(jīng)緯度通過手持式GPS定位獲得。樣點(diǎn)氣候數(shù)據(jù)從WorldClim version2www.worldclim.org)網(wǎng)站下載獲得。用歸一化差值植被指數(shù)(NDVI)來指示植被凈初級生產(chǎn)力(Delgado-Baquerizoet al., 2018b),數(shù)據(jù)從NASA'sTerra satelliteshttp://neo.sci.gsfc.nasa.gov/)上下載獲得。并測定了大量土壤理化性指標(biāo)。

采用擴(kuò)增子測序的方法測定土壤微生物的多樣性和群落結(jié)構(gòu)。微生物DNA提取采用試劑盒提取(Mo BioLaboratories, Carlsbad, CA, USA),每個樣品提取三次。DNA的含量和純度用1%的瓊脂糖凝膠進(jìn)行檢測,并用1 ng/L 的無菌水進(jìn)行稀釋。
其中細(xì)菌引物為16SrRNA基因序列的V4區(qū):515F5-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3’)和806R5-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’);
真菌引物為ITS2區(qū):gITS7F (5-GTGARTCATCGARTCTTTG-3),ITS4R 5-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’);PCR擴(kuò)增和文庫構(gòu)建詳細(xì)步驟參見Liu等人(2018),樣品送測序公司上Miseq-PE300平臺測序。

中國南北熱量梯度上東部典型森林土壤采樣示意圖。樣點(diǎn)顏色表示年均溫。

結(jié)果

土壤細(xì)菌和真菌多樣性的緯度變化特征

在洲際尺度上典型森林土壤細(xì)菌和真菌α多樣性的水平空間分布規(guī)律存在差異性。與北美森林土壤微生物的緯度多樣性特征不同,中國東部典型森林土壤細(xì)菌和真菌α多樣性隨緯度的變化特征具體表現(xiàn)為:細(xì)菌豐富度隨緯度的變化呈現(xiàn)單峰變化特征,且在北緯35°附近達(dá)到峰值(圖2),而真菌豐富度隨緯度的變化呈現(xiàn)經(jīng)典的LDG規(guī)律(圖2)。此外,細(xì)菌的物種豐富度在亞熱帶地區(qū)最高,而真菌豐富度在熱帶地區(qū)最高、在溫帶最低。通過克里金插值方法得到的微生物地理分布的結(jié)果與上述結(jié)果一致。相比較而言,細(xì)菌和真菌在門分類水平上的緯度多樣性特征差異更大。細(xì)菌絕大部分門類呈現(xiàn)單峰變化,而ElusimicrobiaGemmatimonadetes的豐富度與緯度負(fù)相關(guān),WPS-2豐富度與緯度正相關(guān)。同樣,真菌門類如Basidiomycota與緯度正相關(guān),Ascomycota與緯度負(fù)相關(guān),而Zygomycota與緯度變化無規(guī)律可言。

中國南北熱量梯度上森林土壤細(xì)菌和真菌豐富度隨緯度梯度變化特征。(a),(b)分別代表細(xì)菌和真菌豐富度隨緯度變化的線性擬合結(jié)果,陰影部分表示95%的置信區(qū)間。(c), (d)分別展示細(xì)菌和真菌總的豐富度在不同森林類型中的差異。“Kruskal-Wallis檢驗(yàn)展示不同森林類型對應(yīng)物種豐富度差異的顯著性

細(xì)菌和真菌緯度多樣性變化特征差異的機(jī)制

針對在南北熱量梯度上森林土壤細(xì)菌和真菌的α多樣性的變化不一致的特征,首先用隨機(jī)森林(randomforest)模型對環(huán)境進(jìn)行篩選,發(fā)現(xiàn)土壤pHMAT分別是細(xì)菌和真菌多樣性最重要的環(huán)境因子,表明了洲際尺度上細(xì)菌多樣性主要由土壤理化性質(zhì)所決定,而多樣性主要由氣候因子對真菌多樣性的作用比對細(xì)菌多樣性更重要。在此基礎(chǔ)上作者進(jìn)一步應(yīng)用PiecewiseSEM探討氣候、土壤因子之間的關(guān)系以及他們對微生物多樣性的相對貢獻(xiàn)。模型分別能解釋67%49%的細(xì)菌和真菌的緯度多樣性變化(圖3),且被解釋部分中分別有26%12%的微生物多樣性的地理變異是由取樣的隨機(jī)效應(yīng)造成的。且在模型的標(biāo)準(zhǔn)總效應(yīng)中,土壤pHMAT分別是細(xì)菌和真菌多樣性最重要的解釋因子。除此之外,作者還發(fā)現(xiàn)土壤元素化學(xué)計量比也是微生物多樣性分布較為重要的影響因子,且N:P比和C:N比分別對細(xì)菌和真菌作用極顯著。這些結(jié)果均表明了細(xì)菌和真菌大尺度地理分布差異的潛在機(jī)制。

環(huán)境因子對中國東部森林土壤微生物多樣性分布影響的PiecewiseSEM擬合結(jié)果.a,b)分別表示細(xì)菌和真菌的豐富度的邏輯結(jié)構(gòu)擬合結(jié)果.c,d)分別表示環(huán)境因子對細(xì)菌和真菌緯度多樣性變化的標(biāo)準(zhǔn)總效應(yīng).Conditionalmarginal解釋量分別表示不去除和去除取樣點(diǎn)作為隨機(jī)因子后模型或者兩兩環(huán)境因子之間的解釋量.a,b)中的每條通路上數(shù)值表示相關(guān)性大小, R2表示解釋率顯著性水平為:*P <0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001. 用顏色區(qū)分變量之間的正相關(guān)(紅色)和負(fù)(灰色)相關(guān). C:N, N:P NPP分別表示土壤C:NN:P, NPP 表示地上初級凈生產(chǎn)力

溫度代謝理論解釋細(xì)菌和真菌緯度多樣性變化特征差異的機(jī)制

研究者對細(xì)菌和真菌及其功能群多樣性的緯度多樣性是否符合溫度代謝理論進(jìn)行驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)溫度代謝理論能很好的解釋真菌總的豐富度(圖4b)、植物病原體(圖4c)、腐生真菌(圖4e)豐富度的緯度變化但不能預(yù)測細(xì)菌(圖4a)及外生真菌(圖4f)豐富度的緯度變化。表明溫度解釋不同微生物類群地理分布差異的潛在機(jī)制。

溫度代謝理論擬合中國東部森林土壤細(xì)菌和真菌的分布特征。(a), (b) 分別表示細(xì)菌和真菌整體豐富度隨溫度的變化特征; (c), (d), (e), (f)分別表示真菌功能類型的豐富度隨溫度的變化特征。 Y軸表示對物種豐富度去自然對數(shù),X軸表示絕對溫度的倒數(shù)。每個小圖中展示線性回歸結(jié)果,陰影區(qū)表示95%的置信區(qū)間。

討論

與作者猜測的一致,真菌緯度多樣性變化與土壤pH關(guān)系很弱,但是與隨緯度變化的MATNPP密切相關(guān),這樣的結(jié)果跟最近的大尺度研究的結(jié)果相吻合。從結(jié)構(gòu)方程模型的結(jié)果來看,NPP主要通過影響影響土壤C:N比來決定微生物的地理分布。這個結(jié)果闡明了森林土壤微生物多樣性與地上生產(chǎn)力在多重尺度上的耦合機(jī)制。另外作者也發(fā)現(xiàn)真菌的功能類群的維度多樣性特征具有物種依賴性。例如分解凋落物的腐生真菌和植物病原體的多樣性與植物生產(chǎn)力密切相關(guān),這個結(jié)果也解釋了微生物多樣性與溫度、緯度之間的關(guān)系。過去基于中國東部森林樣帶的相關(guān)研究發(fā)現(xiàn)植物豐富度與溫度密切相關(guān)。通常在高的年均溫的地方植物生產(chǎn)力會更高,因此會支持更豐富的植被和微生物類群。相反Basidiomycota門類和外生菌根真菌的豐富度與緯度正相關(guān),這樣的結(jié)果跟Tedersoo等人(2012)發(fā)現(xiàn)的結(jié)果一致。另外最近全球尺度研究發(fā)現(xiàn)氣候驅(qū)動的凋落物的分解速率的差異能夠很好的預(yù)測共生菌根的地理分布,反之亦然。這是因?yàn)?,某些菌根類型如外生菌根真菌對植被的養(yǎng)分如N/P吸收具有重要的作用,因此外生菌根的多樣性通常會在N限制的地方如溫帶森林更高。

相反細(xì)菌緯度多樣性呈現(xiàn)單峰變化,主要由土壤pH的地理變異所解釋。這是因?yàn)樵谧髡叩臉訋?,中性土壤出現(xiàn)在神農(nóng)架林區(qū),且該位置位于中國東部樣帶的中間位置(北緯35°),這說明大部分細(xì)菌物種可能都具有較窄的pH偏好。另外與pH密切相關(guān)的降雨和養(yǎng)分可利用性的變化也能很好的解釋細(xì)菌的緯度多樣性變化。通常,土壤母質(zhì)類型和降雨量與土壤pH密切相關(guān),而且pH在全球尺度上與降雨量呈負(fù)相關(guān)關(guān)系,只有合適的降雨量才會營造中性土壤,這也是為什么中緯度具有中性pH且微生物多樣性最高。另一方面,土北緯35°附近是中國南北氣候的分界線,也是亞熱帶和暖溫帶的過渡區(qū),一般群落過渡帶地區(qū)較高的植被物種豐富度會維持較高的養(yǎng)分可利用性。多元回歸結(jié)果顯示優(yōu)勢樹種的類別能解釋64.5%的土壤pH的地理變化。這樣的結(jié)果也進(jìn)一步證明了土壤pH可能與物種類別比植被多樣性的關(guān)系更密切。另外,相較于真菌多樣性與土壤C:N密切的關(guān)系,細(xì)菌多樣性與土壤N:P關(guān)系更密切。森林生態(tài)系統(tǒng)中,微生物群落通常需要通過分解和礦化有機(jī)質(zhì)來獲得能量,因此有機(jī)質(zhì)的化學(xué)計量比(如C:NN:P)在大尺度的微生物的地理分布中起著重要的作用。

另外細(xì)菌總的多樣性的單峰變化主要是由優(yōu)勢門類所決定的,但是某些稀有門類如Gemmatimonadetes與緯度呈現(xiàn)正相關(guān)。這可能與Gemmatimonadetes喜歡干旱的環(huán)境有關(guān)。然而這樣的規(guī)律在大尺度的微生物學(xué)地理分布研究中往往被忽略,因?yàn)榧?xì)菌和真菌的地理分布往往由優(yōu)勢門類所決定,但是稀有門類的物種多樣性的地理分布的研究也應(yīng)該被關(guān)注,因?yàn)橄∮虚T類微生物在生態(tài)系統(tǒng)也發(fā)揮著不可替代的作用。

評論

土壤微生物多樣性的緯度變化及形成機(jī)制是今年來生態(tài)學(xué)領(lǐng)域的研究熱點(diǎn),該研究發(fā)現(xiàn)細(xì)菌多樣性隨緯度呈現(xiàn)單峰變化,而真菌多樣性隨緯度升高而逐漸降低。這一結(jié)果與最近發(fā)表在nature上一篇全球尺度微生物多樣性分布的結(jié)論較為相似,但是該研究在此基礎(chǔ)上進(jìn)一步揭示了這種微生物不一致的變化的潛在機(jī)制:MAT和地上凈初級生產(chǎn)力是真菌緯度多樣性變化的決定因子,而土壤pHN:P是細(xì)菌緯度多樣性變化的決定因子。此外,作者用相關(guān)模型計算出采樣的“隨機(jī)因素”會對微生物地理分布的特征及決定機(jī)制造成一定程度的影響,從而強(qiáng)調(diào)了大尺度微生物地理學(xué)研究采樣的嚴(yán)謹(jǐn)性。



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