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Nature Microbiology | 通過單細(xì)胞病毒標(biāo)記來定義人類腸道宿主-噬菌體網(wǎng)絡(luò)

2021.04.13

推薦：江舜堯

編譯：靈筠

編輯：十九

澳大利亞昆士蘭大學(xué)Mária D?unková等人于2019年8月5日在Nature Microbiology（IF：14.174）在線發(fā)表了題名為《Defining the human gut host–phage network through single-cell viral tagging》的文章。該研究采用單細(xì)胞病毒的熒光標(biāo)記來定義人類腸道宿主-噬菌體網(wǎng)絡(luò)，擴(kuò)展了已知的腸道宿主-噬菌體網(wǎng)絡(luò)，同時(shí)發(fā)現(xiàn)了攜帶不同病毒的受試者的噬菌體和細(xì)菌間存在高度的交叉，表明了糞菌移植治療（FMT）將導(dǎo)致病毒介導(dǎo)的受體細(xì)菌群落的擾動(dòng)。

文章摘要

不依賴于傳統(tǒng)培養(yǎng)的測(cè)序分析技術(shù)不斷進(jìn)步，病毒的發(fā)現(xiàn)也因此正以前所未有的速率進(jìn)行。其中鑒定這些最近鑒定但未經(jīng)培養(yǎng)病毒的宿主也是重要的研究目標(biāo)。為此，我們采用了病毒標(biāo)記方法，該方法不需要傳統(tǒng)培養(yǎng)，通過熒光標(biāo)記的病毒粒子吸附到未標(biāo)記的細(xì)菌宿主細(xì)胞，然后將其單獨(dú)分選為宿主-噬菌體對(duì)，再進(jìn)行基因組擴(kuò)增和高通量測(cè)序以鑒定宿主和附著的病毒。該研究展示了使用糞便微生物組的單細(xì)胞病毒標(biāo)記，包括人類受試者之間病毒和細(xì)菌的交叉標(biāo)記。總共預(yù)測(cè)363個(gè)宿主-噬菌體配對(duì)，大多具特異性，且包括了之前未鑒定的病毒，盡管多數(shù)細(xì)菌宿主具有已知的分類。這些配對(duì)中有五分之一是由多個(gè)單細(xì)胞病毒標(biāo)記的。在宿主-噬菌體網(wǎng)絡(luò)明顯缺乏靶向多種細(xì)菌的病毒，結(jié)果表明噬菌體不是人類腸道中跨物種水平基因轉(zhuǎn)移的主要載體。盡管受試者具有特異的病毒特性，但來自不同受試者的噬菌體和細(xì)菌間存在高度的交叉，這對(duì)糞菌移植治療（FMT）具有啟示意義。