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【R分享|實(shí)戰(zhàn)】如何用meta包實(shí)現(xiàn)meta分析



 不求做的最好,但求做的更好。”   --科白君


"R實(shí)戰(zhàn)"專題·第14篇
  編輯 | 科白維尼
  2742字 |5分鐘閱讀

本期推送內(nèi)容
最近我正在收集全球數(shù)據(jù),meta分析。有同學(xué)剛好在公眾號(hào)私信,表示想學(xué)習(xí)一下meta分析,因此本期內(nèi)容做一個(gè)meta分析比較簡(jiǎn)單且常見(jiàn)的步驟過(guò)程。meta分析是指將多項(xiàng)研究結(jié)果結(jié)合起來(lái)進(jìn)行加權(quán)分析。其實(shí)meta分析最早并且更多地用在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,逐漸地在經(jīng)濟(jì)學(xué)、金融學(xué)、社會(huì)科學(xué)。目前,meta分析也在工學(xué)、生態(tài)學(xué)、土壤學(xué)農(nóng)學(xué)等學(xué)科中越來(lái)越受歡迎。下面會(huì)介紹meta分析的優(yōu)勢(shì)如何更好地完成一項(xiàng)meta分析的研究。重中之重:如何利用R語(yǔ)言完成meta分析的基本過(guò)程。

01

為什么要做meta分析


1)對(duì)同一個(gè)主題的多項(xiàng)研究進(jìn)行一致性評(píng)價(jià)

2)對(duì)同一個(gè)主題的多項(xiàng)研究進(jìn)行系統(tǒng)性評(píng)價(jià)和總結(jié)普適結(jié)論

3)能夠總結(jié)出現(xiàn)有課題存在的科學(xué)問(wèn)題,進(jìn)一步指明研究方向

4)當(dāng)受某些條件約束時(shí),例如受時(shí)間或研究對(duì)象的限制,meta分析可能更好

02

meta分析主要的步驟過(guò)程


1)首先確定所需研究的主題或科學(xué)問(wèn)題

2)然后制定檢索詞,盡可能全面廣泛地收集實(shí)驗(yàn)組與對(duì)照組的數(shù)據(jù)

3)確定保留和排除的標(biāo)準(zhǔn),剔除不符合要求的文獻(xiàn)

4)并選擇和提取文獻(xiàn)對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù),主要包含原文的結(jié)果數(shù)據(jù)和圖表

5)進(jìn)行試驗(yàn)的質(zhì)量評(píng)估和描述特征

6)進(jìn)一步進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

7)得出結(jié)論并解讀結(jié)果

主要的處理方法如下:

異質(zhì)性檢驗(yàn)(齊性檢驗(yàn),即通過(guò)最常用的Q檢驗(yàn),I^2值等);采用 Homogeneity test(Q 檢驗(yàn)) (檢驗(yàn)水準(zhǔn)為α=0.1) 。當(dāng)P<0.1時(shí),表明研究間存在異質(zhì)性; 否則研究具有同質(zhì)性。再結(jié)合I^2(0~100%)定量分析異質(zhì)性的大小,此值越大,則表明研究間同質(zhì)性愈大。根據(jù)推薦的標(biāo)準(zhǔn),當(dāng)I^2的值小于或等于40%時(shí),表明研究異質(zhì)性的合格,此時(shí)應(yīng)用固定效應(yīng)模型(Fixed Effects Model);而當(dāng)異質(zhì)性的標(biāo)準(zhǔn)大于推薦標(biāo)準(zhǔn)值時(shí),應(yīng)選采用隨機(jī)效應(yīng)模型(Randomized Effects Model)進(jìn)行 meta 分析。(如果不確定的時(shí)候,建議使用隨機(jī)效應(yīng)模型)

②統(tǒng)計(jì)合并效應(yīng)量(加權(quán)合并,計(jì)算效應(yīng)值及95%的置信區(qū)間)并進(jìn)行統(tǒng)計(jì)推斷;

③一般用森林圖展示單個(gè)試驗(yàn)的結(jié)果和合并后的結(jié)果;

④敏感性分析:通常使用Egger's法和Begg's法, 或者使用"倒置的漏斗圖"對(duì)所選擇的數(shù)據(jù)進(jìn)行發(fā)表偏倚檢測(cè)。


03

R語(yǔ)言如何實(shí)現(xiàn)meta分析



第一步:合并效應(yīng)值;
這里使用R語(yǔ)言meta包中自帶數(shù)據(jù)集--"Olkin95"
# meta-------------
install.packages("meta")
library(meta)
data("Olkin95")
?Olkin95
# 這是急性心肌梗死后溶栓治療的數(shù)據(jù)集
head(Olkin95)
# 數(shù)據(jù)集包含作者、時(shí)間、實(shí)驗(yàn)組結(jié)果及其樣本量、對(duì)照組結(jié)果及其樣本量,共6個(gè)變量

# 查看Examples后我們可以看到meta分析時(shí)所使用的函數(shù)為metabin
?metabin
結(jié)果如下:

繼續(xù)看該函數(shù)的Examples,可以看到對(duì)應(yīng)使用該數(shù)據(jù)集--"Olkin1995"的使用命令;

meta<- metabin(ev.exp, n.exp, ev.cont, n.cont,
                data=Olkin1995, sm="RR",studlab=paste(author, year))
# sm 一個(gè)字符串,表示哪個(gè)匯總度量(“RR”,“OR”,“RD”,“ASD”,或“DOR”)將用于匯集研究,請(qǐng)參見(jiàn)details。
# studlab 帶有研究標(biāo)簽的可選向量。
summary(meta)#匯報(bào)具體的結(jié)果

結(jié)果如下:

檢驗(yàn)結(jié)果表示,納入meta分析的各研究之間不存在有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的異質(zhì)性(P=0.115).由于I^2 < 40%,所以采用固定效應(yīng)模型(Mantel-Haenszelmethod),結(jié)果顯示總體的效應(yīng)值RR=0.7728, 95%CI: 0.7342-0.8135,z=-9.8421,P< 0.0001,因此,統(tǒng)計(jì)學(xué)上可以作出溶栓治療有預(yù)防急性心肌梗塞的作用。

第二步:森林圖的繪制;

這里我們使用forest( )函數(shù)進(jìn)行繪制效應(yīng)值的森林圖,代碼如下:
?forest
# 可以先學(xué)習(xí)對(duì)應(yīng)參數(shù)的含義。
# 主要看看例子的使用
jpeg("meta_forest.jpeg", height=6000 , width=4500, res=360)
forest(meta)
dev.off()

結(jié)果如下:


第三步:發(fā)表偏倚的檢驗(yàn);
利用metabias()函數(shù)來(lái)檢驗(yàn)是否存在發(fā)表偏倚,代碼如下:
metabias(meta,method.bias="Egger")
# 通常使用Egger方法來(lái)檢驗(yàn)發(fā)表偏倚。
# 或者使用漏斗圖加以判斷
funnel(meta)

結(jié)果如下:

從結(jié)果來(lái)看,t=-1.77, P=0.0811,結(jié)果不存在發(fā)表偏倚。

從漏斗圖來(lái)看也可以看出分布對(duì)稱,當(dāng)然這種圖的形式不太容易判斷是否存在發(fā)表偏倚,還是建議上述使用的函數(shù)來(lái)檢驗(yàn)。

第四步:敏感性分析;

敏感性分析可以粗略地看出各研究對(duì)總估計(jì)效應(yīng)的影響有多大。這意味著將各研究進(jìn)行一次性排除再進(jìn)行,我們使用metainf()函數(shù),代碼如下:

metainf(meta,pooled="fixed")
# 這里默認(rèn)pooled為固定效應(yīng),fixed。注:如果隨機(jī)效應(yīng)模型改為pooled="random"

結(jié)果如下:

作者嘮叨:meta分析目前在生態(tài)學(xué)、土壤學(xué)、農(nóng)學(xué)領(lǐng)域剛剛興起,我認(rèn)為可以趁著這個(gè)熱點(diǎn),可以系統(tǒng)的學(xué)習(xí)一下meta分析,通過(guò)meta分析再結(jié)合自己的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)說(shuō)不定能發(fā)出一篇很不錯(cuò)的文章。另外,挑選一個(gè)好的課題能夠讓你的meta分析和故事做的更完美。

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