相信大家都聽說過CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）（https://portals.broadinstitute.org/ccle）。簡(jiǎn)單來說，這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)做了很多細(xì)胞系當(dāng)中基因表達(dá)、突變、拷貝數(shù)以及DNA甲基化的結(jié)果。利用這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)我們可以了解一個(gè)細(xì)胞系當(dāng)中某一個(gè)基因的基本情況。那么這么豐富的數(shù)據(jù)要如何使用呢？下面我們簡(jiǎn)單介紹一下。
根據(jù)官網(wǎng)鏈接進(jìn)入主頁面，如下圖所示：輸入基因名或者細(xì)胞系名后檢索即可。
這里我們以基因YTHDF1為例，輸入后提交。
可以看到Y(jié)THDF1的相關(guān)信息簡(jiǎn)介及通往其他外部gene數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接。
其中可以看到共包括5個(gè)菜單欄，下面我們就每個(gè)菜單欄的功能進(jìn)行簡(jiǎn)要介紹。
1. Distribution by Lineage
該模塊數(shù)據(jù)按照細(xì)胞系分布。
默認(rèn)選項(xiàng)打開后可得到如下結(jié)果：顯示給定數(shù)據(jù)集的基因表達(dá)數(shù)據(jù)的分布。箱形圖通過不同細(xì)胞系中基因表達(dá)的平均分布進(jìn)行分類和著色。高表達(dá)分布在左側(cè)，并用紅色顯示。
我們可以根據(jù)需要來更改數(shù)據(jù)集進(jìn)行可視化。
當(dāng)想隱藏某一細(xì)胞系時(shí)，點(diǎn)擊名稱使其變灰即可，再次點(diǎn)擊名稱即可顯示該隱藏的細(xì)胞系。當(dāng)然，頁面最下方的可供下載數(shù)據(jù)。
接下來我們點(diǎn)擊下方圖片中的紅色方框，
可以查看該圖的數(shù)據(jù)，并進(jìn)行編輯，比如改變某一細(xì)胞系的圖形類型等，功能相當(dāng)豐富，大家可以自行了解。
2. Scatter Plots
該模塊將基因的表達(dá)數(shù)據(jù)與自身的不同數(shù)據(jù)集或另一個(gè)基因的數(shù)據(jù)集進(jìn)行比較。下圖為YTHDF1的不同數(shù)據(jù)集比較結(jié)果。
如果要比較該基因與另一個(gè)基因的分布，先選擇“different gene”標(biāo)簽。輸入目的基因，點(diǎn)擊搜索。然后將彈出另一種用于選擇不同數(shù)據(jù)集的表格。X軸顯示原始基因的分布情況，而Y軸顯示新選擇的基因的分布情況。
當(dāng)然，下方依舊提供下載鏈接
3. Mutation Data
使用突變數(shù)據(jù)時(shí)，網(wǎng)站會(huì)提醒我們要登陸賬號(hào)才供使用
我們注冊(cè)一個(gè)賬號(hào)即可，當(dāng)然是免費(fèi)的啦。登陸成功后，則會(huì)出現(xiàn)以下數(shù)據(jù)頁面。單擊列旁邊的箭頭即可按列排序。當(dāng)然，我們也可以根據(jù)基因，細(xì)胞系，染色體等進(jìn)行篩選，下圖紅色數(shù)據(jù)框處即為篩選框。
這里我們以篩選腫瘤為例，輸入stomach，則會(huì)自動(dòng)篩選胃癌相關(guān)數(shù)據(jù)。
4. Fusion/Translocation Data
如題，該模塊顯示的是融合/易位數(shù)據(jù)。
5. CpG Methylation Viewer
該模塊顯示基因的甲基化數(shù)據(jù)。
按照上圖操作方法，加載圖形后，會(huì)出現(xiàn)下圖所示結(jié)果：X軸顯示甲基化數(shù)據(jù)的位置（冒號(hào)前的數(shù)字是染色體，冒號(hào)后的數(shù)字是位置），Y軸顯示測(cè)量甲基化的細(xì)胞系。其中氣泡大小表示覆蓋率，氣泡顏色表示甲基化，紅色代表高甲基化，藍(lán)色代表低甲基化。將鼠標(biāo)置于特定的氣泡上可提供更具體的信息，例如覆蓋率和甲基化程度。
也提供了數(shù)據(jù)下載的位置。
以上就是使用基因檢索的信息。如果想要檢索某一細(xì)胞系的話，直接在搜索框內(nèi)輸入細(xì)胞系名稱就好，這里以胃癌AGS細(xì)胞為例，做一下簡(jiǎn)要示范：
搜索后，則會(huì)出現(xiàn)下圖結(jié)果。其中藍(lán)色字體可鏈接至CCLE或NCBI的相應(yīng)位置。
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