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微醫(yī)原副總裁創(chuàng)業(yè),力推計算醫(yī)學(xué),哲源科技用超算構(gòu)建生命信息引擎

趙宇發(fā)了一條朋友圈,這是他離開微醫(yī)一年多后,首次公開自己的“新戰(zhàn)場”:哲源科技,由中國科學(xué)院計算技術(shù)研究所孵化的一家構(gòu)建生命數(shù)據(jù)解析平臺的人工智能企業(yè)。

此前,趙宇在微醫(yī)曾擔任負責市場及戰(zhàn)略的副總裁,多年深耕“互聯(lián)網(wǎng)+醫(yī)療”領(lǐng)域。他認為,“醫(yī)療是人工智能最大的一個應(yīng)用場景之一,隨著科技的進步,人類在臨床上積累的數(shù)據(jù)越來越多,以基因組為代表的數(shù)據(jù)產(chǎn)生量呈指數(shù)上升,數(shù)據(jù)更新日益加快、獲取數(shù)據(jù)成本降低,當面對每個個體超百G的數(shù)據(jù),累積數(shù)據(jù)超過PB級(1P=106G)時,我們?nèi)绾谓庾x這些多元、高維、海量、異構(gòu)的信息,便成為了關(guān)鍵。”普通的小型計算機已經(jīng)無法滿足其分析和解讀的需求,哲源科技便通過模型、超算技術(shù)來突破解讀,認知的瓶頸。

基于此,哲源科技聯(lián)合中國科學(xué)院計算技術(shù)研究所科研團隊,推動以國家隊的身份首倡并推動計算醫(yī)學(xué),所謂計算醫(yī)學(xué),是致力于發(fā)展定量方法,通過應(yīng)用數(shù)學(xué)、工程學(xué)和計算科學(xué)來智能化理解人類疾病的機理,并基于工業(yè)化的數(shù)據(jù)、算法、算力及生物醫(yī)學(xué)技術(shù)體系為醫(yī)學(xué)服務(wù)提供新洞見。

通過構(gòu)建人類的數(shù)字生命,讓數(shù)據(jù)來表達人體的治療后反應(yīng),這種設(shè)想已經(jīng)不再是腦洞大開,而是哲源科技實實在在正在踐行的項目,以計算機(超算)模擬人體內(nèi)的信息交互,將生命變得可數(shù)據(jù)化,從而解讀人體的生命數(shù)據(jù),再利用其進行人體健康管理、藥企新藥研發(fā)等方面的應(yīng)用。

不同于循證醫(yī)學(xué)和精準醫(yī)學(xué),計算醫(yī)學(xué)是一個全新的概念,高度依賴高性能的數(shù)據(jù)分析平臺,是建立在超算基礎(chǔ)之上的新興科學(xué)。計算醫(yī)學(xué)以計算技術(shù)為手段,醫(yī)學(xué)問題為導(dǎo)向,構(gòu)建各種生命活動的模型,充分利用人類已經(jīng)積累的生物醫(yī)學(xué)知識,系統(tǒng)地理解生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)蘊含的生命規(guī)律。

循證醫(yī)學(xué)、精準醫(yī)學(xué)、計算醫(yī)學(xué)對比示意圖(圖片截自官網(wǎng))

中科院計算技術(shù)研究所20年經(jīng)驗孵化,超算上跑出計算醫(yī)學(xué)

中國在超算方面的成就中科院計算技術(shù)研究所(簡稱:中科院計算所)位于第一梯隊,譚光明教授、張春明都是研究所里有著20年超算經(jīng)驗的研究員。中科院計算所多年以來一直積極參與國家課題,為配合人類基因組計劃,開發(fā)了基因組學(xué)處理技術(shù),建立了基因數(shù)據(jù)計算模型、融合模型等等,基于這些年積累,作為計算所高性能計算機研究中心主任,超算鄰域的世界級科學(xué)家譚光明教授帶領(lǐng)團隊提出了計算醫(yī)學(xué)的概念。中科院計算所決定將研究成果以企業(yè)的方式落地,遂孵化出了北京哲源科技有限責任公司(簡稱:哲源科技),將生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)處理方面的人工智能社會化應(yīng)用,構(gòu)建生命信息引擎,向臨床賦能。

除了前微醫(yī)高管趙宇負責公司商業(yè)化落地,公司背后技術(shù)實力強大,張春明副研究員、牛鋼博士是哲源科技的技術(shù)核心。牛鋼博士目前擔任圖靈·達爾文實驗室主任,曾經(jīng)主持分析了世界上最大的肝癌PDC數(shù)據(jù)項目。 

構(gòu)建生命信息引擎,成就醫(yī)學(xué)界的“英特爾芯片”,賦能全臨床

“循證醫(yī)學(xué)最大的特點是體現(xiàn)了群體的特征,但是卻永遠沒辦法知道藥物對具體某個人的實際療效如何?!闭茉纯萍糃OO趙宇表示,“例如在判斷腫瘤用藥方面,我們需要大約25000個基因,例如針對乳腺癌的分類和治療方案的選擇,可能就涉及三千多個基因,在目前實際場景中,如果說患者沒有標志物,那么即便是精準醫(yī)學(xué)也束手無策,最后又回歸到循證醫(yī)學(xué)?!?而在計算醫(yī)學(xué)的方法論下,哲源科技不再是依賴某個單獨的基因作為判斷藥物療效的關(guān)鍵,也不局限于靶點和藥物之間的一對一單點的因果關(guān)系,而是系統(tǒng)性地看待生命,最終哲源均能夠給出用藥建議方案,用超算手段去挖掘驅(qū)動找到新重點,然后結(jié)合人工智能的方法做算法迭代輸出,去探尋整體機體體系間的相關(guān)關(guān)系,構(gòu)建出一個生命信息引擎。

而訓(xùn)練這個模型的數(shù)據(jù)體量,按趙宇的描述,已經(jīng)超過PB(1P=10?G)量級,每次系統(tǒng)迭代都需要耗費千萬級的電費?!吧畔⒁娌⒎恰J序讟恰覀円呀?jīng)有部分成果在臨床上獲得了佐證?!壁w宇告訴動脈網(wǎng)。

就在最近,哲源科技通過生命信息引擎的子系統(tǒng)TWIRLS分析了世界上有關(guān)冠狀病毒的1.4萬多篇文獻相關(guān)文本資料共計300萬余單詞,在沒有任何臨床資源情況下,四小時就找到了新冠病毒導(dǎo)致“細胞因子風暴”的潛在機制,進而明確指出一個治療的新靶點。

無獨有偶,一個月后,這一計算醫(yī)學(xué)方法下的“紙上談兵”的研究結(jié)論,在3月25日Research Square平臺的一項由上海瑞金醫(yī)院病理科教授王朝夫、中國科學(xué)院院士卞修武等為通訊作者的論文中得以驗證。更在其后中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院蔣澄宇團隊以及武漢大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院李紅良團隊分別回顧性研究中進一步驗證。

生命信息引擎可以生動地理解為醫(yī)學(xué)界的“英特爾芯片”,理論上可以為全醫(yī)療領(lǐng)域的各類細分疾病進行數(shù)字化模擬試藥,即便面對棘手的癌癥,計算醫(yī)學(xué)呈現(xiàn)出巨大的優(yōu)勢。

腫瘤之所以難以治愈,原因在于癌癥并非由單一的基因控制,而是由上萬基因共同作用的結(jié)果,這些基因還會在體內(nèi)突變、演化,并且都不是“孤軍奮戰(zhàn)”,相反他們作為通路形成“種群”,聯(lián)合去完成特定任務(wù)。攻克癌癥,就好比要去解析一個超級復(fù)雜的電子路線圖,試圖通過單基因的管控實現(xiàn)全癌癥治療難度可想而知。

BBC紀錄中將癌癥信號通路形容成“你見過的最復(fù)雜的電子路線圖”

哲源科技通過機器學(xué)習(xí)模型深度解讀腫瘤基因組全局性變異,評估腫瘤信號通路的激活狀態(tài),可對腫瘤進行分期、評估原發(fā)灶起源、預(yù)測腫瘤進展等情況,輔助醫(yī)生與患者選擇靶向藥物、化療藥物、免疫治療藥物,評估用藥療效。特別是針對一線及多線用藥失敗、基因檢測無可用藥提示、檢測到用藥變異但臨床效果不好、發(fā)生耐藥等腫瘤臨床疑難問題,為醫(yī)生提供可用藥方案、輔助優(yōu)化后續(xù)臨床治療方案,實現(xiàn)腫瘤全程精準診療。

哲源科技的腫瘤臨床產(chǎn)品和服務(wù)

目前,哲源科技已經(jīng)有了多項臨床產(chǎn)品輸出,在臨床腫瘤方面,區(qū)別于目前存在的基因分析,哲源科技用計算醫(yī)學(xué)的方法,針對實體腫瘤復(fù)雜的二三線治療以及耐藥、轉(zhuǎn)移等情況,可以全部給出用藥建議,無空白、陰性報告,臨床有效緩解超過百分之八十。

在趙宇看來,沒有失敗的藥物臨床三期試驗。“我們通過計算醫(yī)學(xué),在醫(yī)院場景下,要為人找藥,對藥企合作,則是為藥找人,要給藥裝上‘眼睛’,找到適合的患者。哲源科技可以幫助臨床試驗失敗的藥物找到新的適應(yīng)癥,幫助藥企將巨額的投入成本撈回來?!?/span>

“在計算醫(yī)學(xué)方法下,我們已經(jīng)提出了與醫(yī)院,互聯(lián)網(wǎng)醫(yī)療,第三方醫(yī)學(xué)檢驗所三個醫(yī)療場景下的腫瘤治療解決方案,但我們?nèi)匀幌MR床醫(yī)學(xué)科學(xué)家,藥企研發(fā)團隊帶著問題與我們的技術(shù)合作,也希望將我們成熟的腫瘤臨床用藥建議產(chǎn)品豐富到各個基因檢測公司的產(chǎn)品線中去?!壁w宇呼吁道。據(jù)悉,公司也啟動了新一輪的融資計劃,主要用于科研團隊的擴增以及多場景的產(chǎn)品合作推進。

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文 | 王嬋

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