隨著生命科學(xué)領(lǐng)域研究的深入和技術(shù)的發(fā)展，科學(xué)研究和臨床診斷已逐漸向基因水平聚焦，全基因組測序技術(shù)已開始成為這些領(lǐng)域重要的研究手段。目前，由上海科技創(chuàng)新資源數(shù)據(jù)中心研發(fā)基于PaaS的在線生物信息分析平臺G-Xpert已基本完成，預(yù)計(jì)于今年年底全面上線。
數(shù)據(jù)中心首席技術(shù)官張嘉銳表示：在線生物信息分析平臺將堅(jiān)持中立的第三方身份，從技術(shù)和管理兩方面確保用戶的數(shù)據(jù)安全和隱私。數(shù)據(jù)中心將充分利用現(xiàn)有資源優(yōu)勢，整合相關(guān)領(lǐng)域的專家資源，通過部署各領(lǐng)域?qū)＜冶硶姆治隽鞒桃约癙aaS級別的定向優(yōu)化，大大降低使用門檻，使科研人員和醫(yī)務(wù)工作者提高研究效率，實(shí)現(xiàn)‘?dāng)?shù)據(jù)不落地’的在線協(xié)同?！?/p>
上海科技創(chuàng)新資源數(shù)據(jù)中心（SSTIR）官網(wǎng)專家首頁
據(jù)悉，今年疫情期間，數(shù)據(jù)中心推出的病毒基因組檢測服務(wù)，就是該生信分析平臺的主要功能之一，用戶只需上傳呼吸道樣本的二代測序數(shù)據(jù)，即可在3小時內(nèi)檢測出是否含有新型冠狀病毒。
傳統(tǒng)的核酸檢測只能覆蓋全基因組的很小一部分，無法滿足前瞻性科學(xué)研究和復(fù)雜臨床檢測的需求。在過去，測序技術(shù)受地域限制和分析周期的影響，分析結(jié)果的及時性較弱，尤其是對疾病的快速診斷十分不利。中科院上海巴斯德研究所郝沛研究員表示：“病毒檢測平臺，直接對接人體樣本的RNA二代測序原始數(shù)據(jù)，具有對數(shù)據(jù)全自動質(zhì)量控制、拼接和病毒組成分析等功能，實(shí)現(xiàn)了包括新型冠狀病毒在內(nèi)的樣本快速檢測。”
上?？萍紕?chuàng)新資源數(shù)據(jù)中心（SSTIR）官網(wǎng)科研助手
據(jù)后臺數(shù)據(jù)顯示，截止2020年5月6日12點(diǎn)，病毒基因組檢測平臺共向來自上海市公共衛(wèi)生臨床中心、復(fù)旦大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)附屬兒科醫(yī)院、遵義醫(yī)科大學(xué)等機(jī)構(gòu)的用戶提供了224次檢測服務(wù)，檢出了包括Covid-19、Hepatitis B virus、Influenza A virus在內(nèi)的近10種病毒，該檢測服務(wù)計(jì)劃通過迭代和擴(kuò)展，應(yīng)用到各級醫(yī)療機(jī)構(gòu)的臨床和科研工作中。
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