一般在腸道菌群健康檢測報告中，會有主要菌屬構(gòu)成比例，類似下圖：
圖源：谷禾腸道菌群健康檢測報告
我們可以看到圖中列舉了擬桿菌門，厚壁菌門...等。很多小伙伴拿到報告之后，對于這些細菌門表示困惑。
這些細菌門都代表了什么意思？
某個細菌門比例高了會怎么樣？
某個細菌門比例高，是好是壞？
是不是與某些疾病相關(guān)？
.......
實際上，這幾大類門的豐度和構(gòu)成比例變化與人類健康和疾病發(fā)生息息相關(guān)。
兩個主要門類，擬桿菌門和厚壁菌門，構(gòu)成人類腸道細菌的大部分。七歲以后，擬桿菌和厚壁菌之間的比例相對穩(wěn)定，而它們比例紊亂可能會導(dǎo)致肥胖和糖尿病等代謝綜合征。
本文，我們就給大家詳細介紹一下這其中最常見的幾大細菌門：
擬桿菌門、厚壁菌門、變形菌門、放線菌門。
為什么選這四大細菌門？
依據(jù)自然屬性分類，人類腸道菌群已經(jīng)鑒定出細菌的幾十個門，包括：擬桿菌門、厚壁菌門、變形菌門、放線菌門、疣微球菌門、梭桿菌門、藍藻菌門、螺旋體門等。
但是其中98%的腸道菌可以歸屬為前四類，擬桿菌門、厚壁菌門、變形菌門和放線菌門，大多數(shù)人這4個門的菌占據(jù)腸道細菌數(shù)量的99%。
了解這四大細菌門，可以說你對大部分人體內(nèi)腸道菌群的有了基本的了解。
01 擬桿菌門
Bacteroidetes
▲ 擬桿菌 ：革蘭氏陰性菌
不形成孢子 厭氧菌 桿菌 ▲
它們具有外膜、肽聚糖層和細胞質(zhì)膜。它們無氧呼吸的主要副產(chǎn)物是乙酸、異戊酸和琥珀酸。
包括碳水化合物的發(fā)酵、含氮物質(zhì)的利用以及膽汁酸和其他類固醇的生物轉(zhuǎn)化。大多數(shù)腸道細菌是糖酵解的，這意味著它們通過碳水化合物分子的水解獲得碳和能量。
據(jù)估計，只有約 2% 的單糖通過上消化道到達結(jié)腸。因此，單糖可能不是擬桿菌的主要能量來源。然而，來自植物纖維的多糖，如纖維素、木聚糖、阿拉伯半乳聚糖和果膠，以及植物淀粉，如直鏈淀粉和支鏈淀粉，在結(jié)腸中更為普遍。
多糖還被證明可以誘導(dǎo)來自擬桿菌的多種葡糖苷酶活性，包括負責(zé)海帶多糖降解的 β-1,3-葡糖苷酶活性以及多種 α、β-1,4 和 α、β--1,6 木糖苷酶和葡糖苷酶活性。大部分擬桿菌成員蛋白質(zhì)組包括水解這些多糖的蛋白質(zhì)。
表現(xiàn)出相當(dāng)大的營養(yǎng)靈活性和對宿主和腸道環(huán)境施加的壓力做出反應(yīng)的能力。很難說腸道擬桿菌是否對宿主產(chǎn)生負面或正面影響。擬桿菌能夠通過預(yù)防可能定植和感染腸道的潛在病原體感染來使宿主受益。由但是，在短鏈脂肪酸存在下，弱酸性 pH 值會抑制生長。諸如脆弱擬桿菌之類的致病物種已經(jīng)開發(fā)出逃避宿主免疫系統(tǒng)的策略。
作為多糖降解聯(lián)盟的成員，它們有助于從膳食纖維和淀粉中釋放能量，它們很可能是丙酸鹽的主要來源；然而，它們也參與了蛋白質(zhì)分解過程中有毒產(chǎn)物的釋放，這個群體的成員有一些可能有助于抑制炎癥的活動，但他們也有可能促進炎癥，有些是已知的機會性病原體。
將復(fù)雜的多糖轉(zhuǎn)化為可用化合物的能力可能使擬桿菌比必須依賴其他能源的細菌更具競爭力。
此外，擬桿菌實際上會刺激腸道內(nèi)壁產(chǎn)生巖藻糖基化聚糖。這種細菌還會刺激新生兒上皮的血管生成（血管的形成），從而增強人體對營養(yǎng)物質(zhì)的吸收。因此，擬桿菌細菌與其宿主有著復(fù)雜且普遍有益的關(guān)系——只要它們保留在腸腔內(nèi)。
目前，擬桿菌門中研究得最充分的，包括擬桿菌屬擬桿菌屬和普氏菌屬以及卟啉單胞菌屬。它們是專性或嚴格的革蘭氏厭氧菌，它們的組成和代謝活動在很大程度上受飲食調(diào)節(jié)。擬桿菌與高脂肪和蛋白質(zhì)的攝入量有關(guān)，而普雷沃氏菌與富含植物的飲食（高水平的復(fù)合碳水化合物和水果和蔬菜的攝入量）有關(guān)，因此，擬桿菌屬和普雷沃氏菌屬物種在人體內(nèi)具有其特定的棲息地，因為它們大多數(shù)是拮抗的。
其活動在食物和飼料成分的分解和轉(zhuǎn)化中起著重要作用。在人類結(jié)腸中，擬桿菌屬被認為對植物和宿主來源的多糖的代謝做出了非常重要的貢獻，而普氏菌屬有助于瘤胃中植物材料的利用。這兩個屬在蛋白質(zhì)代謝中都起著重要作用，并且可能也參與致癌物和異生物質(zhì)的代謝。
在患有非酒精性脂肪性肝炎的人類中，微生物群組成中擬桿菌的比例較低，這與高脂肪飲食和 BMI 無關(guān)。
能夠耐受大氣中的氧氣濃度長達 3 天。在腹內(nèi)感染開始期間，氧耐受性被認為允許細菌在腹腔的含氧組織中存活，直到大腸桿菌和其他協(xié)同生物能夠降低感染部位的氧化還原電位。
這些感染和膿腫可能發(fā)生在全身，包括中樞神經(jīng)系統(tǒng)、頭部、頸部、胸部、腹部、骨盆、皮膚和軟組織。組織。廣泛接受的腹部感染模型如下：腸壁破裂，細菌菌群滲入腔內(nèi)，需氧菌（感染中最活躍的部分）如大腸桿菌開始初步破壞組織并降低含氧菌的氧化還原電位（低氧化還原電位有利于厭氧菌生長），厭氧擬桿菌開始復(fù)制，然后擬桿菌主導(dǎo)感染。
除了腹瀉和膿腫，已知擬桿菌與腦膜炎和分流感染病例有關(guān)，尤其是在兒童中。任何通常沒有被擬桿菌定植的組織在接觸到含有擬桿菌的粘液或其他材料時都有可能被感染。
此外，擬桿菌作為胃腸手術(shù)過程中的感染源是一個巨大的問題。因此，必須采取適當(dāng)措施和有效的手術(shù)引流，以降低感染風(fēng)險。
脆弱擬桿菌與B. distasonis、卵形雙歧桿菌、B. thetaiotaomicron和B. vulgatus一起，在臨床感染中發(fā)生得最多，它們幾乎普遍對青霉素具有抗藥性，主要是由于產(chǎn)生了 β-內(nèi)酰胺酶。這些細菌普遍存在于胃腸道區(qū)域并且是大多數(shù)腹腔內(nèi)感染的原因，例如直腸周圍膿腫和褥瘡潰瘍。
當(dāng)從結(jié)腸釋放到血液中時，脆弱擬桿菌迅速繁殖，導(dǎo)致菌血癥。
如果脆弱擬桿菌被引入到腹腔，可能導(dǎo)致腹膜炎，和/或腹部膿腫。
泌尿生殖系統(tǒng)感染，包括產(chǎn)褥膿毒癥
手術(shù)或腹部損傷后的闌尾炎和腹部感染和傷口感染
腦、肺和肝膿腫通常為混合菌感染
褥瘡，通常與其他病原微生物混合
B. melanogenicus導(dǎo)致文森特心絞痛的組織損傷和炎癥
腹內(nèi)感染：80%以上由脆弱擬桿菌引起
婦科感染：脆弱擬桿菌的多種微生物厭氧菌感染經(jīng)常引起膿腫
最常與脆弱擬桿菌相關(guān)的皮膚和軟組織感染
呼吸道感染：包括非脆弱類桿菌在內(nèi)的多種微生物感染
以下為本門當(dāng)中比較著名的種屬及其所屬的綱目
擬桿菌目 Bacteroidales
嗜細胞菌目 Cytophagales
黃桿菌目 Flavobacteriales
擬桿菌綱 Bacteroidia
黃桿菌屬 Cytophagia
鞘氨醇桿菌 Sphingobacteriia
擬桿菌科 Bacteroidaceae
噬纖維菌科 Cytophagaceae
黃桿菌科 Flavobacteriaceae
普雷沃氏菌屬 Prevotella
擬桿菌屬 Bacteroides
紅棕色單胞菌屬 Porphyromonas
產(chǎn)黃菌屬 Flavobacterium
金黃桿菌屬 Chryseobacterium
普氏菌 Prevotella copri
普通擬桿菌 Bacteroides vulgatus
糞便擬桿菌 Bacteroides stercoris
單形擬桿菌 Bacteroides uniformis
平常擬桿菌 Bacteroides plebeius
脆弱擬桿菌 Bacteroides fragilis
類桿菌 Bacteroides xylanisolvens
多形擬桿菌 Bacteroides thetaiotaomicron
杜雷擬桿菌 Bacteroides dorei
迪氏副擬桿菌 Parabacteroides distasonis
糞擬桿菌 Bacteroides caccae
腐爛別樣桿菌 Alistipes putredinis
芬氏擬桿菌 Bacteroides finegoldii
馬賽擬桿菌 Bacteroides massiliensis
卵形擬桿菌 Bacteroides ovatus
糞副擬桿菌 Parabacteroides merdae
產(chǎn)酸擬桿菌 Bacteroides acidifaciens
糞普雷沃氏菌 Prevotella stercorea
內(nèi)臟臭氣桿菌 Odoribacter splanchnicus
埃格爾硫擬桿菌 Bacteroides eggerthii
腸擬桿菌 Bacteroides intestinalis
擬桿菌 Bacteroides coprophilus
產(chǎn)黑普雷沃氏菌 Prevotella melaninogenica
約氏副擬桿菌 Parabacteroides johnsonii
二路擬桿菌 Prevotella bivia
芽孢桿菌 Alistipes indistinctus
中間普氏菌 Prevotella intermedia
變黑普雷沃氏菌 Prevotella nigrescens
牙齦二氧化碳嗜纖維菌 Capnocytophaga gingivalis
人體擬桿菌 Prevotella corporis
口普雷沃氏菌 Prevotella oris
齒齦擬桿菌 Prevotella oulorum
牙齦卟啉單胞菌 Porphyromonas gingivalis
棲牙擬桿菌 Prevotella denticola
短穩(wěn)桿菌 Empedobacter brevis
纖維素類桿菌 Bacteroides cellulosilyticus
水生黃桿菌 Flavobacterium aquatile
譚氏普雷沃氏菌 Prevotella tannerae
薩氏擬桿菌 Bacteroides salanitronis
口腔普雷沃氏菌 Prevotella oralis
黃桿菌屬 Flavobacterium sp
棲組織普雷沃氏菌 Prevotella histicola
02 厚壁菌門
Firmicutes
厚壁菌門(Firmicutes)是一最大的細菌群，多數(shù)為革蘭氏陽性，表現(xiàn)為球狀或者桿狀，有細胞壁結(jié)構(gòu)。
注：關(guān)于革蘭氏陽性菌詳見： 革蘭氏陽性菌的詳細分類及治療
然而，一些例如菌 Megasphaera、Pectinatus、Selenomonas 和 Zymophilus，有一個多孔的假外膜，使它們革蘭氏染色陰性。少數(shù)如柔膜菌綱（Mollicutes）（如支原體），缺乏細胞壁而不能被革蘭氏方法染色，但也和其余的革蘭氏陽性菌一樣缺乏第二層細胞膜。
原本包括所有革蘭氏陽性菌，但目前僅包括低G+C含量的革蘭氏陽性菌，而高G+C含量的則被劃入放線菌門（Actinobacteria）。
乳酸桿菌是一種常見于酸奶和其他發(fā)酵乳制品中的益生菌，屬于這一門。這些微生物產(chǎn)生乙酸鹽（另一種促進健康的短鏈脂肪酸）、乳酸鹽和抗菌物質(zhì)，可防止病原體干擾健康。
乳桿菌生產(chǎn)各種發(fā)酵產(chǎn)品：
布魯氏乳桿菌 用于制作酸奶，而 嗜酸乳桿菌 在生產(chǎn)嗜酸乳桿菌中很重要。其他物種有助于生產(chǎn)泡菜、酸菜和青貯飼料。
除了乳酸桿菌外，厚壁菌門的其他有益成員也以產(chǎn)生丁酸鹽而聞名，特別是糞桿菌、真桿菌、羅氏桿菌。
瘤胃球菌——“第三種腸型”
被稱為“第三種腸型”的谷物愛好者，通常以瘤胃球菌為主，瘤胃球菌是厚壁菌門的成員。
腸型通?？梢宰匪莸?strong> 長期的飲食習(xí)慣。瘤胃球菌微生物組類型的人傾向于攝入更多全谷物中的抗性淀粉和膳食纖維。
如果想增加腸道中厚壁菌的數(shù)量，那么應(yīng)該多吃高纖維食物，如蘋果，大蒜，大麥，燕麥，洋蔥等。
許多厚壁菌門能夠形成孢子，處于不活動、嚴重脫水和對環(huán)境壓力具有高度抵抗力的休眠階段。
注：“endospore”這個名字暗示了一種孢子或種子狀形式，但它不是真正的孢子（即不是后代）。它是一種精簡的休眠形式，細菌可以將自身還原成這種形式。這些內(nèi)生孢子能夠抵抗干燥并且可以在極端條件下存活。很多環(huán)境中都可找到內(nèi)生孢子，一些著名的病原菌都能產(chǎn)生孢子。
——表皮葡萄球菌
表皮葡萄球菌是從人類皮膚中分離出來的最常見的細菌。它是非致病性的，所以沒有人真正擔(dān)心它。
但是金黃色葡萄球菌是通常與許多疾病有關(guān)，例如癤子、丘疹、肺炎、骨髓炎、腦膜炎和關(guān)節(jié)炎。
關(guān)于表皮葡萄球菌，詳見：
——鏈球菌
化膿性鏈球菌導(dǎo)致許多人類疾病。例如猩紅熱、風(fēng)濕熱和鏈球菌性咽炎。大約 50% 的嚴重喉嚨痛病例是由化膿性鏈球菌引起的?；撔枣溓蚓部梢鹉摪挷?。
鏈球菌咽喉炎在春秋高發(fā)，詳見：
肺炎鏈球菌會導(dǎo)致肺炎球菌肺炎，如果不治療，30%的病例可能會導(dǎo)致死亡。詳見：
梭菌屬厭氧菌。通常，它們生活在土壤中，由于有機物質(zhì)的正常分解而在那里形成的厭氧棲息地的小塊區(qū)域。
重要的固氮劑：Clostridium pasteurianum
重要的纖維素降解劑：
Clostridium cellobioparum
Clostridium thermocellum
有幾個物種可能對人類致病，其中包括 導(dǎo)致肉毒桿菌中毒的肉毒梭菌和導(dǎo)致破傷風(fēng)的破傷風(fēng)梭菌。
然而，如果對其加以利用也可以對人類有利。肉毒桿菌毒素被分離出來時，可以控制劑量用作肌肉松弛劑，以幫助治療患有多發(fā)性硬化癥和帕金森病的人。
其中最主要是 結(jié)核分枝桿菌，引起結(jié)核病。
麻風(fēng)分枝桿菌 引起漢森氏?。轱L(fēng)?。?。
其他致病菌包括牛分枝桿菌，它是奶牛的病原菌，可通過未經(jīng)高溫消毒的牛奶感染人類并引起結(jié)核病。
Mycobacterium avium，也會引起結(jié)核病，尤其是在艾滋病患者中。
堪薩斯分枝桿菌Mycobacterium kansasii 和 龜分枝桿菌Mycobacterium chelonae，也在人類中引起疾病。
光鏡下痰中結(jié)核分枝桿菌
八疊球菌屬Sporosarcina
Sporosarcina是獨特的，因為它是一種球狀細菌，而不是桿狀細菌。
產(chǎn)葉綠素的菌
Heliobacillus，Heliobacterium，Heliophilum都是產(chǎn)生獨特形式的細菌葉綠素的光養(yǎng)生物。
棒狀桿菌
棒狀桿菌是厚壁菌門中的明星菌之一。它包括許多對植物和動物具有致病性的物種。其中最重要的是白喉棒狀桿菌，顧名思義，它是引起白喉的病原菌。
丙酸細菌
它們在瑞士埃曼塔爾乳酪中形成孔洞中所起的作用。乳脂最初是用鏈球菌和乳酸桿菌以及丙酸菌的混合物接種的。這兩個物種將乳脂中的乳糖轉(zhuǎn)化為乳酸。凝乳排干后，丙酸細菌將乳酸氧化成丙酮酸，然后將其轉(zhuǎn)化為丙酸。在此過程中，會釋放二氧化碳。正是這種二氧化碳在凝固的奶酪中聚集在氣泡中，形成了瑞士埃曼塔爾乳酪中的特征孔。
痤瘡丙酸桿菌
是人體皮膚中的常駐菌，通常無害，但它會加劇痤瘡（痘痘）的病癥。
硫酸鹽還原菌（SRB）
硫酸鹽還原菌 (Sulfate-Reducing Bacteria，簡稱SRB)存在于厚壁菌門和變形菌門中。它們通過含硫化合物（如粘蛋白和氨基酸）的代謝產(chǎn)生硫化氫 (H2S)。H2S 在超出嚴格控制的生理范圍后是劇毒的。H2S水平升高與結(jié)腸細胞凋亡、絨毛萎縮、粘膜耗竭和反應(yīng)性隱窩細胞增生有關(guān)。H2S會損害結(jié)腸細胞中丁酸鹽的氧化，尤其在潰瘍性結(jié)腸炎中的作用明顯更大。
以下為厚壁菌門當(dāng)中比較著名的屬及其所屬的綱目：
芽孢桿菌綱（Bacilli）
芽孢桿菌目（Bacillales）
芽孢桿菌屬（Bacillus）
李斯特氏菌屬（Listeria）
葡萄球菌科（Staphylococcaceae）
葡萄球菌屬（Staphylococcus）
乳桿菌目（Lactobacillales）
腸球菌屬（Enterococcus）
乳桿菌屬（Lactobacillus）
乳球菌屬（Lactococcus）
明串珠菌屬（Leuconostoc）
鏈球菌屬（Streptococcus）
梭菌綱（Clostridia）
梭菌目（Clostridiales）
梭菌屬（Clostridium）
優(yōu)桿菌屬（Eubacterium）
太陽桿菌屬（Heliobacterium）
Halanaerobiales
Natranaerobiales
Thermoanaerobacterales
丹毒絲菌綱（Erysipelotrichia）
丹毒絲菌目（Erysipelotrichales）
丹毒絲菌屬（Erysipelothrix）
Negativicutes
Selenomonadales
香蕉孢菌屬（Sporomusa）
Thermolithobacteria
Thermolithobacterales
柔膜菌綱（Mollicutes）
支原體目（Mycoplasmatales）
支原體屬（Mycoplasma）
螺原體屬(Spiroplasma)
脲原體屬(Ureaplasma)
03 變形菌門
Proteobacteria
變形菌門（Proteobacteria）是細菌中主要的一門，主要是由核糖體RNA序列定義的，它的名字也很有趣，取自希臘神話中能夠變形的神普羅透斯（這同時也是變形菌門中變形桿菌屬的名字），因為該門細菌的形狀具有極為多樣的形狀。
變形菌門包括很多病原菌，如大腸桿菌、埃希氏菌、沙門氏菌、弧菌、螺桿菌、志賀氏菌、綠膿桿菌、霍亂弧菌、鼠疫桿菌、腦膜炎雙球菌、淋球菌、空腸彎曲菌、幽門螺桿菌等著名的屬。也有自由生活（非寄生）的種類，包括很多可以進行固氮的細菌。
所有的變形菌門細菌都是革蘭氏陰性菌，其外膜主要由脂多糖組成。很多種類利用鞭毛運動，但有一些非運動性的種類，或者依靠滑行來運動。
此外還有一類獨特的粘細菌，可以聚集形成多細胞的子實體。
變形菌門包含多種代謝種類。大多數(shù)細菌營兼性或者專性厭氧及異養(yǎng)或者自養(yǎng)化能生物生活，但有很多例外。很多并非緊密相關(guān)的屬可以利用光合作用儲存能量。因其多數(shù)具有紫紅色的色素，被稱為紫細菌。
變形菌門根據(jù)rRNA序列被分為五類（通常作為五個綱），用希臘字母α、β、γ、δ和ε命名。其中有的類別可能是并系的。
α-變形菌綱 (Alphaproteobacteria)
β-變形菌綱 (Betaproteobacteria)
δ-變形菌綱 (Deltaproteobacteria)
ε-變形菌綱 (Epsilonproteobacteria)
γ-變形菌綱 (Gammaproteobacteria)
Part 1
α-變形菌
α-變形菌（Alphaproteobacteria）的統(tǒng)一特征是它們是寡營養(yǎng)細菌，能夠生活在低營養(yǎng)環(huán)境中的生物，例如深海沉積物、冰川冰或深層地下土壤。
包括大多數(shù)光養(yǎng)菌屬，但也包括一些代謝 C1 化合物的屬（例如，甲基桿菌屬）、植物（例如，根瘤菌屬）和動物的共生體，以及一組病原體立克次氏菌科。科學(xué)家們經(jīng)常使用農(nóng)桿菌屬的 α-變形菌將外源 DNA 轉(zhuǎn)移到植物基因組中。
在 α-變形菌 中有兩個分類群，衣原體和立克次體，它們是專性細胞內(nèi)病原菌，這意味著它們生命周期的一部分必須發(fā)生在稱為宿主細胞的其他細胞內(nèi)。當(dāng)不在宿主細胞內(nèi)生長時，衣原體和立克次體在宿主細胞外代謝失活。它們無法合成自己的三磷酸腺苷 (ATP)，因此，它們的能量需求依賴于細胞。
立克次氏體屬包括許多人類病原菌。例如，立克次氏立克次體引起落基山斑疹熱，這是一種危及生命的腦膜腦炎（包裹大腦的膜發(fā)炎）。
另一種立克次體，R. prowazekii，通過虱子傳播。它會導(dǎo)致流行性斑疹傷寒，這是一種在戰(zhàn)爭和人口大規(guī)模遷移期間常見的嚴重傳染病。R. prowazekii感染人類內(nèi)皮細胞，導(dǎo)致血管內(nèi)壁發(fā)炎、高燒、腹痛，有時還會出現(xiàn)譫妄。
R. typhi，會引起一種不太嚴重的疾病，稱為鼠傷寒或地方性斑疹傷寒，在溫暖的季節(jié)，這種疾病在美國西南部仍然存在。
衣原體是 α-變形菌 的另一個分類單元。該屬的成員對細胞防御具有極強的抵抗力，使它們能夠通過基本體在宿主之間快速傳播。代謝和生殖不活躍的基本體是細胞內(nèi)細菌的內(nèi)生孢子樣形式，進入上皮細胞，在那里它們變得活躍。
沙眼衣原體是導(dǎo)致沙眼的人類病原體，沙眼是一種眼睛疾病，通常會導(dǎo)致失明。沙眼衣原體還會引起性傳播疾病性病淋巴肉芽腫。這種疾病常有輕微癥狀，表現(xiàn)為局部淋巴結(jié)腫大，也可能無癥狀，但傳染性極強，在大學(xué)校園里很常見。
Part 2
β-變形菌
β-變形菌 （Betaproteobacteria ）是一類都是革蘭氏陰性的變形菌，由幾組需氧或兼性細菌組成，它們的降解能力通常具有高度的多樣性，但也包含化學(xué)光營養(yǎng)屬（例如，氨氧化屬Nitrosomonas）和一些光養(yǎng)菌（Rhodocyclus和Rubrivivax屬的成員）。
α-變形菌只能靠最少量的營養(yǎng)物質(zhì)生存，而β-變形菌是富營養(yǎng)菌，這意味著它們需要大量的有機營養(yǎng)物。β-變形菌通常生長在需氧和厭氧區(qū)域之間（例如，在哺乳動物腸道中）。
如廢水或土壤中。該綱的致病菌有奈氏球菌目(Neisseriales)的中一些細菌（可導(dǎo)致淋病和腦膜炎）和伯克氏菌屬(Burkholderia)。在海洋中很少能發(fā)現(xiàn)β-變形菌。
一些屬包括作為人類病原體的物種，能夠引起嚴重的、有時危及生命的疾病。
奈瑟氏球菌，例如包括細菌淋病奈瑟氏球菌和腦膜炎奈瑟氏球菌的病原體細菌性腦膜炎。
Burkholderia是一種變形菌屬，可能以其致病成員最為人所知：Burkholderia mallei，導(dǎo)致鼻疽，一種主要發(fā)生在馬和相關(guān)動物身上的疾??；鼻疽伯克霍爾德菌，類鼻疽的病原體；
洋蔥伯克霍爾德菌，在人與囊性纖維化（CF）肺部感染的重要病原菌。
伯克霍爾德（先前的一部分假單胞菌）屬名是指一組幾乎無處不在的革蘭氏陰性，能動，專性需氧棒狀細菌的包括動物/人和植物病原體以及一些環(huán)境重要的物種。
導(dǎo)致百日咳（百日咳）的病原體也是 β-變形菌的成員。百日咳桿菌博德特氏菌，屬伯克氏菌目，產(chǎn)生幾種毒素麻痹纖毛在人呼吸道的移動和直接損傷呼吸道的細胞，導(dǎo)致嚴重的咳嗽。
Part 3
γ-變形菌
最多樣化的革蘭氏陰性細菌是γ-變形菌，它包括許多人類病原體。包括幾個醫(yī)學(xué)和科學(xué)上重要的細菌群，例如腸桿菌科、弧菌科和假單胞菌科。
許多重要的病原體屬于這一類，例如沙門氏菌屬。（腸炎和傷寒）、鼠疫桿菌（鼠疫）、霍亂弧菌（胃腸道疾病霍亂）、銅綠假單胞菌（住院或囊性纖維化患者的肺部感染）和大腸桿菌（食物中毒）。
例如，一個龐大而多樣的科，假單胞菌科，包括假單胞菌屬。在該屬內(nèi)是銅綠假單胞菌，它是一種病原體，負責(zé)身體不同部位的各種感染。銅綠假單胞菌是一種嚴格需氧、不發(fā)酵、高度運動的細菌。
它經(jīng)常感染傷口和燒傷，可能是慢性尿路感染的原因，并且可能是囊性纖維化患者或機械呼吸機患者呼吸道感染的重要原因。銅綠假單胞菌感染通常難以治療，因為該細菌對許多抗生素具有抗性，并且具有形成生物膜的非凡能力。
腸桿菌科是屬于γ-變形菌 的一大類腸道（腸道）細菌。它們是兼性厭氧菌，能夠發(fā)酵碳水化合物。在這個家族中，微生物學(xué)家認識到兩個不同的類別。
第一類，大腸桿菌，以其原型細菌種類大腸桿菌命名。大腸菌能夠完全發(fā)酵乳糖（即產(chǎn)生酸和氣體）。
第二類，非大腸桿菌，要么不能發(fā)酵乳糖，要么不能完全發(fā)酵（產(chǎn)生酸或氣體，但不能同時產(chǎn)生兩者）。非大腸菌群包括一些值得注意的人類病原體，例如沙門氏菌屬，志賀氏菌，和鼠疫耶爾森氏菌。
顯微鏡下的大腸桿菌
自 1886 年由 Theodor Escherich首次描述以來，大腸桿菌可能是研究最多的細菌。許多大腸桿菌菌株與人類存在共生關(guān)系。
然而，一些菌株會產(chǎn)生一種稱為志賀毒素的潛在致命毒素，它會穿透大腸中的細胞膜，導(dǎo)致血性腹瀉和腹膜炎（腹腔內(nèi)壁發(fā)炎）。其他大腸桿菌菌株可能會導(dǎo)致旅行者腹瀉，這是一種不太嚴重但非常普遍的疾病。
沙門氏菌屬屬于腸桿菌科的非大腸菌群，其有趣之處在于它包括多種尚未達成共識。科學(xué)家們已經(jīng)將他們曾經(jīng)認為是物種的許多群體重新分類為血清型（也稱為血清型），它們是同一細菌物種的菌株或變異。它們的分類是基于動物抗血清對細菌細胞表面分子的反應(yīng)模式。許多血清型沙門氏菌可引起沙門氏菌病，其特征是小腸和大腸發(fā)炎，伴有發(fā)燒、嘔吐和腹瀉。
S. enterobacterica（血清型傷寒沙門氏菌）導(dǎo)致傷寒，隨著癥狀，包括發(fā)燒，腹部疼痛，皮疹。
關(guān)于沙門氏菌的介紹，詳見：
Part 4
δ-變形菌
δ-變形菌（Deltaproteobacteria ）包括主要需氧屬的一個分支，形成子實體的粘細菌，在不利的環(huán)境中釋放粘孢子。
它是嚴格厭氧菌屬的一個分支，其中包含大多數(shù)已知的
硫酸鹽還原菌：
脫硫弧菌屬(Desulfovibrio)、脫硫菌屬(Desulfobacter)、脫硫球菌屬(Desulfococcus)、脫硫線菌屬(Desulfonema)
硫還原菌：
如除硫單胞菌屬Desulfuromonas
以及具有其它生理特征的厭氧細菌，如還原三價鐵的地桿菌屬(Geobacter)，共生的暗桿菌屬(Pelobacter)，互營菌屬(Syntrophus)。
最近發(fā)現(xiàn)了一種細胞內(nèi)致病菌 Deltaproteobacteria。
如此命名是因為它們使用硫酸鹽作為在電子傳遞鏈中的最終電子受體。很少有 SRB 是致病性的。然而，SRB Desulfovibrio orale與牙周病（牙齦疾?。┯嘘P(guān)。
δ-變形菌還包括蛭弧菌屬，Bdellovibrio侵入宿主細菌的細胞，將自身定位在周質(zhì)中，即質(zhì)膜和細胞壁之間的空間，以宿主的蛋白質(zhì)和多糖為食。這種感染對宿主細胞是致命的。
粘細菌（“粘液細菌”）是一組主要生活在土壤中并以不溶性有機物質(zhì)為食的細菌。與其他細菌相比，粘細菌具有非常大的基因組，例如 9-1000 萬個核苷酸。Sorangium cellulosum 擁有最大的已知（截至 2008 年）細菌基因組，有 1300 萬個核苷酸。
粘細菌可以通過滑行主動移動。它們通常成群結(jié)隊（也稱為狼群）旅行，其中包含許多通過細胞間分子信號保持在一起的細胞。個體受益于聚集，因為它允許用于消化食物的細胞外酶的積累。這反過來又提高了喂食效率。
粘細菌產(chǎn)生許多在生物醫(yī)學(xué)和工業(yè)上有用的化學(xué)品，例如抗生素。他們將這些化學(xué)物質(zhì)輸出到細胞外。
Part 5
ε-變形菌
ε-變形菌(Epsilonproteobacteria) 是革蘭氏陰性微需氧細菌（意味著它們在其環(huán)境中只需要少量氧氣）。多數(shù)是彎曲或螺旋形的細菌，如沃林氏菌屬(Wolinella)、螺桿菌屬(Helicobacter)和彎曲菌屬(Campylobacter)。它們都生活在動物或人的消化道中，為共生菌（沃林氏菌在牛中）或致病菌（螺桿菌在胃中或彎曲菌在十二指腸中）。
變形桿菌中最Epsilonproteobacteria 的兩個臨床相關(guān)屬是彎曲桿菌屬和螺桿菌屬，它們都包括人類病原體。彎曲桿菌可引起食物中毒，表現(xiàn)為嚴重的腸炎（小腸發(fā)炎）。這種由空腸彎曲桿菌引起的疾病在發(fā)達國家相當(dāng)普遍，通常是因為食用了受污染的家禽產(chǎn)品。雞通常攜帶空腸彎曲桿菌在他們的胃腸道和糞便中，他們的肉在加工過程中可能會受到污染。
關(guān)于彎曲桿菌的介紹，詳見：
螺桿菌是ε-變形菌的一個屬，具有特征性的螺旋形狀。它們最初被認為是彎曲桿菌屬的成員，但自 1989 年以來，它們被歸入了自己的屬中。
螺桿菌屬屬于 Epsilonproteobacteria，彎曲桿菌目，螺桿菌科，已經(jīng)有超過 35 種。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)一些菌生活在上胃腸道的內(nèi)壁，以及哺乳動物和一些鳥類的肝臟中。
該屬中最廣為人知的物種是幽門螺桿菌，它感染多達 50% 的人口。這種細菌的某些菌株對人類具有致病性，因為它與消化性潰瘍、慢性胃炎、十二指腸炎和胃癌密切相關(guān)。它也作為該屬的模式種。
幽門螺桿菌在胃的高酸性環(huán)境中存活的能力有些不同尋常。它產(chǎn)生脲酶和其他酶來改變其環(huán)境以降低其酸性。
幽門螺桿菌也有它存在的意義，可能抑制引起結(jié)核的細菌（結(jié)核分枝桿菌），預(yù)防哮喘，克羅恩病，食管反流，腹瀉病以及食道癌。
關(guān)于幽門螺桿菌的介紹，詳見：
04 放線菌門
Actinobacteria
放線菌是絲狀革蘭氏陽性細菌，在其發(fā)育的某個階段形成分枝細絲。放線菌最初由費迪南德·科恩 (Ferdinand Cohn) 在 1875 年描述，當(dāng)時他在人淚管的凝結(jié)物中觀察到一種絲狀生物，并將其命名為Streptothrix foersteri，后來在1878年將一例牛塊狀頜骨中分離出的生物命名為放線菌。放線菌這一術(shù)語在希臘語中的意思是“射線真菌”。
曾經(jīng)由于放線菌的形態(tài)，人們認為它們是介于細菌和霉菌之間的物種，因此原來它們被分類為“放線菌目”（Actinomycetes）。但因為放線菌沒有核膜，且細胞壁由肽聚糖組成，和其它細菌一樣。目前透過分子生物學(xué)方法，放線菌被確定為細菌的一個大分支。放線菌用革蘭氏染色可染成紫色（陽性），和另一類革蘭氏陽性菌——厚壁菌門相比，放線菌的GC含量較高。
放線菌在土壤、水生環(huán)境、植物凋落物、堆肥和食品等不同棲息地中以孢子或營養(yǎng)形式出現(xiàn)。它們還與植物、動物和人類有關(guān)。
放線菌包括一些最常見的土壤生物、淡水生物和海洋生物，在有機物質(zhì)（如纖維素和幾丁質(zhì)）的分解中發(fā)揮重要作用，從而在有機物質(zhì)周轉(zhuǎn)和碳循環(huán)中發(fā)揮重要作用。這補充了土壤中養(yǎng)分的供應(yīng)，是腐殖質(zhì)形成的重要組成部分。其他放線菌棲息在植物和動物中，包括一些病原體，如分枝桿菌、棒狀桿菌、諾卡氏菌、紅球菌和一些鏈霉菌。
放線菌介導(dǎo)幾丁質(zhì)、木質(zhì)素和纖維素等復(fù)雜聚合物的降解，通過產(chǎn)生抗微生物劑幫助其他細菌和真菌的生物防治，并導(dǎo)致儲存的食品變質(zhì)。
雙歧桿菌（Bifidobacterium）是一種厭氧的革蘭氏陽性桿菌，末端常常分叉，故名雙歧桿菌。是人和動物腸道的重要生理菌群。是母乳喂養(yǎng)嬰兒中發(fā)現(xiàn)的第二大菌。
肥胖、糖尿病和過敏等各種疾病都與生命各個階段的雙歧桿菌數(shù)量減少有關(guān)。
雙歧桿菌有助于改善消化問題，改善血糖控制，降低血脂水平，提高免疫力，表現(xiàn)出抗氧化活性，有助于預(yù)防濕疹，緩解壓力和過敏。
關(guān)于雙歧桿菌的介紹，詳見：雙歧桿菌：長雙歧桿菌
它們是重要的原核生物群能夠合成代謝產(chǎn)物，如抗生素、色素、酶抑制劑和生物技術(shù)相關(guān)酶。它們對植物、動物和人類也具有致病性。甘薯腐爛等植物病害和肺結(jié)核、副結(jié)核菌病、足菌腫、放線菌病、過敏性肺炎等人類疾病和各種類型的膿腫都是由放線菌引起的。
放線菌是眾所周知的次級代謝產(chǎn)物，因此具有很高的藥理和商業(yè)價值。1940 年，塞爾曼·瓦克斯曼 (Selman Waksman) 發(fā)現(xiàn)他所研究的土壤細菌產(chǎn)生了放線菌素，他因此獲得了諾貝爾獎。從那時起，在這些陸生微生物中發(fā)現(xiàn)了數(shù)百種天然抗生素，尤其是鏈霉菌屬。
此外，放線菌廣泛分布于海綿、魚類、軟體動物、紅樹林和海藻等海洋環(huán)境中。因此海洋放線菌被認為是次生代謝物的寶庫，大量的這些生物活性代謝物屬于放線菌科，包括鏈霉菌屬、放線菌屬和松桿菌屬，其他生物活性代謝物由于能夠產(chǎn)生新的生物活性分子而在商業(yè)上可用。
例如，抗氧化劑、抗腫瘤、免疫抑制和心血管藥物，這也為治療藥物的合成提供了強大的基礎(chǔ)。該放線菌群具有巨大的藥理學(xué)潛力，在其他微生物群中仍然無人能敵。
放線菌已分為150多個屬。該分類基于形態(tài)學(xué)和化學(xué)標準。
放線菌門重要的菌屬有：
雙歧桿菌屬（Bifidobacterium）
放線菌屬（Actinomyces）
節(jié)桿菌屬（Arthrobacter）
棒桿菌屬（Corynebacterium）
弗蘭克氏菌屬（Frankia）
微球菌屬（Micrococcus）
微單孢菌屬（Micromonospora）
分枝桿菌屬（Mycobacterium）
諾卡氏菌屬（Nocardia）
丙酸桿菌屬（Propionibacterium）
鏈霉菌屬（Streptomyces）
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