初時(shí)全是屬下的部民按旗編制組成，每旗大約七千五百人。先是四旗：即正黃旗，正白旗，正紅旗和正藍(lán)旗；當(dāng)人數(shù)不斷增加之后又增設(shè)四旗：即鑲黃旗，鑲白旗，鑲紅旗和鑲藍(lán)旗，合為八旗。其中正黃旗，鑲黃旗和正白旗稱為上三旗，是滿洲貴族嫡系軍隊(duì)。
八旗不僅是軍隊(duì)，同時(shí)是一個(gè)政權(quán)組織，它具有管理旗下人民的戶籍，田土，賦役，教養(yǎng)，訴訟，婚姻等廣泛職能。其成員平時(shí)從事生產(chǎn)，戰(zhàn)時(shí)從軍打仗。有人認(rèn)為，八旗是努爾哈赤獨(dú)創(chuàng)的一種“軍民合一”，“寓兵于民”的組織。當(dāng)時(shí)，女真族都隸屬于八旗，也就是滿洲八旗。之后，又增設(shè)蒙古八旗和漢軍八旗。其成員分別是被征服的蒙古人和漢人。
漢軍八旗的設(shè)立，要追溯到努爾哈赤進(jìn)入遼沈地區(qū)之后，大量漢人被掠為奴。同時(shí)，為了擴(kuò)大兵源，努爾哈赤從為奴的漢人中抽出一些壯?。ㄒ?guī)定每二十人抽一人出兵）編入滿洲八旗。。其所需馬匹器械由二十名漢人共同出錢購買。其壯丁家為漢軍戶。
天命十一年，努爾哈赤在山海關(guān)寧遠(yuǎn)城戰(zhàn)役遭明將袁崇煥炮石擊傷，憂憤而死。八子皇太極即位后，改變其父對漢人的政策，減少了滿漢矛盾。于天聰七年（公元1633年）皇太極決定建立漢軍。下令從所屬滿洲八旗的漢人壯丁中，每十名抽出一名組成一旗漢軍。后又將漢軍一旗分為兩旗。公元1642年，皇太極再將漢軍擴(kuò)為八旗。至此，漢軍八旗正式出現(xiàn)，成為清朝三軍，其編制與滿洲八旗無異，所使用的旗幟和滿洲八旗，蒙古八旗相一致。
由于漢軍編成八旗，所有旗下成員都稱旗人，也稱漢軍旗人，或稱旗下人。清初，漢軍八旗已有二十六萬之眾，是滿洲八旗和蒙古八旗之和的三倍。
公元1643年，皇太極駕崩，其子順治六歲接位，由皇太極之弟多爾袞攝政。公元1644年，多爾袞在明將吳三桂的邀迎之下，帶著莊妃（皇太極之妃），少帝順治和八旗軍隊(duì)越過萬里長城，打敗李自成，直奔北京，一舉拿下紫禁城。從此，明王朝被清王朝所取代，即歷史上稱為“八旗入關(guān)”。順治為清朝的開國皇帝。
值得一提的是，順治元年，攝政王多爾袞實(shí)行“以漢治漢”的政策，宣稱“滿漢一家”。它的重要體現(xiàn)之一是綠營軍的設(shè)立。綠營是由明朝降清之上百萬將士組成，人數(shù)超過八旗軍。但八旗軍仍是清朝的核心力量。清朝定都北京后，迅速派出軍隊(duì)，遍布全國各地，此舉稱“從龍入關(guān)”。當(dāng)時(shí)各地還有一些反清勢力，清軍在打勝仗后，八旗軍隊(duì)全部撤回北京和遼沈地區(qū)。各省地由綠營軍隊(duì)留守，并冊封平西王吳三桂駐守云南，貴州一帶，平南王尚可喜留守廣東，廣西一帶，靖南王耿精忠守衛(wèi)福建一帶。三個(gè)藩王史稱“三藩”。
多爾袞，順治相繼死后，進(jìn)入康熙年號?！叭甭?lián)手造反，史稱“三藩之亂”?？滴趸实圩罱K平定叛亂，統(tǒng)一南方。咎其原因?yàn)椤氨揲L莫及”，才導(dǎo)致這次三藩作亂?？滴趸实蹧Q定改變原綠營軍留守作王之策，將全國八旗軍隊(duì)重整，除留下在東北的一小部分外，其余分為駐守北京的京師八旗（即禁衛(wèi)軍）和入駐中國幾個(gè)當(dāng)時(shí)的重要城市（杭州，福州，廣州，荊州，成都）的駐防八旗兩大部分。此后，南方就有了八旗軍。
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