之前幾篇文章，因?yàn)樾【幗K于完成了研究生期間的第一個(gè)實(shí)驗(yàn)，整理數(shù)據(jù)圖片的過程中，寫了一些自己的小心得，就在前天，我終于寫好了這篇論文的初稿，鄭重的發(fā)給了老師，等著他老人家的修改意見。
雖然整篇論文的立題和研究意義談不上多么高大上，但是就像自己的孩子一樣，當(dāng)你看到它轉(zhuǎn)為PDF格式后成品的樣子，內(nèi)心還是很自豪。忘記是哪個(gè)名人說的，第一次最難忘，科研生涯的處女座，盡管有諸多不完美，但也要祝福各位焦頭爛額的朋友們，熬過難關(guān)，就是晴天。
因?yàn)樽约阂彩莻€(gè)小白，一路撞墻，每次看公眾號(hào)里大神們發(fā)的文章，好多我都是一頭霧水，我在不斷努力能讓自己看的懂他們寫的東西，我相信應(yīng)該也有很多人跟我一樣。所以我今天想跟大家分享的內(nèi)容是對(duì)于剛剛步入科研的同學(xué)應(yīng)該會(huì)接觸到的信號(hào)通路。
所謂的信號(hào)通路，你可以把它理解成每個(gè)細(xì)胞里的生產(chǎn)線，細(xì)胞內(nèi)有很多個(gè)生產(chǎn)線，每個(gè)生產(chǎn)線上都有很多個(gè)分子，這些分子互相合作生成某個(gè)“產(chǎn)品”，這個(gè)產(chǎn)品會(huì)對(duì)細(xì)胞產(chǎn)生某種影響，這就是通路。
剛剛接觸信號(hào)通路時(shí)，我們很有可能誤把信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路誤以為就是通路的全部。其實(shí)，二者是包含和被包含的關(guān)系，信號(hào)通路的內(nèi)容更大。
信號(hào)通路主要包括metabolic pathway（代謝通路，比如說三羧酸循環(huán)），generegulation pathway（基因調(diào)控途徑，比如說基因的丟失擴(kuò)增）和signaltransduction pathway(信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路，比如G蛋白介導(dǎo)的細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑)以及一些藥物或疾病的相關(guān)分子之間的作用關(guān)系。
導(dǎo)師們都很喜歡在論文里加上一條信號(hào)通路，進(jìn)入實(shí)驗(yàn)室后不久，導(dǎo)師會(huì)給你課題的大方向，那么如何查找相關(guān)通路呢？
除了閱讀文獻(xiàn)查詢，KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)也是研究信號(hào)通路的一個(gè)很好的幫手。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes），網(wǎng)站是http://www.genome.jp/kegg/，是日本京東大學(xué)生物信息學(xué)中心的Kanehisa實(shí)驗(yàn)室建立了一個(gè)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)，其中包括16個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)。
數(shù)據(jù)庫(kù)的維護(hù)人員會(huì)不定期的根據(jù)最近出版的一些權(quán)威的論文和實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)對(duì)該數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行更新，基本上1-2天就會(huì)更新一次，來保證數(shù)據(jù)庫(kù)的信息與科研成果保持同步。目前我們看到的KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)就是2019年5月1日更新的。
進(jìn)入KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)，點(diǎn)擊左側(cè)的KEGG overview就可以看到KEGG的整體介紹，以及不同顏色的KEGG所代表的不同分類信息。
我們可以根據(jù)自己所要查詢的信息，在不同子數(shù)據(jù)庫(kù)里具體查詢，也可以在總頁(yè)面的上方輸入關(guān)鍵字查詢，輸入的信息越相信，查詢到的結(jié)果越快捷精確。你也可以在搜索某種基因時(shí)加上簡(jiǎn)稱的標(biāo)識(shí)，比較常用的人類是hsa，小鼠是mmu，這樣可以縮小查詢范圍。
接下來，跟大家介紹如何在KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)中查詢信號(hào)通路？在KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)中，我們以TGF-β信號(hào)通路為例，pathway的表現(xiàn)方式有以下幾種：
一種表現(xiàn)形式是map，map通路圖都是白色的背景，黑色的字體，沒有其他顏色填充，是每一個(gè)信號(hào)通路圖最原始最獨(dú)立也是最完整的一種表現(xiàn)形式。左上角寫著通路的名字，每一個(gè)矩形方框代表通路上的具體的某個(gè)基因，可以點(diǎn)擊方框進(jìn)入其他界面具體查詢。
第二種表現(xiàn)形式是KO，我們可以從map形式直接切換到這種形式，進(jìn)入到該種模式后會(huì)發(fā)現(xiàn)，相同的通路圖，方框里卻有了淡藍(lán)色的填充色，同樣也可以點(diǎn)擊具體方框查詢基因信息。
同時(shí)，也可以在下拉欄中選擇具體的研究物種，這時(shí)候的方框填充顏色就變成了淺綠色。我們?cè)谌粘?shí)驗(yàn)中，選用這種方式的居多。
以上是為了給大家介紹常用的幾種pathway的表現(xiàn)形式，日常查詢時(shí)，其實(shí)可以直接在KEGG pathway中選擇物種，輸入關(guān)鍵字進(jìn)行查詢：1、可以搜索信號(hào)通路名稱；2、也可以輸入某種疾病或者表現(xiàn)形式進(jìn)行查詢，比如autophagy、lung cancer；3、更可以搜索某個(gè)基因或某幾個(gè)基因的名稱。
比如我想查詢P53、AMPK、mTOR所在的通路圖，網(wǎng)頁(yè)會(huì)按照相關(guān)性的順序排列，一般會(huì)選擇篩選頁(yè)面的第一個(gè)，紅色字體就是我們輸入的基因在通路中的位置和所在的通路名稱。
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