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迄今最全面人類基因組測序完成 我們漏掉了什么?

科技日報北京6月1日電 (記者劉霞)20年前,科學(xué)家宣布讀取了一個人的全部脫氧核糖核酸(DNA),其實,他們漏掉了少許?,F(xiàn)在,由于讀取DNA方法的改進(jìn),科學(xué)家終于可以從頭到尾讀取人類的全部基因組了!據(jù)生物預(yù)印本網(wǎng)站(biorxiv)近日報道,美國科學(xué)家對全部人類基因組30.55億個堿基對進(jìn)行了測序,與此前結(jié)果相比,新結(jié)果增加了2億個堿基對以及2000多個基因。

人類擁有數(shù)萬個基因,它們儲存于DNA分子中,基因信息以4種堿基(C、G、T和A)的形式存在,兩個堿基相互配對形成堿基對。

科學(xué)家于1990年啟動了人類基因組測序項目,并于2001年公布了首個人類基因組草圖。但當(dāng)時不得不將基因組分成小段讀取,然后重新組裝在一起,而這樣無法將一些高度重復(fù)的片段放回原位。隨后遺傳學(xué)家繼續(xù)改進(jìn),但重點還是放在提高現(xiàn)有序列的精確度,而非增加新序列,仍有約8%的序列缺失或錯誤。

新版本基因組由“端粒到端?!保═2T)聯(lián)盟繪制。該聯(lián)盟由加州大學(xué)圣克魯斯分校的卡倫·米加和國家人類基因組研究所的亞當(dāng)·菲利皮領(lǐng)導(dǎo)。

研究人員選擇從一個被稱為CHM13的細(xì)胞系中讀取DNA。該細(xì)胞系來自水泡狀胎塊——一種妊娠失敗情況,可以在實驗室中培養(yǎng)這種細(xì)胞。菲利皮說:“CHM13的獨特之處在于,它不是任何人的基因組?!?/p>

普通人類細(xì)胞的每段DNA都有兩個副本,往往存在重大差異,一個來自母親,另一個來自父親,這使得對DNA精確測序變得更加困難,因為要搞清楚什么是測序過程中的失誤、什么是真正的差異非常棘手。使用CHM13避免了這個問題,因為兩個副本幾乎完全相同。

為組裝基因組序列,研究團(tuán)隊利用了兩種技術(shù):一種是能讀取非常長(超過100萬個堿基對)片段的測序技術(shù);另一種是精確度極高、能處理差別極小的片段(比如同一個基因的多個副本)的技術(shù)。

2020年7月,該團(tuán)隊公布了完整的決定性別的人類X染色體。現(xiàn)在,他們公布了完整的人類基因組,新版本比上一個版本增加了近2億個堿基對以及2226個新基因,是自人類參考基因組首次發(fā)布以來進(jìn)行的最大改進(jìn)。

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