中文字幕理论片,69视频免费在线观看,亚洲成人app,国产1级毛片,刘涛最大尺度戏视频,欧美亚洲美女视频,2021韩国美女仙女屋vip视频

生物的主要遺傳物質(zhì)是DNA，細胞或生物體中一套完整的遺傳物質(zhì)的總和稱為基因組。DNA是由外顯子（Exon）和內(nèi)含子（Intron）組成。外顯子只占基因組的1%左右，指導體內(nèi)所有蛋白的合成。內(nèi)含子不編碼蛋白質(zhì)的合成，但絕不是無用的序列，其可以影響基因的活性和蛋白的表達。

全基因組測序，顧名思義，即是對生物體整個基因組序列進行測序，可以獲得完整的基因組信息。而全外顯子測序（Whole Exome Sequencing, WES）僅是對外顯子區(qū)域的測序。相比全基因組測序，外顯子測序更為簡便，測序成本相比也會更低，測序后數(shù)據(jù)的分析也更為簡單。另外如果僅關(guān)注已知的基因，可以更依賴于靶向測序。

但全基因組測序由于結(jié)果包含完整豐富的信息，可以得到外顯子測序或靶向測序不能得到的更多信息，具有其獨特的優(yōu)勢。且隨著近年來測序技術(shù)的不斷進步、測序成本的不斷降低，使得全基因組測序變得觸手可及。而且全基因組測序在鑒定單核苷酸變異（SNP）、插入和缺失突變（Indel）時更有優(yōu)勢，所以WGS逐漸成為了臨床和基礎(chǔ)研究的另一種選擇。

全基因組測序主要可分為：

從頭測序(de novo sequencing)：不需要任何參考基因組信息即可對某個物種的基因組進行測序，利用生物信息學分析方法進行拼接、組裝，獲得該物種的基因組序列圖譜，從而推進該物種的后續(xù)研究。

重測序(re-sequencing）：是對有參考基因組物種的不同個體進行的基因組測序，并在此基礎(chǔ)上對個體或群體進行差異性分析。主要用于輔助研究者發(fā)現(xiàn)單核苷酸多態(tài)性位點(SNPs)、拷貝數(shù)變異(CNV)、插入/缺失(Indel)等變異類型。

如何獲得可靠的測序數(shù)據(jù)？一是依賴于測序儀器，這里有Illumina、Thermo Fisher Scientific等各大玩家，由于儀器涉及技術(shù)太復雜，原諒我知識淺薄，此地暫不描述。二是依賴于測序樣品的質(zhì)量。現(xiàn)有技術(shù)由于測序讀長限制不能一次性測完整個基因組，所以需要將DNA打碎成片段，測序后通過序列組裝獲得完整基因組的信息。DNA經(jīng)片段化，并加上測序所需的接頭，即為測序所需的文庫。測序文庫的質(zhì)量直接影響到測序數(shù)據(jù)的準確性和完整性。

基于NGS技術(shù)的全基因組測序文庫制備流程大致如下（illumina平臺）：

將DNA進行片段化主要由兩種方式，比較暴力的物理方法片段化和比較溫柔的酶學方法片段化。物理方法片段化主要利用機械破碎的方法將基因組隨機打斷，如超聲破碎、霧化等。酶學方法片段化主要利用酶的剪切功能將基因組片段化。酶片段化方式操作簡單，但物理片段化方式的片段隨機性更好。

根據(jù)文庫制備過程中是否需要進行PCR擴增富集，可分為含PCR擴增和PCR-free兩種文庫制備方案。兩種方案各有優(yōu)劣，簡單總結(jié)如下：

Index是用于區(qū)分不同樣品的依據(jù)，相當于給每個樣本加上一個特殊標簽。當多個樣本同時進行測序時，即可根據(jù)index區(qū)分來自不同樣本的測序reads。Index分為單端index和雙端index，雙端Index比單端Index能容納區(qū)分更多數(shù)目的樣本。隨著測序通量的不斷增加，單次運行能夠容納的樣本量也越來越多，雙端index可以變化出更多種組合，且能夠降低標簽串擾（Index hopping）的比例，所以雙端Index越來越被廣泛使用。

雙端Index又可分為Combinational Dual Index (CDI)和Unique Dual Index (UDI)。這倆有啥區(qū)別呢？如下圖所示，每孔都含有一對index（i5 index和i7 index）。對于CDI，每一行的i7 index是相同的，每一列的i5 index是一樣的，通過組合的方式獲得不同的雙端index組合。CDI是相對比較傳統(tǒng)的雙端Index，這種方式當index出現(xiàn)交叉污染時，對測序結(jié)果的影響較大。對于UDI，所有孔內(nèi)的i5 index和i7 index都是特異不同的，極大的降低了index hopping rate。

賽默飛世爾科技新近推出的Invitrogen Collibri DNA Library Prep Kits適用于Illumina高通量測序平臺，致力于快速高效地制備全基因組測序文庫，可為獲取高質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)提供全力保障。根據(jù)DNA片段化方式，可提供適用于物理片段化的Collibri PS DNA Library Prep Kit以及適用于酶片段化的Collibri ES DNA Library Prep Kit，且每種均有含PCR擴增產(chǎn)品和PCR-free產(chǎn)品可選，另外可搭配CDI或者UDI，提供了多種選擇。