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TCGA miRNA數(shù)據(jù)挖掘文獻(xiàn)分享

這篇文章的題目是:Seven protective miRNA signatures for prognosis of cervical cancer

論文摘要:

宮頸癌是20多歲和30多歲女性癌癥死亡的第二個(gè)原因,但對(duì)其預(yù)后的研究卻很有限。本研究旨在鑒定與預(yù)后相關(guān)的miRNA并研究其功能。宮頸癌患者的TCGA數(shù)據(jù)用于建立具有單一臨床參數(shù)或miRNA表達(dá)水平的單變量Cox模型。使用臨床信息和miRNA表達(dá)水平構(gòu)建多變量Cox模型。最后,STRING被用于豐富基因本體或途徑,用于顯著miRNA的驗(yàn)證目標(biāo),并可視化他們之間的互動(dòng)。使用單變量Cox模型與臨床參數(shù),我們發(fā)現(xiàn)兩個(gè)臨床參數(shù),煙草使用和臨床階段,和七個(gè)miRNA與生存狀態(tài)高度相關(guān)。僅使用miRNA特征的表達(dá)水平,該模型可以成功地將患者分為高風(fēng)險(xiǎn)和低風(fēng)險(xiǎn)組。基于兩個(gè)臨床參數(shù)和七個(gè)miRNA提出了最佳特征選擇模型。這七種miRNA的功能分析顯示它們與癌癥相關(guān)的各種途徑相關(guān),包括MAPK,VEGF和P53途徑。這些結(jié)果有助于確定靶向治療靶點(diǎn)的研究,這可能有助于為宮頸癌患者量身定制治療方案。

作者的主要工作:

1、篩選與預(yù)后相關(guān)的臨床參數(shù)

2、建立單因素的Cox回歸模型

3、建立多因素的Cox回歸模型

4、進(jìn)行靶基因預(yù)測

5、對(duì)靶基因進(jìn)行GO富集分析

6、對(duì)靶基因進(jìn)行KEGG富集分析

7、對(duì)靶基因進(jìn)行PPI分析

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