我們?nèi)匀灰?016年發(fā)表在JACC雜志上的這篇文章《A Prospective Natural History Studyof Coronary Atherosclerosis Using Fractional Flow Reserve》為例，利用文章中的Table 3多因素回歸結(jié)果來繪制森林圖。
R——統(tǒng)計作圖神器
R作為一個90后，在數(shù)據(jù)處理、統(tǒng)計分析、計算繪圖等方面，儼然已經(jīng)成為了一顆新星。尤其是R在繪圖方面的突出表現(xiàn)，憑借強(qiáng)大的程序資源包，以及漂亮、高質(zhì)量的圖形輸出，獲得了一大片死忠粉的擁護(hù)。
下面我們就來介紹一下，如何通過R簡單的4行代碼，來繪制回歸分析結(jié)果的森林圖。
1. 安裝forsetplot程序包（繪制森林圖）和haven程序包（導(dǎo)入SPSS文件）
install.packages('forestplot')
install.packages('haven')
2. 加載forsetplot和haven程序包
library(forestplot)
library(haven)
3. 準(zhǔn)備數(shù)據(jù)文件并導(dǎo)入R
3.1 數(shù)據(jù)錄入
本文以SPSS軟件數(shù)據(jù)錄入為例，錄入格式如下：
3.2 數(shù)據(jù)導(dǎo)入
#用read_sav函數(shù)導(dǎo)入SPSS文件并命名為ForestPlot
ForestPlot <- read_sav('c:/數(shù)據(jù)庫存儲路徑/forest="">
#用attach函數(shù)將其添加到R的搜索路徑中，作為當(dāng)前默認(rèn)數(shù)據(jù)框
attach(ForestPlot)
4. 利用forestplot函數(shù)繪制森林圖
forestplot(as.matrix(ForestPlot[,1:3]), HR, LowerCI, UpperCI, graph.pos=2, zero=1, graphwidth=unit(50,'mm'), lineheight='auto', boxsize=0.1, xticks=(c(0.5,1.0,1.5,2.0,2.5)), col= fpColors(all.elements = 'black'))
以上參數(shù)是forestplot函數(shù)最基本的一些設(shè)置，最終生成的森林圖如下圖所示。當(dāng)然還有很多其他參數(shù)可以對圖形細(xì)節(jié)進(jìn)行進(jìn)一步修飾，大家可以自行嘗試一下。
Stata——Meta分析全才
Stata功能強(qiáng)大，且操作簡單，在Meta分析中，Stata相對于RevMan（Meta分析最常用的經(jīng)典款軟件）來說，它除了可以完成普通的二分類變量和連續(xù)型變量的Meta分析，還可以進(jìn)行Meta回歸分析、累積Meta分析、診斷試驗、劑量反應(yīng)關(guān)系等幾乎所有的Meta分析方法，同時也可以對發(fā)表偏倚進(jìn)行Egger’s檢驗，進(jìn)行敏感性分析等，因此Stata被認(rèn)為是Meta分析的全才，繪制森林圖當(dāng)然就不在話下。
下面我們以Stata 14為例，來介紹如何繪制回歸分析結(jié)果的森林圖。
1. 安裝Meta分析模塊
1.1 在命令框輸入search meta dialog，點(diǎn)擊Meta分析模塊的安裝包鏈接，并點(diǎn)擊click here to install進(jìn)行安裝，安裝成功后顯示installation complete。
另，在命令框輸入ssc install metan 也可以進(jìn)行安裝。
1.2 在命令框輸入help meta dialog，在彈出的界面中找到Menu creation commands，將代碼進(jìn)行復(fù)制，如下圖所示。
1.3 點(diǎn)擊Window → Do-file Editor → New Do-file Editor，將剛剛復(fù)制的代碼粘貼上去。注意：復(fù)制粘貼的時候每一行代碼要完整，避免出現(xiàn)換行的現(xiàn)象。然后保存為profile.do文件，放在Stata默認(rèn)保存的位置。
1.4 放置成功后重新啟動，你會發(fā)現(xiàn)在User工具欄下面就多出了一個Meta-Analysis的菜單及豐富的子菜單，下面我們就可以利用這個菜單進(jìn)行繪圖了。
2. 繪制森林圖
2.1 數(shù)據(jù)錄入：點(diǎn)擊Data → Data Editor → Data Editor（Edit）
2.2 點(diǎn)擊User → Meta-Analysis → Of Binary and Continuous(metan)，按照下圖所示進(jìn)行設(shè)置，點(diǎn)擊OK完成操作。
2.3 Stata繪制的森林圖如下圖所示。在Graph界面點(diǎn)擊Start Graph Editor，也可以對圖形細(xì)節(jié)進(jìn)行進(jìn)一步調(diào)整，這里不再詳述，留給大家自行嘗試。
以上是通過Stata的窗口界面進(jìn)行設(shè)置來繪制森林圖，圖形輸出的同時，在命令框也會顯示對應(yīng)的命令，熟練的同學(xué)也可以直接輸入命令簡單快速的完成森林圖的繪制。
metan hr lowerci upperci, label(namevar=variables) fixed effect(HR) xlabel(0.5,1, 1.5,2,2.5) force nowt nooverall nobox null(1)
通過兩期的內(nèi)容，我們向大家介紹了4款不同的軟件來繪制回歸分析結(jié)果的森林圖，當(dāng)然如果覺得以上方法還不夠用，繪制森林圖的軟件也還有很多，比如進(jìn)行Meta分析最經(jīng)典的基本款RevMan，統(tǒng)計分析老大SAS等等，有興趣的同學(xué)可以嘗試一下哈。
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