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兩棲動物的祖先是肉鰭魚類類，但是到底是起源于哪類肉鰭魚尚不明確。最早的兩棲動物是出現(xiàn)于古生代泥盆紀晚期的魚石螈和棘魚石螈，它們擁有較多魚類的特征，如尚保留有尾鰭，并且未能很好的適應陸地的生活。魚石螈和棘魚石螈代表魚類和兩棲動物之間的過渡類型，但是新近的研究表明它們只是兩棲動物早期進化的一個旁支，不是其它兩棲動物的祖先類型，真正最原始的兩棲動物尚待發(fā)現(xiàn)。進入石炭紀后，兩棲動物迅速分化，并在古生代的最后兩個紀石炭紀和二疊紀達到極盛，這個時代也因此稱為兩棲動物時代。