統(tǒng)計(jì)學(xué)有兩大主要分支,分別是描述性統(tǒng)計(jì)學(xué)和推斷統(tǒng)計(jì)學(xué)。描述性統(tǒng)計(jì)學(xué)用于描述和概括數(shù)據(jù)的特征以及繪制各類(lèi)統(tǒng)計(jì)圖表??傮w數(shù)據(jù),往往因?yàn)閿?shù)據(jù)量太大而難以被獲取,所以就有了通過(guò)較小的樣本數(shù)據(jù)推測(cè)總體特性的推斷統(tǒng)計(jì)學(xué)。
推斷統(tǒng)計(jì)學(xué)的一個(gè)研究方向就是用樣本數(shù)據(jù)估算總體的未知參數(shù),稱(chēng)之為參數(shù)估計(jì)。如果是用一個(gè)數(shù)值進(jìn)行估計(jì),則稱(chēng)為點(diǎn)估計(jì);如果估計(jì)時(shí)給出的是一個(gè)很高可信度的區(qū)間范圍,則稱(chēng)為區(qū)間估計(jì)。
本文先介紹了抽樣分布和中心極限定理,并用蒙特卡洛方法進(jìn)行模擬;然后引入置信區(qū)間的概念,并將之用于分析BRFSS數(shù)據(jù)中的BMI指數(shù)上。
首先依舊是導(dǎo)入相關(guān)Python模塊和數(shù)據(jù),順便看下數(shù)據(jù)量。
# 輸入import pandas as pdimport numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltimport seaborn as snsimport brfssdf = brfss.ReadBrfss()bmi = df.bmi.dropna() # 取數(shù)據(jù)中的bmi列,并去除缺失值print(len(bmi))# 輸出405058
如果我們將上述40萬(wàn)多份的BMI數(shù)據(jù)看成是總體,然后從中隨機(jī)抽取n個(gè)數(shù)據(jù)組成一份樣本,并計(jì)算該樣本的均值。重復(fù)這一過(guò)程1000次,我們就得到了1000個(gè)樣本的均值分布,即抽樣分布。
抽樣分布滿(mǎn)足中心極限定理,即在樣本量n越來(lái)越大時(shí),均值的抽樣分布將越來(lái)越接近正態(tài)分布,該分布的均值等于總體的均值;標(biāo)準(zhǔn)差,在這里也稱(chēng)為標(biāo)準(zhǔn)誤差SE滿(mǎn)足公式:
sampling_distribution()
函數(shù)用于實(shí)現(xiàn)這一模擬過(guò)程,并繪制抽樣分布的直方圖和ECDF圖。def sampling_distribution(data, sample_size=20, bins=40): #抽樣分布模擬,輸出均值、標(biāo)準(zhǔn)差以及直方圖、ECDF圖 # 隨機(jī)抽樣 sampling = [np.mean(np.random.choice(data, size=sample_size, replace=False)) for _ in range(1000)] # 輸出總體和抽樣分布的均值、標(biāo)準(zhǔn)差 mu = np.mean(data) se = np.std(data) / np.sqrt(sample_size) print('mean of sample means: %.2f' % np.mean(sampling)) print('population means: %.2f' % mu) print('Standard deviation of sample means: %.2f' % np.std(sampling)) print('Standard Error: %.2f' % se) # 繪制抽樣分布的直方圖、ECDF圖 fig = plt.figure(figsize=(16,5)) p1 = fig.add_subplot(121) plt.hist(sampling, bins=bins, rwidth=0.9) plt.xlabel('sampling means') plt.ylabel('counts') p2 = fig.add_subplot(122) plot_ecdf(sampling, xlabel='sampling means', label='sampling ') sample = np.random.normal(mu, se, size=10000) plot_ecdf(sample, xlabel='sampling means', label='normal distribution') plt.show()def ecdf(data): #計(jì)算ECDF x = np.sort(data) y = np.arange(1, len(x)+1) / len(x) return (x,y)def plot_ecdf(data, xlabel=None , ylabel='ECDF', label=None): #繪制ECDF圖 x, y = ecdf(data) _ = plt.plot(x, y, marker='.', markersize=3, linestyle='none', label=label) _ = plt.legend(markerscale=4) _ = plt.xlabel(xlabel) _ = plt.ylabel(ylabel) plt.margins(0.02)
下面我們將樣本量n分別取為10、20、100,進(jìn)行三次模擬。
# 輸入sampling_distribution(bmi, sample_size=10)sampling_distribution(bmi, sample_size=20)sampling_distribution(bmi, sample_size=100)# 輸出mean of sample means: 27.95population means: 28.04Standard deviation of sample means: 2.04Standard Error: 2.10mean of sample means: 28.11population means: 28.04Standard deviation of sample means: 1.50Standard Error: 1.49mean of sample means: 28.05population means: 28.04Standard deviation of sample means: 0.69Standard Error: 0.67
一般當(dāng)n大于等于30時(shí),樣本均值的抽樣分布近似為正態(tài)分布。此時(shí)我們可以用樣本的均值來(lái)估計(jì)總體的均值,這就是點(diǎn)估計(jì)的一種最簡(jiǎn)單的方式。但從上述分布也可以看出,樣本均值其實(shí)是以一定概率在總體均值附近浮動(dòng)的,所以這就有了后面將要講的置信區(qū)間。
關(guān)于中心極限定理,還有一點(diǎn)需要強(qiáng)調(diào)的是,無(wú)論變量原來(lái)的分布是什么樣的,其均值的抽樣分布在n足夠大時(shí)都會(huì)接近正態(tài)分布。比如我們研究BRFSS數(shù)據(jù)中人們每周運(yùn)動(dòng)的總時(shí)間(單位:分鐘),大部分人每周運(yùn)動(dòng)的時(shí)間少于500分鐘,而極少數(shù)人能達(dá)到3000分鐘,其直方圖反應(yīng)數(shù)據(jù)大部分集中在左側(cè),而右側(cè)有一條長(zhǎng)長(zhǎng)的尾巴。
exemin = df[df.exemin != 0].exemin.dropna() # 提取鍛煉時(shí)間數(shù)據(jù),丟棄0或者缺失值plt.hist(exemin,bins=40, range=(0,3000), rwidth=0.9) # 繪制直方圖plt.xlabel('exercise mins per week')plt.ylabel('counts')plt.show()
# 輸入sampling_distribution(exemin, sample_size=1000)# 輸出mean of sample means: 499.54population means: 499.37Standard deviation of sample means: 23.60Standard Error: 23.75
既然中心極限定理中涉及了正態(tài)分布,我們就來(lái)看看其均值和標(biāo)準(zhǔn)差的一些性質(zhì)。這里導(dǎo)入scipy的統(tǒng)計(jì)模塊,使用scipy.stats.norm()
模擬標(biāo)準(zhǔn)正態(tài)分布,即均值為0,標(biāo)準(zhǔn)差為1。使用norm.pdf()
計(jì)算概率密度,并繪制概率密度函數(shù)(PDF)圖。
import scipy.statsnorm = scipy.stats.norm() # 標(biāo)準(zhǔn)正態(tài)分布x = np.arange(-5, 5, 0.02)y = norm.pdf(x) # 概率密度plt.plot(x,y)plt.axvline(x=0,ymax=0.95, linestyle='--', color='red', alpha=0.5)plt.axvline(x=1,ymax=0.59, linestyle='--', color='green')plt.axvline(x=-1,ymax=0.59, linestyle='--', color='green')plt.axvline(x=2,ymax=0.16, linestyle='--', color='blue')plt.axvline(x=-2,ymax=0.16, linestyle='--', color='blue')plt.margins(0.02)plt.show()
# 輸入print('1 sigma : %.3f' % (norm.cdf(1) - norm.cdf(-1)))print('2 sigma : %.3f' % (norm.cdf(2) - norm.cdf(-2)))print('3 sigma : %.3f' % (norm.cdf(3) - norm.cdf(-3)))# 輸出1 sigma : 0.6832 sigma : 0.9543 sigma : 0.997
反過(guò)來(lái),我們也可以通過(guò)概率來(lái)求變量分布的區(qū)間,這里使用norm.interval()
,比如95%的情況下變量分布在-1.96到1.96之間,99%的情況下分布在-2.58到2.58之間。
# 輸入norm.interval(0.95)norm.interval(0.99)# 輸出(-1.959963984540054, 1.959963984540054)(-2.5758293035489004, 2.5758293035489004)
在能夠計(jì)算正態(tài)分布中一定概率下對(duì)應(yīng)的變量區(qū)間后,我們?cè)倩氐街坝脴颖揪倒烙?jì)總體均值時(shí)遺留的問(wèn)題,即樣本的均值圍繞總體均值在一定范圍內(nèi)浮動(dòng)的。我們需要估算總體均值在多大的概率下落在抽樣的隨機(jī)區(qū)間內(nèi),這就是置信區(qū)間。
我們?nèi)匀粚?0多萬(wàn)的bmi數(shù)據(jù)當(dāng)成是總體,然后從中隨機(jī)抽取樣本量為100的數(shù)據(jù),根據(jù)中心極限定理繪制抽樣分布圖如下。
sample_size = 100 # 計(jì)算總體的均值和標(biāo)準(zhǔn)差mu = np.mean(bmi)se = np.std(bmi) / np.sqrt(sample_size)# 繪制正態(tài)分布的PDFnorm = scipy.stats.norm(mu, se)x = np.arange(26, 31, 0.01)y = norm.pdf(x)plt.plot(x,y)# 繪制抽樣分布的直方圖sample_size = 100 sampling = [np.mean(np.random.choice(bmi, size=sample_size, replace=False)) for _ in range(1000)]plt.hist(sampling, bins=40, rwidth=0.9, normed=True, alpha=0.7)plt.show()
# 輸入norm.interval(0.95)norm.interval(0.99)# 輸出(26.738141245959351, 29.346706751112283)(26.328305902131977, 29.756542094939658)
回到本系列文章一直在探索的一個(gè)問(wèn)題,即比較富人和普通人的BMI指數(shù)。此時(shí),bmi數(shù)據(jù)不再當(dāng)做總體看待,而是作為調(diào)查的樣本,總體是BRFSS數(shù)據(jù)針對(duì)的全體美國(guó)人。首先將bmi數(shù)據(jù)按照收入等級(jí)分為兩組,即富人bmi數(shù)據(jù)和普通人bmi數(shù)據(jù)。
df2 = df[['bmi', 'income']].dropna() # 提取數(shù)據(jù)中bmi和收入水平income這兩列,并忽略缺失值bmi_rich = df2[df2.income == 8].bmi # 收入水平為8級(jí)的,認(rèn)為是富人bmi_ord = df2[df2.income != 8].bmi # 收入水平為1-7級(jí)的,認(rèn)為是普通人群
以下定義了mean_ci()函數(shù),根據(jù)置信區(qū)間的計(jì)算公式,計(jì)算95%置信度下均值所在的區(qū)間。
def mean_ci(data): '''給定樣本數(shù)據(jù),計(jì)算均值95%的置信區(qū)間''' sample_size = len(data) std = np.std(data, ddof=1) # 估算總體的標(biāo)準(zhǔn)差 se = std / np.sqrt(sample_size) # 計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)誤差 point_estimate = np.mean(data) z_score = scipy.stats.norm.isf(0.025) # 置信度95% confidence_interval = (point_estimate - z_score * se, point_estimate + z_score * se) return confidence_interval
于是得到富人bmi95%的置信區(qū)間為(27.42, 27.49), 普通人bmi95%的置信區(qū)間為(28.51, 28.57)。這兩個(gè)區(qū)間間隔的還比較遠(yuǎn),數(shù)值上差不多有1這么多。所以我們可以比較有信心的得出富人更瘦的結(jié)論。
# 輸入mean_ci(bmi_rich)mean_ci(bmi_ord)# 輸出(27.415906122294761, 27.485560606043915)(28.509003170593907, 28.565637279855423)
但要注意了,以上之所以能得到這么肯定的結(jié)論,源于使用的樣本數(shù)據(jù)量非常大,這大大縮小了置信區(qū)間的范圍(這可以從中心極限定理中標(biāo)準(zhǔn)誤差的公式看出)。現(xiàn)在讓我們使用前500個(gè)數(shù)據(jù),看看在樣本較少時(shí)會(huì)發(fā)生什么情況。
# 輸入mean_ci(bmi_rich[:500])mean_ci(bmi_ord[:500])# 輸出(27.849838839563304, 28.791561160436636)(28.200546441671069, 29.303493558328935)
此時(shí)富人bmi95%的置信區(qū)間為(27.85, 28.79),而普通人bmi95%的置信區(qū)間為(28.20, 29.30),很明顯這兩個(gè)區(qū)間都變大了。盡管富人的bmi指數(shù)仍有相對(duì)較小的趨勢(shì),但是這兩個(gè)區(qū)間有部分重合,這時(shí)我們就無(wú)法得出非??隙ǖ慕Y(jié)論了。可見(jiàn)樣本量在做判斷時(shí)起著非常重要的作用,樣本越大,判斷越準(zhǔn)確,這也是與我們常識(shí)相符的。
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