目前已記載的M.B種類(lèi)達(dá)到20萬(wàn)余種，且還在急劇增加。
分類(lèi)學(xué)：把相似的M.B聚集在一起，并按照不同的等級(jí)排列。
微生物分類(lèi)學(xué)的三個(gè)任務(wù)：分類(lèi)、鑒定和命名。
分類(lèi): 收集大量描述微生物個(gè)體（物種）的文獻(xiàn)資料，整理成一個(gè)科學(xué)的分類(lèi)系統(tǒng)；
鑒定: 根據(jù)未知的純種微生物的形狀特征，查找現(xiàn)成的分類(lèi)系統(tǒng)，進(jìn)行知名、辨類(lèi)；
命名: 為新的微生物確定一個(gè)新的學(xué)名，并及時(shí)在刊物上發(fā)表。
第一節(jié) 通用分類(lèi)單元
一、種以上的系統(tǒng)分類(lèi)單元
（一）七級(jí)分類(lèi)單元
七級(jí)：界、門(mén)、綱、目、科、屬、種。 必要時(shí)各級(jí)都可加上“亞”、“超”或“族”等。
最基本的分類(lèi)單位是種。
分類(lèi)等級(jí)和名稱的一個(gè)例子：
| 等級(jí) | 舉例 |
| 域（界） | 細(xì)菌（Bacteria） |
| 門(mén) | 變形桿菌門(mén)(Proteobacteria) |
| 綱 | γ-變形桿菌 ( γ -Proteobacteria) |
| 目 | 腸桿菌目(Enterobacteriales) |
| 科 | 腸桿菌科(Enterobacteriaceae) |
| 屬 | 志賀氏菌屬(Shigella) |
| 種 | 痢疾志賀氏菌(S.dysenteriae) |
（二）種的概念
可以認(rèn)為，微生物的種（species，又譯“物種”）是一大群表型特征高度相似、親緣關(guān)系極其接近，與同屬內(nèi)的其它物種有著顯著差異的一大群菌株的總稱。
在微生物中，一個(gè)種只能用該種內(nèi)的一個(gè)典型菌株當(dāng)作它的具體代表，故此典型菌株就成了該種的模式種。
新種是指權(quán)威性的分類(lèi)、鑒定手冊(cè)中從未記載過(guò)的一種新分離并鑒定過(guò)的微生物。
二、學(xué)名
微生物的名稱有兩種，一是俗名，二是學(xué)名。
俗名具有大眾化、簡(jiǎn)明等優(yōu)點(diǎn)，但往往涵義不確切，容易重復(fù)，尤其不便于國(guó)際間的學(xué)術(shù)交流。
學(xué)名是按照“國(guó)際命名法規(guī)”進(jìn)行命名并得到國(guó)際學(xué)術(shù)界公認(rèn)的。
▲物種的學(xué)名是用拉丁詞或拉丁化的詞組成。學(xué)名應(yīng)排斜體字。學(xué)名表示方法有雙名法和三名法。
（一）雙名法
屬名：字首大寫(xiě)。表示微生物的主要特點(diǎn)。第一個(gè)字母要大寫(xiě)。
當(dāng)前后有兩個(gè)或更多的學(xué)名連排在一起時(shí)，如果它們的屬名相同，在后面的一個(gè)或幾個(gè)屬名可縮寫(xiě)成一個(gè)、兩個(gè)或三個(gè)字母，在其后加上一個(gè)點(diǎn)。例如，Bacillus（芽孢桿菌屬）可縮寫(xiě)“B.”或“Ba.”或“Bac.”，Pseudomonas（假單胞菌屬）可縮寫(xiě)成“P.”或“Ps.”或“Pse.”， Aspergillus（曲霉屬）可縮寫(xiě)成“A.”或“As.”或“Asp.”等。
種名：表示物種的次要特征。第一個(gè)字母小寫(xiě)。
雙名法：指一個(gè)物種的學(xué)名由一個(gè)屬名（前）和一個(gè)種名（后）構(gòu)成。
（二）三名法
當(dāng)某種微生物是一個(gè)亞種或變種時(shí)，學(xué)名就按照三名法拼寫(xiě)。
（三）菌株（strain）
▲菌株：是任何由一個(gè)獨(dú)立分離的單細(xì)胞（或單個(gè)病毒粒）繁殖而成的純遺傳型群體及其一切后代。在非細(xì)胞型的病毒中則稱為毒株或株。
所以，一種微生物的每一不同來(lái)源的純培養(yǎng)物或純分離物均可稱為某菌種的一個(gè)菌株。
菌株名稱可由分離人任意用字母、符號(hào)或（和）編號(hào)表示。
界級(jí)分類(lèi)學(xué)說(shuō)：兩界、三界、四界、五界、六界、 三總界五界。
三域?qū)W說(shuō)：“域”是一個(gè)比界更高的界級(jí)分類(lèi)單元。
三個(gè)域指的是細(xì)菌域、古生菌域（以前稱古細(xì)菌域）、真核生物域。 p347圖10-3
似乎是原核生物群（細(xì)菌和古生菌）先出現(xiàn)，然后才是真核生物，這導(dǎo)致生物分成3個(gè)域：細(xì)菌、古生菌和真核生物。這三個(gè)域的生物在rRNA和其它方面彼此不同。 p348表10-3。
一、Bergey氏原核生物分類(lèi)系統(tǒng)綱要
1、《伯杰氏手冊(cè)》簡(jiǎn)介
在整個(gè)20世紀(jì)中，微生物分類(lèi)體系的權(quán)威著作：
l 德國(guó)的《細(xì)菌分類(lèi)圖說(shuō)》；
l 美國(guó)的《伯杰氏鑒定細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》（1923）；
l 前蘇聯(lián)的《細(xì)菌與放線菌的鑒定》；
l 法國(guó)的《細(xì)菌分類(lèi)學(xué)》和《原核生物》。
在以上著作中，只有美國(guó)的《伯杰氏手冊(cè)》成一枝獨(dú)秀。它前后修訂了11個(gè)版本，客觀上成了各國(guó)微生物學(xué)界公認(rèn)的一本經(jīng)典佳作，甚至有人稱它為細(xì)菌分類(lèi)學(xué)的“圣經(jīng)”。 從1980年起，書(shū)名改為《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》，簡(jiǎn)稱《系統(tǒng)手冊(cè)》。
2、《系統(tǒng)手冊(cè)》提要
手冊(cè)把原核生物分為古生菌界和細(xì)菌界兩界。
Ø 古生菌界共包括2門(mén)、5組、8綱、11目、17科、63屬，總有208個(gè)種；
Ø 細(xì)菌界則包括16門(mén)、26組、27綱、62目、163科、814屬，總有4727個(gè)種。
因此，至今（截止至2002年）所記載的整個(gè)原核生物共有4935種。
第四節(jié) 微生物分類(lèi)鑒定的方法
微生物分類(lèi)鑒定方法的4個(gè)水平：
（1）細(xì)胞的形態(tài)和習(xí)性水平
比如觀察M.B的形態(tài)特征、運(yùn)動(dòng)性、酶反應(yīng)、營(yíng)養(yǎng)要求、生長(zhǎng)條件、代謝特性、致病性、抗原性、生態(tài)學(xué)特性等。
（2）細(xì)胞組分水平
包括細(xì)胞壁、脂類(lèi)、醌類(lèi)、光合色素等成分。
（3）蛋白質(zhì)水平
包括氨基酸序列分析、凝膠電泳、各種免疫技術(shù)標(biāo)記等。
（4）核酸水平
包括G+C mol % 值的測(cè)定，核酸分子雜交，重要基因序列分析，全基因組測(cè)序等。
一、微生物分類(lèi)鑒定中的經(jīng)典方法
無(wú)論鑒定哪一類(lèi)微生物。其工作步驟都離不開(kāi)以下3項(xiàng)：① 獲得該微生物的純培養(yǎng)物；② 測(cè)定一系列必要的鑒定指標(biāo)；③ 查找權(quán)威性的菌種鑒定手冊(cè)。
1、經(jīng)典的鑒定指標(biāo)
2、微生物的微型、簡(jiǎn)便、快速或自動(dòng)化鑒定技術(shù)
a、API細(xì)菌數(shù)值鑒定系統(tǒng)
b、“Enterotube”系統(tǒng)
c、“Biolog”全自動(dòng)和手動(dòng)細(xì)菌鑒定系統(tǒng)
二、微生物分類(lèi)鑒定中的現(xiàn)代方法
1、通過(guò)核酸分析鑒定微生物遺傳型
2、細(xì)胞化學(xué)成分用作鑒定指標(biāo)
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