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GEO數(shù)據(jù)如何快速挖掘發(fā)文章?

摘要

乳腺癌(BC)是世界范圍內女性的主要惡性腫瘤,但對BC腫瘤發(fā)生和發(fā)展過程中的基因和信號通路知之甚少。本研究旨在闡明BC中潛在的關鍵候選基因和途徑。從Gene Expression Omnibus(GEO)數(shù)據(jù)庫下載了五個基因表達譜數(shù)據(jù)集(GSE22035,GSE3744,GSE5764,GSE21422和GSE26910),其中包括來自113個腫瘤組織樣本和38個相鄰非腫瘤組織樣本的數(shù)據(jù)。

研究結果

圖1

圖1:前100個差異表達基因的熱圖。共鑒定出82個上調基因和145個下調基因。

紅色表示上調,綠色表示下調。TT,腫瘤組織;NTT,鄰近非腫瘤組織。

圖2

圖2:227個已識別溫度的火山圖。紅色表示degs具有|log2fc|>1.deg,差異表達基因;fc,折疊變化。

圖3

圖3:乳腺癌中上調的degs的功能富集分析。

GO分析表明DEG在(A)生物過程術語,(B)細胞組成術語和(C)分子功能術語中顯著富集。(D)從KEGG分析獲得的顯著豐富的KEGG術語。

  • DEG:差異表達基因

  • KEGG:京都基因和基因組百科全書

  • GO:基因本體論

圖4

圖4:乳腺癌中下調的degs的功能富集分析。

GO分析表明DEG在(A)生物過程術語,(B)細胞組成術語和(C)分子功能術語中顯著富集。(D)從KEGG分析獲得的顯著豐富的KEGG術語。

圖5

圖5:識別的差異表達基因的蛋白質-蛋白質相互作用網(wǎng)絡。綠色表示下調的基因,紅色表示上調的基因。

圖6

圖6:最顯著豐富模塊的MCODE標識。具有最高MCODE得分的模塊是從蛋白質-蛋白質相互作用網(wǎng)絡中選擇的。綠色表示下調的基因,紅色表示上調的基因。

結論

總之,本研究中鑒定的degs、相關途徑和hub基因可能有助于理解BC進展和提供的分子機制。

DOI:10.3892/mmr.2018.8895

參考文獻

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END

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