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PUF60基因變異致Verheij綜合征一例的臨床及分子遺傳學(xué)分析并文獻(xiàn)復(fù)習(xí)

作者:梁雁 葉娟 魏虹 葉楓 羅小平 

中華兒科雜志, 2018,56(8)

摘要

目的

總結(jié)Verheij綜合征的臨床及遺傳學(xué)分析特點(diǎn)。

方法

對2017年5月華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院附屬同濟(jì)醫(yī)院兒科收治的1例Verheij綜合征患兒的臨床資料及基因檢測結(jié)果進(jìn)行總結(jié)分析,并以'Verheij syndrome''PUF60'和'Verheij綜合征''PUF60基因'為檢索詞,分別檢索2018年1月前的PubMed、人類基因組突變數(shù)據(jù)庫(HGMD)、在線人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫(OMIM)、中國知網(wǎng)數(shù)據(jù)庫(CNKI)和萬方數(shù)據(jù)庫,對Verheij綜合征病例進(jìn)行文獻(xiàn)復(fù)習(xí)。

結(jié)果

患兒男,14歲3月齡,因'生長落后13年'就診。出生體重2.9 kg,3歲時(shí)在外院行'房間隔缺損修補(bǔ)術(shù)',4歲時(shí)發(fā)現(xiàn)'先天性弱視及遠(yuǎn)視'。身高142.5 cm,標(biāo)準(zhǔn)差積分-3.26。精神運(yùn)動(dòng)發(fā)育遲緩,學(xué)習(xí)成績不佳。頸蹼,眼距寬、雙側(cè)外眼角下斜,人中長,腭弓高,后發(fā)際低;右手通貫掌。骨齡落后于實(shí)際年齡;垂體內(nèi)分泌功能檢測結(jié)果提示部分性生長激素(GH)缺乏(GH峰值6.63 μg/L),血胰島素樣生長因子1(IGF1)(73.20 μg/L)及胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白3(IGFBP3)(2 500 μg/L)低于正常;腎臟B超左腎8.5 cm×3.3 cm,右腎8.4 cm×4.3 cm;染色體核型46,XY;垂體磁共振成像提示垂體高度約4 mm,存在部分空蝶鞍。內(nèi)分泌基因Panel(與Noonan綜合征相關(guān)的10個(gè)基因)分析,均未發(fā)現(xiàn)基因變異或缺失。全外顯子基因檢測發(fā)現(xiàn)患兒存在PUF60基因雜合變異(c.931_934del,p. p.T311Qfs*47)?;純焊改冈撐稽c(diǎn)均無變異。經(jīng)Sanger測序進(jìn)行驗(yàn)證及父母來源分析,提示為新發(fā)突變。根據(jù)2015年美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)指南,該移碼突變?yōu)橹虏⊥蛔儯以谏鲜鰯?shù)據(jù)庫中尚未見報(bào)道。

結(jié)論

首次報(bào)道中國人群PUF60基因變異導(dǎo)致的Verheij綜合征?;純河袊?yán)重的生長發(fā)育落后、精神運(yùn)動(dòng)發(fā)育遲緩、特殊面部特征、先天性心臟病、腎臟發(fā)育不良等,臨床與Noonan綜合征難以鑒別。對具有上述臨床表現(xiàn)的患兒除注意Noonan綜合征相關(guān)基因檢測外,還應(yīng)注意PUF60基因分析,以免漏診。

Verheij綜合征(OMIM 615583)又稱8q24.3缺失綜合征,為常染色體顯性遺傳病。其臨床特征為:生長落后、精神運(yùn)動(dòng)發(fā)育遲緩,具有特殊的面部特征,骨骼特別是脊椎異常以及眼組織缺損、腎臟畸形、心臟異常。本綜合征2009年由Verheij等[1]首報(bào),2013年Dauber等[2]研究發(fā)現(xiàn),位于8q24.3的聚U結(jié)合剪接因子60(poly U binding splicing factor 60,PUF60)基因雜合變異是Verheij綜合征的致病原因。目前世界范圍內(nèi)已報(bào)道的Verheij綜合征不足30例[3,4,5,6,7],尚未有中國人PUF60基因變異導(dǎo)致Verheij綜合征的報(bào)道?,F(xiàn)將華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院附屬同濟(jì)醫(yī)院兒科2017年5月收治的1例PUF60基因新發(fā)雜合變異患兒的臨床資料及基因分析結(jié)果報(bào)道如下,并進(jìn)行相關(guān)文獻(xiàn)復(fù)習(xí)。

病例資料

一、本例資料

1.臨床資料:

患兒,男,14歲3月齡。因'生長落后13年'就診。患兒系母親的第1胎第1產(chǎn),足月剖宮產(chǎn)出生,出生體重2.9 kg。母乳喂養(yǎng)至11月齡,嬰幼兒時(shí)期無明顯喂養(yǎng)困難。6月齡頭可豎穩(wěn),1歲會(huì)叫人,1歲3月齡會(huì)走。現(xiàn)上初中一年級(jí),學(xué)習(xí)成績較差(語文40~50分,數(shù)學(xué)20~30分)。患兒3歲時(shí),在外院行'房間隔缺損修補(bǔ)術(shù)'。4歲時(shí)發(fā)現(xiàn)有'先天性弱視、遠(yuǎn)視'。父母非近親婚配?;純焊赣H身高174 cm,母親身高165 cm,患兒遺傳靶身高(175.5±4.0)cm。否認(rèn)遺傳代謝病家族史。

體格檢查:身高142.5 cm(低于同年齡、同性別正常兒童生長曲線的第3百分位數(shù),標(biāo)準(zhǔn)差積分-3.26)。體重44 kg(位于同年齡、同性別正常兒童體重的第10~25百分位數(shù)),血壓:109/87 mmHg(1 mmHg=0.133 kPa)。頸蹼,眼距寬、雙側(cè)外眼角下斜,人中長,腭弓高,后發(fā)際低。心音有力,律齊,未聞及病理性雜音。腹軟,肝脾肋下未及。右手通貫掌。雙睪3 ml。

輔助檢查:血常規(guī)、肝腎功能、電解質(zhì)、血?dú)夥治鼍#豢崭寡?、胰島素、甲狀腺功能及腎上腺皮質(zhì)功能正常;骨齡10歲,落后于實(shí)際年齡;垂體內(nèi)分泌功能檢測結(jié)果提示部分性生長激素(GH)缺乏(GH峰值6.63 μg/L);血胰島素樣生長因子1(IGF1)73.20 μg/L [正常范圍(519±168) μg/L],胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白3(IGFBP3)2 500 μg/L [正常范圍(4 354±1 204) μg/L];腎臟B超:雙腎體積偏小。雙腎切面形態(tài)正常,左腎8.5 cm×3.3 cm,右腎8.4 cm×4.3 cm。腎小管功能蛋白(尿微量蛋白、尿視黃醇結(jié)合蛋白、N-乙酰-β-D-氨基葡萄糖苷酶、β2-微量球蛋白)正常。染色體核型分析正常(46,XY)。垂體磁共振成像:腦垂體高度約4 mm,顯示有部分空蝶鞍,未見明顯異常強(qiáng)化灶,垂體柄居中,鞍旁及視交叉未見明顯異常。

2.基因分析:

本研究經(jīng)本院倫理委員會(huì)討論通過(批準(zhǔn)文號(hào):TJ-IRB20180703),并獲得患兒及父母知情同意。采集患兒及其父母外周靜脈血3 ml,以乙二胺四乙酸(ethylene diamine tetraacetic acid,EDTA)抗凝,送北京邁基諾醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所進(jìn)行內(nèi)分泌Panel-1(含目前已報(bào)道與Noonan綜合征相關(guān)的10個(gè)基因:PTPN11, RASA2, SOS1, KRAS, RAF1, NRAS, SHOC2, BRAF, RIT1, A2ML1)的檢測;結(jié)果未見異常,隨后行全外顯子基因分析。

全外顯子基因分析發(fā)現(xiàn)患兒存在PUF60基因雜合變異(c.931_934del,p.Thr311Glnfs*47),該變異為移碼突變(圖1)?;純焊改冈撐稽c(diǎn)均無變異。經(jīng)Sanger測序進(jìn)行驗(yàn)證及父母來源分析,提示為新發(fā)突變。根據(jù)2015年美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)(ACMG)指南,該移碼突變?yōu)橹虏⊥蛔儭?/span>

二、文獻(xiàn)檢索結(jié)果

以'Verheij syndrome''PUF60''Verheij綜合征''PUF60基因'為檢索詞,分別檢索2018年1月20日前的PubMed、人類基因組突變數(shù)據(jù)庫(HGMD)、在線人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫(OMIM)、中國知網(wǎng)數(shù)據(jù)庫(CNKI)和萬方數(shù)據(jù)庫。共6篇文獻(xiàn)報(bào)道本征,均為國外文獻(xiàn),國內(nèi)未見報(bào)道[2,3,4,5,6]。本例PUF60基因雜合變異(c.931_934del,p.Thr311Glnfs*47)在上述數(shù)據(jù)庫中尚未見報(bào)道。目前文獻(xiàn)已報(bào)道的Verherj綜合征患兒PUF60基因新發(fā)變異見表1。

討論

8q缺失非常罕見。2009年,Verheij等[1]對2例伴發(fā)多種先天畸形的生長落后、精神運(yùn)動(dòng)發(fā)育遲緩、髖脫位的荷蘭兒童進(jìn)行細(xì)胞遺傳學(xué)研究,發(fā)現(xiàn)8q24有新發(fā)的、大片、雜合中間缺失,經(jīng)比較基因組雜交分析顯示缺失范圍分別為15.1 Mb和23.5 Mb。2例患兒的共同缺失區(qū)域?yàn)?.35 Mb,含有22個(gè)基因。隨后,2013年Dauber等[2]報(bào)道的5例患者,均有眼組織缺損、小頭畸形、發(fā)育遲緩、生長發(fā)育落后,具有特殊的面部特征(包括長人中、鼻孔前傾、鼻短、鼻梁低平、上唇薄、小下頜、頸短、耳前凹、雙顳窄等)以及心臟、腎臟缺陷。其中3例有小頭畸形,4例出現(xiàn)發(fā)育遲緩,4例有腎臟畸形(單側(cè)腎不發(fā)育、腎發(fā)育不全、多囊腎、異位腎融合),4例有關(guān)節(jié)松弛、髖脫位,3例有脊椎異常(骶骨發(fā)育異常、尾骨不發(fā)育、脊柱融合、半椎體),2例有心室缺陷。在5例患者中發(fā)現(xiàn)了5種不同的8q24.3的新發(fā)、雜合、中間缺失。缺失范圍為78 kb~1 Mb,但無相同的斷裂點(diǎn)。最小的共同缺失區(qū)包含3個(gè)基因:SCRIB、NRBP2、PUF60。進(jìn)一步的斑馬魚基因敲除試驗(yàn)提示:SCRIB和PUF60基因單倍劑量不足與此征有關(guān),而NRBP2缺失與臨床特征無關(guān)。敲除Scrib和Puf60的任一基因均可導(dǎo)致身材矮小、小頭畸形、小下頜;單獨(dú)敲除Scrib基因可導(dǎo)致眼組織缺損和腎臟畸形,而單獨(dú)敲除Puf60基因可導(dǎo)致心臟結(jié)構(gòu)缺陷;同時(shí)敲除Scrib和Puf60基因?qū)ρ劢M織缺損、心臟、頭圍、腎臟、下頜的外顯率和表現(xiàn)度無變化,但加重了身材矮小的表型。目前為止,尚沒有發(fā)現(xiàn)任何人類遺傳病有SCRIB和NRBP2的單個(gè)核苷酸變異[2,3]。在上述研究的基礎(chǔ)上,Dauber等[2]又報(bào)道了第6例患者,有嚴(yán)重的生長發(fā)育落后、精神運(yùn)動(dòng)發(fā)育遲緩、小頭畸形、特殊的面部特征、抽搐、室間隔缺損、髖關(guān)節(jié)脫位、半椎體以及脊柱側(cè)凸,但無視野缺損和腎臟異常,外顯子測序提示PUF60基因雜合變異(c.505 C>T,p.His169Tyr)。

此后,不斷有關(guān)于PUF60基因雜合變異導(dǎo)致Verheij綜合征的新的報(bào)道[2,3,4,5,6]。2017年Low等[4]報(bào)道了12例PUF60基因變異,其中4例為移碼突變,3例錯(cuò)義突變(聚集在PUF60 RNA識(shí)別區(qū)),5例剪接位點(diǎn)突變?;颊叩墓餐卣鳛榘l(fā)育遲緩和身材矮小,但表型的變異性非常顯著。共同的面部特征為:長人中、上唇薄、小下頜、瞼裂?。ㄕ男尤恃郏?。El Chehadeh等[5]報(bào)道了5例PUF60基因新發(fā)雜合變異,1例為移碼突變,1例錯(cuò)義突變、1例剪接位點(diǎn)突變、2例無義突變。

PUF60屬于RRM half pint家族,包括3個(gè)RRM結(jié)構(gòu)域。PUF60編碼DNA和RNA結(jié)合蛋白,在前體RNA剪接和轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)過程中發(fā)揮作用。在前體RNA剪接過程中,PUF60與U2AF2相互作用,促進(jìn)內(nèi)含子在弱的3'剪接位點(diǎn)的剪接有選擇性剪接的作用[4,7,8]。PUF60雜合功能喪失突變,可致RNA加工、剪接體功能異常而引起人類發(fā)育異常,出現(xiàn)以下表型:生長發(fā)育遲緩和顱面部、心臟、腎臟、眼部、骨骼畸形[3,5]。

斑馬魚功能試驗(yàn)顯示,PUF60單倍劑量不足與Verheij綜合征的其他表型有關(guān),與眼睛的發(fā)育缺陷卻無直接關(guān)系。但在已報(bào)道的8例帶有de novo點(diǎn)突變的患者中,有3例患者有虹膜-視網(wǎng)膜缺損[3]。Santos-Simarro等[6]報(bào)道的3例患者中有2例有突出的眼睛問題。基因變異為c.439C>T(p. Glu147)和c.1144+1G>A,可影響共識(shí)剪接位點(diǎn)。Graziano等[3]報(bào)道的1例患者眼睛的問題比較突出,PUF60的變異為c.541 G>A,p.Glu181Lys。作者認(rèn)為眼睛發(fā)育缺陷特別是眼組織缺損在PUF60相關(guān)異常疾病中較為常見,眼組織缺損和持續(xù)性胎兒血管綜合征的聯(lián)合缺陷也見于PUF60變異的個(gè)體,建議把PUF60加入眼睛發(fā)育缺陷的篩查基因panel中[3]

本例患兒以生長落后就診,有先天性心臟病史,智力發(fā)育欠佳,面部特征表現(xiàn)為:眼距寬、雙側(cè)外眼角下斜,染色體核型分析46,XY。最初臨床考慮Noonan綜合征的可能性大,但Noonan綜合征的相關(guān)基因panel(PTPN11, SOS1, RASA2, KRAS, RAF1, NRAS, SHOC2, BRAF, RIT1, A2ML1)檢測結(jié)果均陰性,后行全外顯子基因測序發(fā)現(xiàn)患兒存在PUF60基因雜合變異(c.931_934del,p.Thr311Glnfs*47),該變異為移碼突變,不屬于多態(tài)性位點(diǎn),在人群中發(fā)生頻率低,在HGMD專業(yè)版數(shù)據(jù)庫中未見報(bào)道。經(jīng)家系驗(yàn)證分析,患者父母該位點(diǎn)無變異性?;颊叩腜UF60變異為新發(fā)突變,根據(jù)2015年ACMG指南,該變異符合PVS1(無功能變異——移碼突變),PS2(患者的新發(fā)變異,且無家族史,親子關(guān)系確定),PM2(ESP數(shù)據(jù)庫、千人數(shù)據(jù)庫、EXAC數(shù)據(jù)庫中正常對照人群中未發(fā)現(xiàn)的變異),考慮為致病性變異。

目前已報(bào)道的Verheij綜合征患者臨床主要表現(xiàn)為:(1)身材矮小。(2)精神運(yùn)動(dòng)發(fā)育遲緩。(3)具有特殊的面容特征,如:斜頭或小頭畸形,前額突出;眼內(nèi)眥贅皮;鼻短、鼻梁低平、鼻翼發(fā)育不良、鼻孔前傾、鼻尖顯著;人中長;小下頜;上唇?。浑窆撸活i短;部分有耳前瘺管,耳位輕度低。(4)伴發(fā)各種先天畸形:①腎臟:單側(cè)腎不發(fā)育、腎發(fā)育不全、多囊腎、異位腎融合。②心臟:房間隔缺損、室間隔缺損。③眼睛:雙側(cè)虹膜、視網(wǎng)膜、脈絡(luò)膜缺損。(5)骨骼發(fā)育異常:主要表現(xiàn)脊椎異常(半椎體、脊柱側(cè)凸)、髖關(guān)節(jié)脫位、并指,關(guān)節(jié)松弛。部分Verheij綜合征患者有抽搐、嬰幼兒期喂養(yǎng)困難等。其臨床與Noonan綜合征不易鑒別。二者均有身材矮小、精神運(yùn)動(dòng)發(fā)育遲緩、具有特殊面部特征、伴發(fā)心臟、腎臟等先天性發(fā)育異常等。區(qū)別在于:Noonan綜合征典型的面部特征為眼裂水平或下斜(95%),且該表型隨年齡出現(xiàn)變化,患者年齡越大,面部特征越不典型。因此年齡大的患者鑒別診斷困難,易造成漏診或誤診[9,10,11]。其次,Noonan綜合征骨骼的異常主要表現(xiàn)為雞胸、漏斗胸、脊柱異常[9,10,11]。而Verheij綜合征患者較易出現(xiàn)腎臟發(fā)育不全、眼發(fā)育缺陷,骨骼異常主要為脊椎異常如半椎體、脊柱側(cè)凸等。另外,Noonan綜合征具有明顯的遺傳異質(zhì)性,其遺傳方式為常染色體顯性遺傳、常染色體隱性遺傳以及由基因突變導(dǎo)致的散發(fā)病例[9,10,11]。2001年Tartaglia等[12]報(bào)道Noonan綜合征的致病基因PTPN11,位于染色體12 q24. 1,并發(fā)現(xiàn)約50%的患者為PTPN11突變所致。目前為止已先后發(fā)現(xiàn)RAS/RAF/MAPK信號(hào)通路中的其他分子相應(yīng)基因的突變(SOS1、RAF1、RIT1、KRAS、NRAS、BRAF、MAP2K1、MEK1、MEK2、SHOC2等)與Noonan綜合征相關(guān)[13,14,15,16]。

本例是中國人群首次報(bào)道的PUF60基因變異導(dǎo)致的Verheij綜合征?;颊呔哂袊?yán)重的生長發(fā)育落后、精神運(yùn)動(dòng)發(fā)育遲緩、先天性心臟?。ǚ块g隔缺損)、雙腎小等,臨床與Noonan綜合征難以鑒別,提示我們對具有上述臨床表現(xiàn)的患者除注意Noonan綜合征相關(guān)基因檢測外,還應(yīng)注意PUF60基因分析,以免漏診。

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