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【成功案例】轉(zhuǎn)錄組測序助力提高白血病療效的治療策略的探究

隨著對腫瘤細(xì)胞的糖代謝重編程的認(rèn)識,有氧糖酵解對腫瘤治療的抑制作用越來越受到重視。糖酵解通路中的許多關(guān)鍵蛋白已被發(fā)現(xiàn)是治療和克服耐藥性的重要靶點(diǎn)。有氧糖酵解抑制作用的研究主要集中在實(shí)體腫瘤來源的細(xì)胞模型中,而白血病細(xì)胞模型中信息較少,尤其是白血病多藥耐藥(MDR)細(xì)胞。因此,有必要從腫瘤代謝的角度研究MDR的分子機(jī)制,探討白血病MDR細(xì)胞中有氧糖酵解對糖代謝和藥物敏感性的影響。


12月新鮮出爐的公司合作文章中,蘭州大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院甘肅省新藥臨床前研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的研究者借助轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),探究了白血病MDR細(xì)胞的代謝重編程機(jī)制,對于發(fā)現(xiàn)通過恢復(fù)白血病MDR細(xì)胞藥物敏感性以改善治療效果的治療策略有重要意義。


這篇文章中,作者在得到轉(zhuǎn)錄組測序篩選到的差異表達(dá)基因后,集中于“糖代謝”這一主要研究目的,通過差異表達(dá)基因在功能和通路上的注釋及富集分析,找到了關(guān)鍵的糖代謝相關(guān)基因,以及藥敏細(xì)胞和耐藥細(xì)胞間發(fā)生變化的信號通路,為后續(xù)研究奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。這也是一種高效的轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)深入挖掘方法。接下來,小編跟大家一起看看這篇文章吧。



我是背景


葡萄糖是癌細(xì)胞中最豐富的能量來源之一。除了食物攝取以外,葡萄糖主要來源是糖異生和糖原分解,屬于葡萄糖合成代謝途徑。相反,線粒體氧化磷酸化(OXPHOS)和糖酵解是葡萄糖分解代謝的兩條主要途徑。


常氧的正常細(xì)胞中,高水平的OXPHOS是細(xì)胞ATP的主要來源。然而,近年來發(fā)現(xiàn),盡管存在充足的氧氣,但許多癌癥仍明顯依賴糖酵解作為一種重要的能量來源,即“有氧糖酵解”或“瓦博格效應(yīng)”,這已被廣泛認(rèn)為是代謝重編程的共同特征。此外,有氧糖酵解可能賦予腫瘤細(xì)胞以耐藥性,可能的原因有:1)細(xì)胞內(nèi)微環(huán)境酸化,可能會降低藥物吸收和效率;2)支持細(xì)胞增殖所需的大分子合成的中間代謝物增加;3)通過減少氧自由基來抗氧化損傷。此外,在化療作用下,腫瘤/白血病細(xì)胞可能會表現(xiàn)出額外的代謝重編程,從而獲得對抗腫瘤藥物的耐藥性。


阿霉素(ADM)是一種具有強(qiáng)烈毒性的抗腫瘤藥,臨床上用于治療急性淋巴細(xì)胞白血病、急性粒細(xì)胞白血病等。前人研究和作者前期的研究表明,K562/ADM耐藥細(xì)胞比其親代K562敏感細(xì)胞具有更高的有氧糖酵解活性,這意味著耐藥白血病細(xì)胞通過糖酵解重編程獲得了對細(xì)胞毒性藥物的適應(yīng)性。


在此,作者采用二代高通量測序技術(shù)對兩個(gè)細(xì)胞系間的差異表達(dá)基因(DEG)進(jìn)行分析,高度富集的DEG則為候選耐藥性相關(guān)基因。糖酵解途徑中,乳酸脫氫酶(LDHA催化丙酮酸生成乳酸是關(guān)鍵步驟,而草酸是一種LDHA抑制劑,可用于抑制有氧糖酵解。用草酸和ADM單獨(dú)或聯(lián)合處理后,測定其對細(xì)胞活力、ADM細(xì)胞毒性、糖代謝和候選耐藥相關(guān)DEG表達(dá)的影響。



我是方法


1、材料

藥敏細(xì)胞系--K562人類白血病細(xì)胞系,ADM耐藥細(xì)胞系--K562/ADM細(xì)胞系。

2、轉(zhuǎn)錄組測序

兩種細(xì)胞系各三個(gè)樣本,提取總RNA,構(gòu)建轉(zhuǎn)錄組文庫,進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序。

3、體外細(xì)胞毒性試驗(yàn)

4、糖代謝指數(shù)測定試驗(yàn)

5、Western blot



我是結(jié)果


1、轉(zhuǎn)錄組測序發(fā)現(xiàn)與糖代謝相關(guān)的基因


K562/ADM細(xì)胞與其親本K562細(xì)胞間基因表達(dá)譜的比較將為MDR的研究提供有價(jià)值的機(jī)制見解。藥敏細(xì)胞和耐藥細(xì)胞的基因表達(dá)比較顯示,兩者轉(zhuǎn)錄組之間存在巨大差異,共檢測到1742個(gè)DEG。然后,通過與GO、NR、Swiss-Prot、eggNOG和KEGG數(shù)據(jù)庫的比對,鑒定到了205個(gè)與代謝相關(guān)的DEG。其中,相比于藥敏細(xì)胞,耐藥細(xì)胞中有97個(gè)基因表達(dá)上調(diào)、108個(gè)基因表達(dá)下調(diào),表明這些基因可能在K562/ADM細(xì)胞的耐藥性中起重要的作用。


DEG表達(dá)量聚類熱圖


作者進(jìn)一步鑒定了葡萄糖代謝中的酶和轉(zhuǎn)運(yùn)體的相關(guān)DEG,發(fā)現(xiàn)K562/ADM細(xì)胞中GLUT3和GLUT4的基因表達(dá)水平較高,這些基因作為葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)體促進(jìn)葡萄糖的攝取。K562/ADM 細(xì)胞中,編碼糖酵解代謝相關(guān)酶(PFKM和ALDOC)的基因表達(dá)上調(diào),而參與TCA的DH1、IDH2和SUCLG2基因則表達(dá)下調(diào)。此外在耐藥細(xì)胞中,糖異生關(guān)鍵酶基因PEPCK1表達(dá)下調(diào),糖原分解關(guān)鍵酶基因PYGL表達(dá)上調(diào),而參與糖原合成的關(guān)鍵蛋白基因GYG2表達(dá)下調(diào)。有趣的是,與前人的蛋白組學(xué)研究結(jié)果一致,耐藥細(xì)胞中PPP通路的關(guān)鍵酶G6PD下調(diào)。然而,參與嘌呤和胸腺嘧啶合成的關(guān)鍵酶PRPS2上調(diào)。


結(jié)果表明,白血病MDR細(xì)胞表現(xiàn)為糖代謝重編程。事實(shí)上,在前人和作者之前的工作中,也觀察到與藥敏細(xì)胞相比,耐藥細(xì)胞的糖酵解通量有所增加。


表1 糖代謝相關(guān)DEG

Term

Count

Genes Symbol

Regulated

GLUT

5

GLUT3;GLUT4 ;GLUT6 ;GLU12 ;GLUT14

up

PPP

4

G6PDH

down

PRPS2; ALDOC ;PFKM

up

Glycolysis

5

PEPCK1; PK1; ACSS1

down

ALDOC; PFKM

up

TAC

3

IDH1;IDH2; SUCLG2 ;ACSS1

down

Gluconeogenesis

7

PK1; PGM5; ACSS1; GPD2; PEPCK1

down

PFKM; ALDOC

up

Glycogen synthesis

3

GYG2; PGM5; PGM2L1

down

Glycogenolysis

3

PGM5; PGM2L1

down

PYGL

up


此外,KEGG聚類和富集分析顯示,與K562細(xì)胞相比,K562/ADM細(xì)胞中存在多個(gè)生物學(xué)過程的變化。為了進(jìn)一步闡明糖代謝重編程的分子機(jī)制,將DEG比對到參與葡萄糖代謝的相關(guān)信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑。所有DEG都是比對到了信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑,如MAPK、PI3K-AKT、HIF、Ras等。如圖,PI3K-AKT通路是DEG富集最多的通路。PI3K-AKT通路通過調(diào)節(jié)代謝分子(包括LDHA、HK-II和GLUT)的表達(dá)或移位,作為代謝穩(wěn)態(tài)的關(guān)鍵調(diào)控因子。結(jié)果顯示,PI3K-AKT通路是K562/ADM細(xì)胞中最富集的上調(diào)通路,與糖代謝重編程和MDR的發(fā)展有關(guān)。


葡萄糖代謝的相關(guān)信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑


2、草酸可以有效恢復(fù)K562/ADM細(xì)胞對ADM的敏感性


如圖,單獨(dú)用草酸處理的兩個(gè)細(xì)胞系均呈現(xiàn)時(shí)間和劑量依賴性細(xì)胞毒性,但是細(xì)胞毒性相對較低。相比于單獨(dú)用ADM處理,用ADM和草酸聯(lián)合處理后,K562細(xì)胞和K562/ADM細(xì)胞增殖抑制率分別提高了為2.28±0.56倍和6.08±0.77倍,K562/ADM細(xì)胞增殖抑制率的增加倍數(shù)明顯高于K562細(xì)胞。


這些數(shù)據(jù)表明,盡管耐藥的K562/ADM細(xì)胞系對藥物的敏感性不如其親本細(xì)胞系,但與草酸聯(lián)合使用時(shí),其療效顯著提高。因此,抑制糖酵解可使K562/ADM細(xì)胞恢復(fù)ADM敏感性。




草酸和ADM對藥敏、耐藥細(xì)胞的影響

(左右滑動(dòng)查看圖片)


3、草酸對糖代謝通量和LDHA活性的抑制作用


在上述試驗(yàn)中,作者發(fā)現(xiàn)ADM聯(lián)合草酸處理增加了人白血病細(xì)胞的細(xì)胞毒性。然后,作者研究了草酸對ADM處理的K562和K562/ADM細(xì)胞系糖代謝作用的影響,發(fā)現(xiàn)相比于ADM單獨(dú)處理,ADM和草酸共同處理48h后,兩個(gè)細(xì)胞系的葡萄糖消耗和乳酸生成的抑制作用均有所增強(qiáng)。草酸導(dǎo)致兩種細(xì)胞系糖酵解抑制呈現(xiàn)劑量依賴性增加,而耐藥細(xì)胞糖酵解抑制的變化倍數(shù)更高,這與聯(lián)合處理時(shí)耐藥細(xì)胞療效升高倍數(shù)更高所一致,說明草酸對糖酵解的抑制導(dǎo)致葡萄糖消耗和乳酸生成的減少,導(dǎo)致白血病細(xì)胞對ADM的敏感性增加。


相對LDHA活性檢測結(jié)果表明,草酸對K562細(xì)胞LDHA活性的抑制作用高于K562/ADM細(xì)胞。說明在K562細(xì)胞和K562/ADM細(xì)胞中,草酸對糖酵解通量的限制作用是不同的,不能用只通過競爭性抑制LDHA活性來解釋,因此草酸抑制LDHA并不是提高ADM療效的唯一機(jī)制。




4、草酸抑制ADM誘導(dǎo)的AKT-mTOR-c-Myc通路的過度激活


上述轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果顯示,在K562/ADM細(xì)胞中,PIP3-AKT通路上調(diào),此通路是糖代謝穩(wěn)態(tài)的關(guān)鍵調(diào)控因子,可能與耐藥性增強(qiáng)有關(guān)。此外,草酸對糖酵解的抑制有效提高了K562/ADM細(xì)胞的ADM細(xì)胞毒性。此外,作者推測草酸誘導(dǎo)的LDHA抑制并不是草酸提高ADM療效的唯一機(jī)制。因此,為了研究草酸的使用是否也影響了PIP3-AKT通路,作者用草酸、ADM單獨(dú)或聯(lián)合處理K562細(xì)胞和K562/ADM細(xì)胞后,通過western blot檢測PIP3-AKT通路中一系列重要信號分子的表達(dá)水平。

 

結(jié)果表明,草酸逆轉(zhuǎn)了ADM誘導(dǎo)的K562/ADM細(xì)胞中t-AKT和p-AKT473的上調(diào)、t-mTOR和p-mTOR的上調(diào)。在K562/ADM細(xì)胞中,ADM和草酸聯(lián)合處理時(shí)顯著下調(diào)的AKT-mTOR-HIFα可能導(dǎo)致更有效地抑制AKT-mTOR-c-Myc的過度活化,從而影響ADM耐藥性。而AKT/mTOR/HIF/c- Myc的下游效應(yīng)物—GLUT4和HK-II檢測結(jié)果表明,ADM和草酸聯(lián)合處理后,K562/ADM細(xì)胞中的兩種效應(yīng)物變化趨勢與mTOR相似。


 因此,cADM和草酸聯(lián)合處理不僅可以直接競爭LDHA活性,也會中和耐藥細(xì)胞中ADM引起的AKT-mTOR-c-Myc通路超活化,以及進(jìn)一步的AKT-mTOR-HIFα-GLUT4/HK-II受損。



草酸和ADM對PIP3-AKT通路的影響

(左右滑動(dòng)查看圖片)


我是總結(jié)


為了研究有氧糖酵解在白血病耐藥中的分子機(jī)制和作用,作者通過轉(zhuǎn)錄組測序發(fā)現(xiàn)了MDR白血病細(xì)胞系K562/ADM與其親本-藥敏細(xì)胞系K562的差異表達(dá)基因,并對DEG進(jìn)行聚類和富集分析。采用乳酸脫氫酶抑制劑--草酸評價(jià)糖酵解抑制對K562/ADM細(xì)胞ADM敏感性及關(guān)鍵DEG表達(dá)的影響。


作者發(fā)現(xiàn)K562/ADM細(xì)胞與K562細(xì)胞共有1742個(gè)DEG。參與糖代謝的單基因編碼酶的差異表達(dá)基因表明,K562/ADM細(xì)胞的有氧糖酵解通量較大,而PI3K-AKT信號通路與糖代謝有關(guān),在K562/ADM細(xì)胞中表現(xiàn)出明顯上調(diào)。草酸通過下調(diào)AKT-mTOR通路直接或間接抑制有氧糖酵解,改善ADM在ADM耐藥細(xì)胞中的治療效果,并使其重新敏化。


總之,ADM耐藥性是由有氧糖酵解的增加介導(dǎo)的,與MDR白血病細(xì)胞中AKT-mTOR-c-Myc通路的過度激活有關(guān)。抑制有氧糖酵解和下調(diào)有氧糖酵解中的相關(guān)信號通路是一種潛在的使得白血病細(xì)胞致敏,從而克服MDR的化療策略。




參考文獻(xiàn)

Zhang X , Chen J , Ai Z , et al. Targeting glycometabolic reprogramming to restore the sensitivity of leukemia drug-resistant K562/ADM cells to adriamycin[J]. Life Sciences, 2018.

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