lncRNA指的是長度在200-100000 nt之間的RNA分子。目前人們對lncRNA的認(rèn)識還處在初級階段，lncRNA起初被認(rèn)為是基因組轉(zhuǎn)錄的“噪音”，是RNA聚合酶II轉(zhuǎn)錄的副產(chǎn)物，不具有生物學(xué)功能。
lncRNA的種類遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過編碼RNA，哺乳動物基因組序列中4%~9%的序列產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄本是lncRNA（相應(yīng)的蛋白編碼RNA的比例是1%-5%）。
lncRNA已經(jīng)成為非編碼RNA研究領(lǐng)域的一個熱點。
今天我看到有朋友整理過lncRNA數(shù)據(jù)庫信息，特分享給大家。
（1） ChIPBase：提供長鏈非編碼RNA的表達(dá)圖譜和轉(zhuǎn)錄調(diào)控的全面鑒定和注釋。整合了高通量的RNA-seq鑒定的lncRNA及其表達(dá)圖譜和ChIP-Seq實驗技術(shù)鑒定的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點。網(wǎng)站：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/
（2）lncRNAdb：提供有生物學(xué)功能的長鏈非編碼RNA的全面注釋。這是長鏈非編碼RNA研究領(lǐng)域的大牛John mattick實驗室構(gòu)建的網(wǎng)站。網(wǎng)站：http://www.lncrnadb.org/
（3）LNCipedia：對人類的長鏈非編碼RNA的序列和結(jié)構(gòu)全面的注釋。網(wǎng)站： http://www.lncipedia.org/db
（4）LncRNADisease: 提供了文獻(xiàn)報道的疾病相關(guān)的長鏈非編碼RNA的注釋。 網(wǎng)站： http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease
（5）NONCODE：提供對長鏈非編碼RNA的全面注釋，包括表達(dá)和該團(tuán)隊開發(fā)的ncFANs計算機(jī)軟件預(yù)測的lncRNA功能，這是非編碼RNA研究的知名數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)站： http://www.noncode.org
（6）NRED： 提供人和小鼠的長鏈非編碼RNA在芯片數(shù)據(jù)的表達(dá)信息。這也是John mattick實驗室構(gòu)建的網(wǎng)站。網(wǎng)站：http://jsm-research.imb.uq.edu.au/nred/
（7） PLncDB：Plant Long noncoding RNA Database 。植物長鏈非編碼RNA數(shù)據(jù)庫。 PLncDB為植物研究社區(qū)提供了擬南芥lncRNAs的一個廣泛的基因組查看。這個數(shù)據(jù)庫將隨著新植物基因組可用而定期更新，為的是極大地促進(jìn)植物lncRNAs的未來研究。網(wǎng)站：http://chualab.rockefeller.edu/gbrowse2/homepage.html
（8）GeneCards v3：GeneCards是一個可搜索的，集成的人類基因數(shù)據(jù)庫，提供了簡潔的基因組相關(guān)的信息，對所有已知和預(yù)測的人類基因。網(wǎng)址：http://www.genecards.org/
（9）The Functional lncRNA Database：一個哺乳動物lncRNA數(shù)據(jù)庫。要搜索一個特定的lncRNA，在搜索框中輸入其名稱下面，選擇合適的品種。或者，你可以瀏覽所有l(wèi)ncRNAs一次。目前，該數(shù)據(jù)庫包含來自人，小鼠和大鼠的lncRNAs。網(wǎng)址： http://www.valadkhanlab.org/database
（10）DIANA-LncBase：提供了一個lncRNAs上的miRNA靶的綜合注釋。 DIANA-LncBase保存了全轉(zhuǎn)錄組實驗驗證的和計算預(yù)測的人類和小鼠lncRNAs上的miRNA識別元件。 DIANA-LncBase中有效的實驗支持條目超過了5000對相互作用，計算預(yù)測的相互作用超過1000萬對。DIANA-LncBase保存了每個miRNA-lncRNA對的詳細(xì)信息，例如外部鏈接，轉(zhuǎn)錄本基因組位置的圖形繪制，結(jié)合位點的表征，lncRNA組織表達(dá)以及MREs的保守性得分和預(yù)測得分。網(wǎng)址：www.microrna.gr/LncBase
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