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本期咱們來講一講平常大家講的“不做實驗發(fā)SCI”的公共數(shù)據(jù)庫生信分析（數(shù)據(jù)挖掘）。9月以來，我們根據(jù)三大公共疾病數(shù)據(jù)庫“TCGA”“Gene expression omnibus”“arrayexpress”+bioinformatics為關(guān)鍵詞檢索了Pubmed中收錄的文章，共得到93篇，其中有4篇沒有影響因子，剩下的分布于1~20分不等。9月以來生信類雜志數(shù)量影響因子Oncol Rep42.976Mol Med Rep41.922Bioinformatics35.481Biomed Pharmacother33.457Exp Ther Med31.41Int J Cancer27.36Genomics Proteomics Bioinformatics26.6Biochem Pharmacol24.235J Cell Physiol23.923Int J Mol Med22.784Onco Targets Ther22.656Gene22.498Cell J22.363Medicine (Baltimore)22.028Pathol Res Pract21.466其他55大家都知道SCI按照分數(shù)來講，3分、5分、10分是分水嶺，那么這幾個檔次的生信類的文章真的都不用做實驗嗎？來一起看看。首先，我們把5~20分的16篇章進行了歸納總結(jié)，發(fā)現(xiàn)他們分為以下幾類：看得到高分的生信文章分為4類：1．純生信分析（沒實驗）；2．生信分析只是一部分，大部分靠功能和機制實驗；3．數(shù)據(jù)庫類：處理公共數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)，提供可以查詢差異基因、功能解析、網(wǎng)絡互作的功能；4．算法類的，這個和我們醫(yī)學類的無關(guān)，是偏計算機類；文章名雜志作者影響因子描述A Pan-Cancer Analysis Reveals High-Frequency Genetic Alterations in Mediators of Signaling by the TGF-β Superfamily.Cell SystUSA8.982純生信Size Matters: Dissecting Key Parameters for Panel-Based Tumor Mutational Burden (TMB) Analysis.Int J CancerUSA7.36純生信Systematic identification of lincRNA-based prognostic biomarkers by integrating lincRNA expression and copy number variation in lung adenocarcinoma.Int J Cancer哈爾濱醫(yī)科大7.36純生信Profiles of alternative splicing in colorectal cancer and their clinical significance: A study based on large-scale sequencing data.EBioMedicine國內(nèi)6.183純生信A prognostic mRNA expression signature of four 16q24.3 genes in radio(chemo)therapy-treated head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC).Mol OncolUSA5.264純生信Analysis of lncRNA-Associated ceRNA Network Reveals Potential lncRNA Biomarkers in Human Colon Adenocarcinoma.Cell Physiol Biochem國內(nèi)5.5純生信（加了一點PCR）Pan-Cancer Metabolic Signature Predicts Co-Dependency on Glutaminase and De Novo Glutathione Synthesis Linked to a High-Mesenchymal Cell State.Cell MetabUSA20.565生信+實驗IL-6 Mediates Cross-Talk between Tumor Cells and Activated Fibroblasts in the Tumor Microenvironment.Cancer ResUSA9.13生信+實驗TC2N, a novel oncogene, accelerates tumor progression by suppressing p53 signaling pathway in lung cancer.Cell Death Differ三軍大8生信+實驗Klotho suppresses colorectal cancer through modulation of the unfolded protein response.Oncogene以色列6.854生信+實驗Methylation-mediated miR-155-FAM133A axis contributes to the attenuated invasion and migration of IDH mutant gliomas.Cancer Lett國內(nèi)6.491生信+實驗HCCDB: A Database of Hepatocellular Carcinoma Expression Atlas.Genomics Proteomics Bioinformatics國內(nèi)6.6數(shù)據(jù)庫databaseTSNAdb: A Database for Tumor-specific Neoantigens from Immunogenomics Data Analysis.Genomics Proteomics Bioinformatics國內(nèi)6.6數(shù)據(jù)庫databasemiRNACancerMAP: an integrative web server inferring miRNA regulation network for cancer.Bioinformatics國內(nèi)5.481數(shù)據(jù)庫databaseDifferential Methylation Values in Differential Methylation Analysis.Bioinformatics國內(nèi)5.481生信算法（計算機類）bcGST - an interactive bias-correction method to identify over-represented gene-sets in boutique arrays.Bioinformatics國內(nèi)5.481生信算法（計算機類）其實前三種都是我們醫(yī)學類的科研成果，自然算是原創(chuàng)類的文章了，我們看幾篇這類文章，借鑒一下。1）20分的Cell Metabolism癌細胞代謝改變參與了腫瘤發(fā)生，和兩個過程有關(guān)，一個是warburg效應，另外一個就是谷氨酰胺代謝增加。谷氨酰胺酶GSL1已經(jīng)在做臨床實驗了，其作用很關(guān)鍵，但對于受試者沒有一個明確的診斷標準和指標，該文章通過TCGA多種腫瘤數(shù)據(jù)生信分析和實驗數(shù)據(jù)統(tǒng)計作證，闡述了GLS1/GAC組合對于腫瘤的發(fā)生起到調(diào)控作用，并且發(fā)現(xiàn)了多種GLS1臨床試驗中的診斷指標。數(shù)據(jù)挖掘占比的比重還是比較高的。2）9分的Cancer ResearchIL-6 mediates cross-talk between tumor cells and activated fibroblasts in the tumor microenvironment這篇文章研究的是腫瘤微環(huán)境，里面的CAF細胞（Cancer-associated fibroblasts），這篇文章用到的數(shù)據(jù)挖掘部分較少，只是對IL-6以及其受體在食管癌以及其他多種腫瘤生存分析模型中顯著相關(guān)這一部分，使用的依然是TCGA中的測序數(shù)據(jù)以及臨床資料進行的分析。3）9分的Cell Syst，純生信分析純生信分析類的之所以能發(fā)這么高分，一般是因為①一般是腫瘤類的方向；②多腫瘤類型分析，也就是pan-cancer analysis；③多樣本類型分析，包括腫瘤的組織樣本、血液樣本、細胞樣本的測序數(shù)據(jù)、芯片數(shù)據(jù)；④多分子維度組學分析，例如DNA表觀修飾-RNA表達譜、RNA表達譜-蛋白質(zhì)組學等等。本文對TGF-β信號通路的上下游激活以及調(diào)控的基因轉(zhuǎn)錄活動進行了全面而系統(tǒng)的數(shù)據(jù)挖掘挖掘思路：在33種腫瘤中尋找TGF-β-Smad信號通路的上游基因改變，作者發(fā)現(xiàn)尤其胃腸道腫瘤中39%的樣本類型中有調(diào)控TGF-β信號通路的激活相關(guān)的高頻突變基因，尤其TGF-b ligands(BMP5)，receptors (TGFBR2, AVCR2A,BMPR2)以及 Smads (SMAD2、MAD4)蛋白家族，這些突變標志物和轉(zhuǎn)移相關(guān)的biomarkers的表達呈正相關(guān)，和差的預后顯著相關(guān)。作者發(fā)現(xiàn)基因拷貝數(shù)的改變、點突變、DNA甲基化活動以及miRNA的表達譜都參與了對33個腫瘤中TGF-β信號通路轉(zhuǎn)錄活性調(diào)控。最后，1~5分類的生信文章，基本上都是我們以前講過的套路了，大部分都比較雷同，工作量上還是小很多的，實現(xiàn)起來也不會很難。