建武十八年，遷豫州治于譙縣。
二十年六月乙未，譙縣改屬沛國。
建安十八年（213年)為譙郡治。
黃初三年（222年)，詔以譙城為陪都，與長安、許昌、洛陽、鄴并稱“五都”。
晉永昌元年（322年)十月，后趙石勒陷譙城，豫州改治壽春（今壽縣城關(guān)鎮(zhèn)），
義熙十三年（417年)為北譙郡治。
東魏時，廢入小黃縣（也在今亳州市區(qū)）。
隋大業(yè)三年（607年)四月，改小黃縣為譙縣，為譙郡治。
唐武德四年（612年)，為亳州治。天寶元年（742年)二月，改亳州為譙郡，
至德二載（757年)十二月，改譙郡復(fù)為亳州，譙縣均為治所。
金貞元三年（1215年)，升亳州為集慶軍，譙縣為軍治。
南宋端平元年（1234年)，蒙古改集慶軍為亳州。
元至正十五年（1355年)二月至十八年五月，譙縣為紅巾軍所創(chuàng)大宋龍鳳政權(quán)的首都。
明洪武元年（1368年)，撤銷譙縣入亳州。
明朝初年亳州一度為縣，屬潁州。弘治九年（1496），又升縣為州。
清初亳州屬安徽布政使司直轄。1864年清廷鎮(zhèn)壓捻軍后，析亳州、宿州、蒙城、阜陽、各一部設(shè)渦陽縣。
1912年，國民政府降亳州為亳縣，由省直轄。
1964年，國務(wù)院決定從阜陽、渦陽、蒙城、鳳臺各劃出一部成立利辛縣。
1986年國務(wù)院決定撤銷亳縣建制，設(shè)立亳州市（縣級）。
1998年收歸省直轄（副地級）。
2000年正式設(shè)立地級亳州市，下轄渦陽、蒙城、利辛三縣和譙城區(qū)。
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