甲公司是房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)，2007年與本地糧食局簽訂合同，約定糧食局出地，甲公司出資，合作建房，建成后按比例分配；2008年房屋建成，面積為20000平方米，甲公司分得16000平方米，糧食局4000平方米，并辦理了房產(chǎn)證。此項目建筑總成本為8000萬元，建筑支出均為我公司支出，建筑發(fā)票及相關(guān)費用發(fā)票抬頭均為甲公司名稱。2008年底土地增值稅匯算清繳，甲公司不知道自己的房地產(chǎn)開發(fā)成本應(yīng)該是8000萬元，還是按分房比例為6400萬元（8000÷20000×16000），并且本次匯算的可售面積和總面積分別是多少也說不清楚。同時，糧食局土地契稅及取得土地的相關(guān)費用是否可以進(jìn)入甲公司土地增值稅的匯算呢？
一、關(guān)于合作建房土地增值稅計算
對于一方出地，一方出資金，雙方合作建房，建成后按比例分房?？偨ㄖ娣e為20000平方米，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)分得面積16000平方米，糧食局4000平方米，房地產(chǎn)開發(fā)成本為8000萬。
納稅人按規(guī)定分別進(jìn)行土地增值稅清算，應(yīng)按扣除項目金額按清算時的單位建筑面積成本費用乘以銷售或轉(zhuǎn)讓面積計算。
單位建筑面積成本費用＝清算時的扣除項目總金額÷清算的總建筑面積。
單位建筑面積成本費用：8000萬元÷20000平方米=4000元。
房地產(chǎn)開發(fā)面積和成本分?jǐn)偅悍康禺a(chǎn)開發(fā)企業(yè)面積16000平方米，開發(fā)成本6400萬元（4000×16000）。糧食局面積4000平方米，開發(fā)成本1600萬元（4000元×4000）。
二、關(guān)于合作建房扣除項目問題
《土地增值稅暫行條例》及實施細(xì)則第六條規(guī)定，計算增值額的扣除項目：（一）取得土地使用權(quán)所支付的金額；……取得土地使用權(quán)所支付的金額，是指納稅人為取得土地使用權(quán)所支付的地價款和按國家統(tǒng)一法規(guī)繳納的有關(guān)費用。
房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)取得土地使用權(quán)時支付的契稅的扣除問題。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅清算有關(guān)問題的通知》（國稅函[2010]220號）第五條規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)為取得土地使用權(quán)所支付的契稅，應(yīng)視同“按國家統(tǒng)一規(guī)定繳納的有關(guān)費用”，計入“取得土地使用權(quán)所支付的金額”中扣除。
根據(jù)上述規(guī)定，糧食局為取得土地使用權(quán)所支付的契稅和按國家統(tǒng)一規(guī)定繳納的有關(guān)費用可以作為計算增值額的扣除項目。
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