在清代，內(nèi)蒙古與清王朝有著非常密切的關(guān)系。當17世紀初，滿洲人從東北的白山黑水間崛起之時，漠南地區(qū)的科爾沁、察哈爾、土默特、鄂爾多斯等蒙古各部正處在各自為政、相互爭戰(zhàn)的狀態(tài)。努爾哈赤和后來的皇太極采取結(jié)盟聯(lián)姻、引誘分化或武力征服等手段，最后打敗了全蒙古大汗──林丹汗，將漠南蒙古各部置于自己的統(tǒng)治之下。1636年4月，漠南蒙古16部49名貴族會聚盛京(今沈陽)，承認皇太極為蒙古可汗大統(tǒng)的繼承者，并上“博克達·徹辰汗”(寬溫仁圣皇帝)尊號，奉戴為共主。從此，漠南蒙古各部便正式成為清王朝的藩屬。
清王朝根據(jù)蒙古原有的“愛馬克”(部)、“鄂托克”等社會制度，參照滿洲八旗制，在漠南地區(qū)推行蒙旗制。對歸附的蒙古各部逐一編旗，劃定旗界，并從成吉思汗后裔黃金家族成員中選任“札薩克”(執(zhí)政)，管理旗政。漠南蒙古24部相繼被編為49個旗。又根據(jù)蒙古人定期會盟的傳統(tǒng)制度，指定若干旗在一處會盟，從而形成了會盟制。在漠南地區(qū)共設(shè)哲里木、昭烏達、卓索圖、錫林郭勒、烏蘭察布、伊克昭6個盟。盟的名稱則以初次會盟地命名，每個盟設(shè)盟長一人，從所屬的旗札薩克中選任。這樣，便形成了一整套盟旗制度。另外，在今天的內(nèi)蒙古自治區(qū)范圍內(nèi)，當時還有不屬這6個盟的一些札薩克旗和總管旗、都統(tǒng)旗。如呼倫貝爾的新巴爾虎八旗、索倫八旗，還有布特哈八旗、察哈爾八旗、歸化城土默特旗以及屬于“外札薩克蒙古”的阿拉善旗和額濟納旗。
清王朝為了有效控制蒙古各部，在中央特設(shè)理藩院，專門負責處理有關(guān)蒙古的事務(wù)。在地方上，設(shè)黑龍江、吉林、盛京、綏遠、寧夏將軍，熱河、察哈爾都統(tǒng)，陜甘總督等，分別兼轄內(nèi)蒙古地區(qū)軍政事務(wù)。
清王朝對歸順和降附的內(nèi)札薩克蒙古封建主，按照他們原來地位的高低和對清朝皇帝的效忠程度，功勞大小，比照滿洲貴族的爵職，分別授以親王、郡王、貝勒、貝子、鎮(zhèn)國公、鋪國公等爵位，并世襲罔替。又對成吉思汗家族眾多的貴族，授以一至四等臺吉的世爵。親王以下的六等爵位的襲封者，每年可以從國庫得到數(shù)量不等的銀兩、綢緞等，作為“奉祿”。王公臺吉等都有額定的“阿拉巴圖”，即“隨丁”。為了羈縻蒙古貴族，清朝統(tǒng)治者采取“北不斷親”的聯(lián)姻政策。清朝皇帝及其宗室王公迎娶蒙古貴族女子為皇后或貴妃；同時將皇帝的公主及宗室女嫁給蒙古貴族。清朝統(tǒng)治者還在蒙古人中極力提倡喇嘛教，籠絡(luò)宗教上層，給予各種名號和特權(quán)。對于喇嘛則免除其兵役、賦稅及差役等。在內(nèi)蒙古地區(qū)建立眾多的寺廟，使得入廟當喇嘛的人數(shù)不斷增加。清朝統(tǒng)治者在蒙古地區(qū)推行了嚴格的封禁政策。封禁包括兩個方面，一是嚴禁蒙古各盟旗之間越界游牧和隨便往來；二是嚴禁蒙古人與漢人通婚和學(xué)習漢文，嚴格限制漢人到蒙地貿(mào)易和耕種。
清朝統(tǒng)治者對蒙古采取上述高官厚祿、世結(jié)姻親、提倡黃教、厲行封禁等政策，使得蒙古地區(qū)成為它安定的后院和堅固的屏障。
鴉片戰(zhàn)爭以后，清王朝陷入內(nèi)憂外患日漸加深的境地。當西方列強用堅船利炮從東南沿海打開中國大門的時候，沙皇俄國也從北面侵入內(nèi)蒙古。沙俄等列強，通過一系列不平等條約，在內(nèi)蒙古地區(qū)取得了種種政治、經(jīng)濟特權(quán)。這樣，內(nèi)蒙古地區(qū)一步一步地變成沙皇俄國等列強輸出商品和資本的市場以及掠奪工業(yè)原料的基地之一。隨著中國半殖民地半封建化進程的加劇，內(nèi)蒙古地區(qū)也開始了這一變化。另外，由于列強入侵和國內(nèi)連年戰(zhàn)亂、災(zāi)荒，內(nèi)陸大批漢族農(nóng)民紛紛涌入內(nèi)蒙古，使得這一地區(qū)的民族構(gòu)成、經(jīng)濟形態(tài)等發(fā)生了一系列變化。到了近代，由于內(nèi)蒙古地區(qū)的各種社會矛盾日趨激化，各族人民的反封建斗爭此起彼伏，接連不斷。
19世紀50年代，哲里木盟南部發(fā)生了漢族佃農(nóng)抗租事件，并持續(xù)了6年之久。卓索圖盟土默特右旗爆發(fā)了“八枝箭”蒙古人民抗官差、拒攤派的斗爭，與旗官府對峙達十多年。60年代，卓索圖盟土默特左旗蒙古人民采用“老頭會”的形式，掀起了抗拒官差，反對私放旗地的斗爭。伊克昭盟人民則以“獨貴龍”組織形式，反對旗府官員的苛捐攤派、兵差徭役和出賣蒙地的罪行。“獨貴龍”運動從1858年起，相繼在伊盟各旗不斷興起。1861年，在內(nèi)蒙古東部發(fā)生了白凌阿起義。這次起義與東北漢族農(nóng)民反清起義聯(lián)合起來，形成了三四千人的隊伍，轉(zhuǎn)戰(zhàn)卓、昭、哲盟和吉林、奉天二省。1868年起義被清軍鎮(zhèn)壓下去。到了90年代，在昭烏達盟敖漢旗發(fā)生了漢族農(nóng)民秘密結(jié)社──“金丹道”暴動；在哲里木盟科右前旗和科右中旗發(fā)生了圖合木起義及花里亞蓀等造反逼死王爺?shù)氖录?/p>
總之，20世紀即將到來之際，一向被清王朝認為是安寧后院的內(nèi)蒙古，已經(jīng)打破了長期封閉的狀態(tài)，各種社會矛盾日漸激化，成了危機四伏的北疆，清王朝的后院也開始著火了。
