在上篇文章(主題篇)S5E31：一文了解RNA甲基化的來龍去脈中，我們介紹了有關(guān)RNA甲基化的基本概念、研究方法、研究思路、文章和基金，今天我們通過一篇PNAS文章，研究模式中的第三種（揭示疾病或者某一生命過程中某一基因的特定RNA甲基化修飾與疾病的關(guān)系。即：RNA甲基化修飾——基因轉(zhuǎn)錄后調(diào)控（比如選擇性剪接或者翻譯，再或者microRNA的產(chǎn)生過程）——基因表達(dá)異常——疾病或者某一生命過程。）來看RNA甲基化研究的套路。

Hypoxia induces the breast cancer stem cell phenotype by HIF-dependent and ALKBH5-mediated m6A-demethylation of NANOG mRNA.Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Apr 5;113(14):E2047-56.

這篇文章的思路非常清晰：缺氧誘導(dǎo)微環(huán)境下RNA去甲基化酶ALKBH5被HIFs（1α，2α）依賴的方式上調(diào)，然后特異性的將Nanog mRNA的m6A甲基化修飾去除，從而提高了Nanog mRNA的穩(wěn)定性和Nanog的表達(dá)水平，使得乳腺癌干細(xì)胞表型維持，從而促進(jìn)腫瘤發(fā)生。

即：缺氧——HIFs——ALKBH5上調(diào)——Nanog mRNA去甲基化——Nanog表達(dá)上調(diào)——干細(xì)胞表型——腫瘤發(fā)生。

因此，文章的關(guān)鍵詞有：缺氧微環(huán)境；RNA去甲基化酶ALKBH5；Nanog m6A修飾；乳腺癌干細(xì)胞。改成基金就是：缺氧微環(huán)境下，ALKBH5介導(dǎo)的Nanog m6A去甲基化修飾促進(jìn)乳腺癌干細(xì)胞表型的功能和機(jī)制研究。

其中，缺氧微環(huán)境對ALKBH5表達(dá)影響，ALKBH5對Nanog m6A去甲基化和表達(dá)調(diào)控，以及ALKBH5與乳腺癌干細(xì)胞表型的關(guān)系是重點(diǎn)。

下面我們看文章的內(nèi)容：

1. 缺氧微環(huán)境對ALKBH5和Nanog mRNA甲基化和表達(dá)影響

2. ALKBH5對Nanog m6A去甲基化和表達(dá)調(diào)控

最后，我們總結(jié)一下這篇文章中的亮點(diǎn)：

1. 這篇文章主題是RNA去甲基化酶ALKBH5在缺氧微環(huán)境和誘導(dǎo)因子HIFs參與下通過降低Nanog mRNA m6A甲基化修飾，提高Nanog mRNA穩(wěn)定性上調(diào)其表達(dá)，促進(jìn)乳腺癌干細(xì)胞表型，最大的亮點(diǎn)是RNA去甲基化酶ALKBH5對Nanog mRNA m6A甲基化修飾和表達(dá)的調(diào)節(jié)。從這篇文章的研究思路和研究方法上看，非常適合作為設(shè)計課題和基金的參考模板。

2. 在上篇文章中，我們提到RNA甲基化修飾的參與者有“Writers”“Erasers”“Readers”等，這篇文章的關(guān)鍵分子ALKBH5就是一個Eraser，那么其它的參與者是否與疾病的發(fā)生發(fā)展有一定關(guān)系呢? 如果發(fā)生變化，是介導(dǎo)了整體RNA甲基化修飾的變化呢，還是單一RNA甲基化修飾的變化？這些關(guān)鍵RNA甲基化修飾的變化是否與mRNA 的穩(wěn)定性、翻譯、可變剪接、microRNA的生成變化有關(guān)系? 由此衍生出來的課題就很多了，大家可以按照這個模板來思考：疾病——參與者變化——RNA甲基化變化——RNA穩(wěn)定性、翻譯、可變剪接——細(xì)胞水平功能。

3. 本文中具體的實(shí)驗(yàn)方法大家可以參考，比如為了驗(yàn)證mRNA穩(wěn)定性變化而進(jìn)行flavopiridol 處理以抑制mRNA轉(zhuǎn)錄，檢測RNA m6A修飾采用的meRIP-qPCR技術(shù)，研究干細(xì)胞功能的體內(nèi)外成球和ALDH實(shí)驗(yàn)，驗(yàn)證上游分子對RNA m6A修飾采用的熒光素酶報告基因?qū)嶒?yàn)等等。

機(jī)會只留給有準(zhǔn)備的人，只能幫大家到這里了。