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科研必備神器——蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(HPA)

    創(chuàng)立這個數(shù)據(jù)庫的瑞典 Knut & Alice Wallenberg基金會使用特制的抗體,用免疫組化的技術(shù),檢查每一種蛋白質(zhì)在48種人類正常組織,20種腫瘤組織,47個細(xì)胞系和12種血液細(xì)胞內(nèi)的分布和表達(dá),其結(jié)果用至少576張免疫組化染色圖表示,并經(jīng)專業(yè)人員閱讀和標(biāo)引。這些受檢組織來自144個不同個體和216個腫瘤組織,保證染色結(jié)果具有充分的代表性。這是一個大規(guī)模蛋白質(zhì)研究項目,主要目的是繪制人體組織和細(xì)胞中表達(dá)基因編碼的蛋白位置。

舉個栗子,查詢明星基因pten的表達(dá)情況

1在搜索欄輸入基因名稱。點擊search。        

2搜索結(jié)果如下:首先是對PTEN基因的描述:致癌基因、腫瘤相關(guān)基因,然后是pten在組織,細(xì)胞,腫瘤中表達(dá)。


3點擊組織欄,查看pten在人體各組織表達(dá)情況,又可分為RNA 表達(dá)以及蛋白表達(dá)。


4點擊人體組織表達(dá)圖譜右側(cè)組織名稱,比如睪丸,可以查看組織免疫組化圖。在網(wǎng)頁的左側(cè)顯示標(biāo)本信息以及蛋白亞定位??梢詤⒖甲鳛槊庖呓M化的陽性對照。


5點擊細(xì)胞欄,可以查看基因在細(xì)胞系RNA表達(dá)水平,以及人類細(xì)胞系、小鼠細(xì)胞系中定位。在查看細(xì)胞定位的熒光圖時,可以通過點擊選擇需要顯示的內(nèi)容:抗體,細(xì)胞核,微管等等。即可單獨顯示又可以疊加顯示。


6點擊腫瘤欄,可以查看基因在不同腫瘤樣品中的蛋白表達(dá)情況。點擊組化圖可以查看樣品的定位,同樣在網(wǎng)頁左側(cè)欄顯示標(biāo)本的詳細(xì)信息。







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