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為了研究這些重復(fù)的玩意兒,科學(xué)家們竟然開發(fā)出了一款神奇的程序

鉆石(圖片來源:ilovezuan.com)


什么是晶體

看到漂亮的鉆石,我相信每個人都有擁有它的想法,特別是男同胞們,在對自己心愛的女子求婚的時候,特別希望有一顆大大的鉆石,戴在對方的手上,以表示自己的愛。其實(shí)鉆石就是晶體。晶體在我們生活中隨處可見,水凝固后形成的冰,一粒食用鹽,甚至是我們炒菜用的鍋(金屬),這些都是晶體。

那怎樣的物質(zhì)才叫做晶體呢?

我們都知道,大部分物質(zhì)都是由原子構(gòu)成的,晶體就是原子按照一定的規(guī)則有序排列而成。打個比方,我們在學(xué)生時代都會站隊形,每一個人都相當(dāng)于是一個原子,老師要求我們前后左右對齊有序排列,那么看起來就是整整齊齊的,這就是一塊漂亮的晶體;如果有些同學(xué)站得完全不規(guī)律,那就從整體看起來不規(guī)則了,這就不是一塊晶體了。每塊晶體都有一個最小的重復(fù)單元,比如這里的一個人,就是一個最小的重復(fù)單元。

晶體的用途

研究我們的晶體有什么用呢?因?yàn)樗o我們的生活帶來了很多便利。晶體的作用在我們的生活中是處處可見的。比如我們煤氣灶上的打火機(jī),當(dāng)我們按一下大火按鈕,打火機(jī)上的壓電陶瓷就產(chǎn)生比較高的電壓,形成活火花而點(diǎn)燃煤氣。其中的壓電陶瓷就是晶體。我們的液晶電視,中的液晶也是一種晶體。早在中國古代,人們就結(jié)晶糖和鹽。

我們研究晶體就是為了更好的為我們服務(wù),當(dāng)然不同種類的晶體用途也不一樣,為了尋找具有特定用途的晶體,我們就需要研究每種晶體的性質(zhì)。

如何解析晶體的結(jié)構(gòu)

要回答上述問題,我們首先得感謝倫琴先生,他發(fā)現(xiàn)的X射線能夠幫助我們回答這個問題。要知道,原子是很小的,我們用肉眼是無法看到的,但是,用X射線卻能“看到“!

提出用X射線來“看”晶體結(jié)構(gòu)的是勞厄先生,但是第一個用X射線來解析晶體結(jié)構(gòu)的卻是布拉格先生。布拉格第一次用X射線衍射解析了金剛石和氯化鈉結(jié)構(gòu),因此布拉格父子獲得了1915年的諾貝爾獎,并創(chuàng)立了一個新的學(xué)科——X射線晶體結(jié)構(gòu)分析。

當(dāng)我們的X射線照射到我們的晶體,入射光被散射,出射光光程差等于波長的整數(shù)倍時,晶面的散射將加強(qiáng),此時滿足布拉格方程,我們就會看到一個一個比較強(qiáng)的出射光。當(dāng)然這個只是知道了哪個晶面在哪個角度會有一個峰,而這個峰的強(qiáng)度信息卻沒有。此外,人們更關(guān)心的是晶體電荷密度和性質(zhì)的關(guān)系,那么衍射的峰強(qiáng)和位置是否能夠聯(lián)系起來呢?

答案是肯定的,傅里葉變換給了我們這種可能。

因?yàn)榫w是由一個一個原胞周期排列而成,所以電荷密度也是一個周期函數(shù),當(dāng)我們講電荷密度做傅里葉變換后,我們既可以得到角度的位置,也可以得到角度的光的強(qiáng)度。因此,只要得到了角度位置和峰強(qiáng),做個反傅里葉變換就應(yīng)該得到我們的電荷密度了。

然而在實(shí)驗(yàn)上,我們卻會丟失相位信息。要知道,相位在圖像中是很重要的,可以看看圖四的例子,當(dāng)我們將貓和老虎的相位交換以后,貓也能變成老虎。在我們解晶體結(jié)構(gòu)中相位同樣重要。所以現(xiàn)在的首要任務(wù)就是如何去解決丟失的相位問題。

布拉格解析的金剛石晶體結(jié)構(gòu)(圖片來源:oup.com)

X射線衍射圖(圖片來源:維基百科)

交換兩幅圖片的相位

實(shí)驗(yàn)中相位的丟失不是沒有解決辦法的,比如Patterson方法,直接法等等,這些方法在這里就不做過多的闡述。在這里,我們就可以請出我們的主角Shelx了。

Shelx就是實(shí)現(xiàn)這些方法的一個程序,有了這個程序,解析晶體就變得容易多了。所以解晶體結(jié)構(gòu)的步驟一般就是,收集衍射數(shù)據(jù),把數(shù)據(jù)交給軟件解析,最后得到晶體結(jié)構(gòu),過程如圖:

解金屬Ge晶體結(jié)構(gòu)大致過程(圖片來源:專業(yè)課件)

在沒有Shelx之前,雖然有一些程序也是處理晶體結(jié)構(gòu)的程序,但是用起來都十分費(fèi)勁,解一個結(jié)構(gòu)時常要浪費(fèi)大把時間。但是George M. Sheldrick把直接法和Patterson方法程序化以后,我們就能更容易地得到晶體的微觀結(jié)構(gòu),知道原子是如何周期排列的。這對我們研究晶體的性質(zhì)是至關(guān)重要的。

舉個簡單的例子,我們知道石墨和金剛石都是由C元素組成的,同樣都是由C元素組成,石墨很軟,金剛石很硬,這是由于他們在微觀上排布是不一樣的,這就導(dǎo)致了他們有不同的性質(zhì)。因此,知道一個晶體中原子的排列順序是對理解晶體的性質(zhì)是很重要的。

石墨和金剛石的結(jié)構(gòu)(圖片來源:ckcest.cn)

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