本文對實務(wù)中比較有爭議的稅務(wù)問題進行了簡單的梳理，希望能夠?qū)Υ蠹业臉I(yè)務(wù)處理中和當(dāng)?shù)氐亩悇?wù)機關(guān)進行探討。
一：有限公司階段
1：股權(quán)代持的恢復(fù)
所謂的股權(quán)代持是指實際出資人與工商登記或者公司章程上約定的股東不一致，以他人名義代實際出資人履行股東權(quán)利義務(wù)的一種股權(quán)或股份處置方式。實務(wù)中，股權(quán)代持的情況很常見。一般來說公司在準(zhǔn)備掛牌或者股改前一般會進行代持股權(quán)的恢復(fù)，也就是將代持股人持有的股權(quán)轉(zhuǎn)讓給實際出資人（實際股東）,根據(jù)《最高人民法院關(guān)于適用〈中華人民共和國公司法〉若干問題的規(guī)定（三）》（法釋〔2011〕3號）的規(guī)定，實際出資人與名義股東因投資權(quán)益的歸屬發(fā)生爭議，實際出資人以其實際履行了出資義務(wù)為由向名義股東主張權(quán)利的，人民法院應(yīng)予支持。名義股東以公司股東名冊記載、公司登記機關(guān)登記為由否認實際出資人權(quán)利的，人民法院不予支持。實務(wù)中根據(jù)上述最高法的解釋，在“股權(quán)代持”的法律關(guān)系中，實際股東為投資收益的實際享有者，股權(quán)登記由名義股東變更為實際股東并未改變經(jīng)濟實質(zhì)。
但是從稅法的角度，上述的股權(quán)變更往往會被稅務(wù)機關(guān)認為是股權(quán)轉(zhuǎn)讓。而被要求按照需要恢復(fù)的股權(quán)的公允價值去確定股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得。同時稅務(wù)機關(guān)也會認為這種股權(quán)恢復(fù)是屬于《股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》的公告（國家稅務(wù)總局公告2014年第67號）中的第三條中的“（七）其他股權(quán)轉(zhuǎn)移行為”予以征稅。至于納稅人是否可以主張根據(jù)本公告的第十三條（四）股權(quán)轉(zhuǎn)讓雙方能夠提供有效證據(jù)證明其合理性的其他合理情形，將其股權(quán)恢復(fù)視為低價轉(zhuǎn)讓的理由，在實務(wù)中爭議還是很大的。
根據(jù)該公告的“低價轉(zhuǎn)讓”原則，建議實際股東謹(jǐn)慎的選擇股權(quán)代持人，如該公告中所述，將股權(quán)轉(zhuǎn)讓給配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉(zhuǎn)讓人承擔(dān)直接撫養(yǎng)或者贍養(yǎng)義務(wù)的撫養(yǎng)人或者贍養(yǎng)人，如果申報的股權(quán)轉(zhuǎn)讓價格偏低，則被視為有正當(dāng)理由而免于核定征收。因此，實際股東若因各種原因需要代持，應(yīng)盡量在上述范圍內(nèi)選擇代持對象，以減少未來解除代持協(xié)議所可能產(chǎn)生的稅務(wù)負擔(dān)。
同時實務(wù)中也建議實際股東應(yīng)盡量將股權(quán)代持的過程文件做齊全，（如出資的支付憑證、參與公司股東會的決議、參與公司利潤分配的憑證等），并加強與稅務(wù)機關(guān)的交流和溝通，必要時獲取法院關(guān)于實際股東身份的確權(quán)判決等，以爭取有利的稅務(wù)處理并最大限度的維護自身的合法涉稅權(quán)益。
2：資本公積轉(zhuǎn)增資本：
關(guān)于“資本公積轉(zhuǎn)增資本（股本）”的法規(guī)政策包括：
《國家稅務(wù)總局關(guān)于股份制企業(yè)轉(zhuǎn)增股本和派發(fā)紅股征免個人所得稅的通知》(國稅發(fā)〔1997〕198號)第一條的規(guī)定：股份制企業(yè)用資本公積金轉(zhuǎn)增股本不屬于股息、紅利性質(zhì)的分配，對個人取得的轉(zhuǎn)增股本數(shù)額，不作為個人所得，不征收個人所得稅。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于原城市信用社在轉(zhuǎn)制為城市合作銀行過程中個人股增值所得應(yīng)納個人所得稅的批復(fù)》(國稅函〔1998〕289號)第二條的解釋及補充規(guī)定：國稅發(fā)〔1997〕198號文件中所稱的“資本公積金”是指股份制企業(yè)股票溢價發(fā)行收入所形成的資本公積金。將此轉(zhuǎn)增股本由個人取得的數(shù)額，不作為應(yīng)稅所得征收個人所得稅。而與此不相符合的其他資本公積金分配個人所得部分，則應(yīng)當(dāng)依法征收個人所得稅。
財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于將國家自主創(chuàng)新示范區(qū)有關(guān)稅收試點政策推廣到全國范圍實施的通知（財稅〔2015〕116號）和國家稅務(wù)總局關(guān)于股權(quán)獎勵和轉(zhuǎn)增股本個人所得稅征管問題的公告（國家稅務(wù)總局公告2015年第80號），規(guī)定：非上市及未在全國中小企業(yè)股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)掛牌的中小高新技術(shù)企業(yè) 以未分配利潤、盈余公積、資本公積向個人股東轉(zhuǎn)增股本，并符合財稅〔2015〕116號文件有關(guān)規(guī)定的，納稅人可分期繳納個人所得稅,本規(guī)定中對“資本公積”并未進行特別的定義，比如是否包括資本溢價形成額資本公積。
綜上所有規(guī)定，并未對有限公司的資本溢價形成的資本公積是否屬于免稅或者征稅的范圍進行明確規(guī)定。很多地方稅務(wù)機關(guān)在實際執(zhí)行時是否會將有限公司的資本溢價形成的資本公積參照上述文件中股份有限公司-股票溢價發(fā)行形成的資本公積來對待，這是一個值得商榷的問題。
二：股改時的稅務(wù)爭議
根據(jù)（財稅〔2015〕116號）和（國家稅務(wù)總局公告2015年第80號）規(guī)定，對于有限公司整體改制為股份有限公司時，以未分配利潤、盈余公積、資本公積向個人股東轉(zhuǎn)增股本時，其中未轉(zhuǎn)入股本的部分，計入了資本公積。對于這部分的資本公積是否需要納稅？也未見有文件單獨說明，實務(wù)中部分的地方稅務(wù)機關(guān)是從嚴(yán)根據(jù)116號以及80號文件，以有限公司股改審計時，未分配利潤、盈余公積、資本公積的合計金額為計稅基礎(chǔ)計算個人所得稅。至于是否給予緩繳期間另當(dāng)別論。但是也有部分執(zhí)行例外，比如：摩多科技（838462）2015 年 7 月 26 日，以 2015 年 5 月 31 日為審計基準(zhǔn)日，凈資產(chǎn)為人民幣 37,642,235.74 元。以 2015 年 5 月 31 日為評估基準(zhǔn)日，摩多有限凈資產(chǎn)評估值為人民幣 5,412.73 萬元。摩多有限以經(jīng)審計的截至 2015 年 5 月 31 日的凈資產(chǎn)37,642,235.74 元為基數(shù)，以 1:0.1328 的折股比例折為股本 500 萬股，折股溢價32,642,235.74 元計入資本公積。股份制改制時，公司注冊資本未發(fā)生變動，自然人股東暫未發(fā)生納稅義務(wù)，無須繳納個人所得稅。
另外，如果從公司法的角度理解，股改時形成的這部分資本公積是否屬于股東以基準(zhǔn)日有限公司的凈資產(chǎn)出資設(shè)立股份公司形成的“股本溢價”，再以后將其轉(zhuǎn)增股本時，是否可以依據(jù)上述的文件免稅，也并未有明確的說明。
三：掛牌后的稅務(wù)爭議
1：通過“有限合伙持股平臺”，自然人間接股東取得的分紅是否可以享受“股息、紅利”差別化優(yōu)惠政策
根據(jù)財政部國家稅務(wù)總局 證監(jiān)會關(guān)于上市公司股息紅利差別化個人所得稅政策有關(guān)問題的通知（財稅[2015]101號），以及財政部、國家稅務(wù)總局、中國證券監(jiān)督管理委員會關(guān)于實施全國中小企業(yè)股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)掛牌公司股息紅利差別化個人所得稅政策有關(guān)問題的通知（財稅[2014]48號）規(guī)定，個人從公開發(fā)行和轉(zhuǎn)讓市場取得的上市公司股票，持股期限超過1年的，股息紅利所得暫免征收個人所得稅。那么對于通過“有限合伙持股平臺”間接持有股份的自然人股東是否可以按照上述文件享受股息、紅利差別化，實務(wù)中也各有爭議。這主要是因為根據(jù)國家稅務(wù)總局關(guān)于《關(guān)于個人獨資企業(yè)和合伙企業(yè)投資者征收個人所得稅的規(guī)定》執(zhí)行口徑的通知（國稅函[2001]84號），個人獨資企業(yè)和合伙企業(yè)對外投資分回的利息或者股息、紅利，不并入企業(yè)的收入，而應(yīng)單獨作為投資者個人取得的利息、股息、紅利所得，按“利息、股息、紅利所得”應(yīng)稅項目計算繳納個人所得稅。這也是合伙企業(yè)稅收穿透原則的一個體現(xiàn)。是否可以依據(jù)“稅收穿透原則”去理解間接持股的自然人股東可以享受股息、紅利差別化政策，值得探討。
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