馬伯里若要從基層法院一級一級地上訴到最高法院，耗時太久，他只好撤回了起訴。
從表面上看，聯(lián)邦黨人馬伯里沒當成法官，麥迪遜國務(wù)卿也沒送出扣押的法官委任令，馬歇爾似乎輸了這個官司。但實際上，馬歇爾是此案真正的大贏家。
首先，馬歇爾通過此案向國家立法機構(gòu)國會宣布：不僅憲法高于一切法律，而且判定法律本身是否符合憲法這個至關(guān)重要的權(quán)力也與立法部門無關(guān)。換句話說，立法機構(gòu)不得隨意立法，只有最高法院才是一切與法律有關(guān)問題的最終仲裁者。
其次，馬歇爾通過此案向國家最高行政部門宣布：憲法的最終解釋權(quán)屬于司法部門。因此，司法部門有權(quán)判定行政當局的行為和行政命令是否違憲，有權(quán)對行政當局的違憲行為和命令予以制裁。這樣，雖然憲法規(guī)定任何法律都應(yīng)由國會和總統(tǒng)決定和通過，但最高法院擁有解釋法律的最終權(quán)力，有權(quán)判定法律是否違憲。而最高法院的裁決一經(jīng)做出即成為終審裁決和憲法慣例，政府各部門和各州必須遵守。所以，最高法院不僅擁有了司法審查權(quán)，而且在某種意義上擁有了“最終立法權(quán)”。美國學(xué)者梅森（Alpheus T. Mason）認為，與英國王權(quán)相比，美國最高法院不僅僅是權(quán)威的象征，而且手握實權(quán)，“它能使國會、總統(tǒng)、州長以及立法者俯首就范”。
馬歇爾的高明之處在于，從表面上看他因為宣布《1789年司法條例》第13款因違憲而被取消的做法是對最高法院自身權(quán)限的限制，所以國會找不出任何借口與最高法院對抗，也沒有任何理由彈劾最高法院大法官。另外，馬歇爾雖然宣布司法部門有權(quán)判定行政當局的行為是否違憲，但他并沒有向麥迪遜國務(wù)卿發(fā)出執(zhí)行令，只是建議馬伯里去下級法院控告麥迪遜。這樣，行政當局同樣找不出任何借口與最高法院過不去，也根本無法挑戰(zhàn)馬歇爾大法官的裁決。實際上，杰弗遜等民主共和黨人已經(jīng)有所準備，即便是最高法院下了執(zhí)行令他們也不會執(zhí)行。但馬歇爾在為馬伯里正名爭氣的同時，避開了民主共和黨人所設(shè)的陷阱，把判決轉(zhuǎn)向法律與憲法孰重孰輕這一根本性問題。
美國的法律體系是成文法與案例法的結(jié)合，既然立法和行政部門無法推翻最高法院對馬伯里案的判決，那么，按照英美普通法系遵循先例（stare decisis）的原則，此判決將作為憲法慣例被后人永遠引用。據(jù)統(tǒng)計，在最高法院以后的判決中，馬伯里案高居被引用的案例之首，達數(shù)百次之多。
根據(jù)這一經(jīng)典案例逐漸確立的聯(lián)邦法院司法審查權(quán)包括相當豐富的內(nèi)容：第一，聯(lián)邦法院是聯(lián)邦立法和行政部門立法和行為合憲性的最終裁定者；第二，聯(lián)邦法院是州立法機關(guān)和行政部門立法和行為合憲性的最終裁定者；第三，聯(lián)邦法院，特別是聯(lián)邦最高法院，有權(quán)審查州法院的刑事與民事程序法規(guī)，以確定這些程序法規(guī)是否符合聯(lián)邦憲法的要求。
通過對馬伯里案的裁決，馬歇爾一方面加強了聯(lián)邦司法部門與其他兩個政府部門相抗衡的地位，使司法部門開始與立法和行政兩部門鼎足而立，另一方面增強了聯(lián)邦最高法院作為一個政府機構(gòu)的威望與聲譽，使最高法院成為憲法的最終解釋者。一百多年之后，美國最高法院大法官卡多佐（Benjamin N. Cardozo）贊嘆道：“馬歇爾在美國憲法上深深地烙下了他的思想印記。我們的憲法性法律之所以具有今天的形式，就是因為馬歇爾在它尚有彈性和可塑性之時以自己強烈的信念之烈焰鍛煉了它?！瘪R歇爾傳記的作者史密斯（Jean E. Smith）贊揚說：“如果說喬治·華盛頓創(chuàng)建了美國，約翰·馬歇爾則確定了美國的制度?！?
馬伯里訴麥迪遜案收場后，杰弗遜總統(tǒng)極為惱火。在杰弗遜看來，行政、立法與司法部門之間應(yīng)當是一種三權(quán)分立、平起平坐的關(guān)系，憑啥司法部門要憑借司法審查權(quán)高人一等呢？杰弗遜認為：“憲法沒有賦予法官替執(zhí)法部門決策的權(quán)力，就像執(zhí)法部門無權(quán)為法官作決定一樣。在各自負責(zé)的領(lǐng)域，兩個機構(gòu)彼此平等獨立”?！皯椃ㄓ拐鲄f(xié)作部門之間相互制衡。但是，如果授權(quán)法官決定法律是否違反憲法，使法官不僅在司法部門的地盤自行其是，而且還在立法和執(zhí)法部門的行動范圍獨斷專行，那將使司法部門成為一個專制暴虐的機構(gòu)”。
杰弗遜總統(tǒng)的擔(dān)憂在很大程度上是基于政治現(xiàn)實的考慮。如果聯(lián)邦黨人控制下的最高法院一而再、再而三地利用司法審查權(quán)推翻民主共和黨國會制定通過的重要法律，那么，美國的分權(quán)制衡體制就會因黨派斗爭而陷入癱瘓。即使國會能夠啟動憲法程序彈劾最高法院大法官，但結(jié)果將是徹底削弱最高法院的政治地位和司法權(quán)威。無論發(fā)生何種情況，一場憲法危機似乎已在劫難逃。
然而，政治的奧秘在于妥協(xié)。盡管杰弗遜總統(tǒng)憂心忡忡，但出乎意外的是，在馬歇爾大法官領(lǐng)導(dǎo)之下，聯(lián)邦最高法院自我約束，見好就收，并沒有單純從黨派利益出發(fā)利用司法審查權(quán)與杰弗遜總統(tǒng)和民主共和黨人死拼硬抗，頻繁地否決新國會的立法，使最高法院成為“專制暴虐的機構(gòu)”。1803年3月2日，即馬伯里案結(jié)束六天之后，在審理Stuart v. Laird案時，聯(lián)邦黨人控制下的最高法院妥協(xié)退讓，承認了《1802年司法條例》的合憲性。更為重要的是，在馬伯里案之后的30余年中，馬歇爾法院再也沒動用過司法審查權(quán)。而杰弗遜在8年任期內(nèi)也表現(xiàn)出大局為重和超越黨派分歧的憲政精神，保留了聯(lián)邦黨人在加強聯(lián)邦權(quán)威方面的主要建樹。
一些美國憲法學(xué)者認為，馬歇爾對馬伯里案的絕妙判決實際上只是當時黨派斗爭的產(chǎn)物，它在當年并未產(chǎn)生任何實際法律效力，其作用只是為司法機構(gòu)今后審查國會立法的合憲性奠定了基礎(chǔ)。此外，這個判決也有一個非常明顯的自相矛盾之處，因為馬歇爾斷案的法律根據(jù)是最高法院對此案沒有初審權(quán)，既然如此，他根本就不應(yīng)做出任何判決，而是應(yīng)當依法把案子打回到有管轄權(quán)的聯(lián)邦地方法院?？墒牵R歇爾大法官并沒有這樣做，他一方面根據(jù)《1789年司法條例》第13款接受此案，另一方面又以它與憲法沖突為由宣布它違憲。不過，馬歇爾似乎可以辯解說他接受此案時并不知道無權(quán)審理，無權(quán)審理只是后來在審理過程中獲得的一個新認識。還有，馬歇爾是這個案子緣起的當事人之一，理應(yīng)回避，但他卻沒有這樣做。（美國在立憲建國之初法律法規(guī)很不完善，比如，1801年2月4日至1801年3月3日期間，馬歇爾作為地位僅次于總統(tǒng)、副總統(tǒng)的第三號行政首腦卻兼任聯(lián)邦最高法院首席大法官，顯然違反了分權(quán)制衡原則。相比之下，在馬伯里案中馬歇爾身為當事人卻沒回避，只不過是小事一樁。）這個在很大程度上是出于黨派斗爭需要的司法判決，后來卻成為美國憲政歷程的里程碑。
1789年生效的美國憲法一直被后人譽為人類政治制度設(shè)計的偉大典范，恩澤綿遠，千古流芳。其實這種評價好像有點兒過高了。原因在于，在憲法最終解釋權(quán)問題上，實際上就是在涉及三權(quán)分立與制衡這個具有美國特色的國家憲政制度，以及究竟是權(quán)大還是法大這一憲政法治的基本原則問題上，1789年憲法并無開創(chuàng)性建樹。由于歷史的局限，這部憲法沒有明確規(guī)定最高法院擁有司法審查權(quán)，結(jié)果使司法在三權(quán)中處于最弱的一方，使三權(quán)分立與制衡制度形同虛設(shè)。按照這種憲法設(shè)計，缺乏權(quán)威的聯(lián)邦最高法院實際上可有可無，比如在馬伯里案中，國務(wù)卿麥迪遜對最高法院讓他解釋扣押任命公文原因的信函干脆就懶得搭理。
但在美國憲法的條款中實際上可以引申出最高法院擁有憲法解釋權(quán)的原則，在美國憲法之父的理論探索中也有關(guān)于最高法院應(yīng)當擁有司法審查權(quán)的論述。美國憲法第3條第2款規(guī)定，最高法院的權(quán)限之一是受理涉及憲法和聯(lián)邦法律的糾紛。既然是涉及憲法的糾紛，最高法院在裁定時顯然要闡明它對憲法的解釋。在《聯(lián)邦黨人文集》第78篇，制憲先賢漢密爾頓指出：“解釋法律乃是法院的正當與特有的職責(zé)，而憲法事實上是亦應(yīng)被法官看作是根本大法，所以對于憲法以及立法機關(guān)制定的任何法律的解釋權(quán)應(yīng)屬于法院。如果二者之間出現(xiàn)不可調(diào)和的分歧，自以效力及作用較大之法為準，亦即：憲法與法律相較，以憲法為準?！痹跐h密爾頓看來，立法機關(guān)必須受到一定的限制和約束，“此類限制須通過法院執(zhí)行，因而法院必須有宣布違反憲法明文規(guī)定的立法為無效之權(quán)。”所以，馬歇爾的判決有相當堅實的根據(jù)。
但是，馬歇爾在判決書中，對于為什么非民選的最高法院卻有權(quán)力宣布代表人民的國會所制定的法律違憲這個重要問題并未從憲法理論上給予令人信服的解釋。然而，制度創(chuàng)新的基礎(chǔ)并非盡善盡美的憲政理論或立法。在英美普通法系中，法規(guī)或制度的演變和創(chuàng)新主要是基于司法實踐以及司法經(jīng)驗和慣例的積累和發(fā)展。議會立法形成的法律只是法律的一部分，大量的法律是由法院的判例構(gòu)成。實際上，在立法過程中，普通法系國家的法院和法官在事實上早已占據(jù)和扮演了極為重要的地位和角色。這種制定和解釋法律的習(xí)慣和傳統(tǒng)，對美國司法審查制度的形成和發(fā)展具有重要意義。
應(yīng)當指出的是，美國在殖民地時期和獨立初期受英國樞密院審查北美殖民地立法的司法判例的影響，州一級的法院已出現(xiàn)了一些類似司法審查制度的判例。1786年Rhode Island的Trvett v. Meeden案，就是其中最著名的一個案例。此案的基本情況為，Rhode Island州議會立法規(guī)定紙幣為合法貨幣，但州最高法院法官認為該法案“不得人心并違反州憲法”（repugnant and unconstitutional），使其最終失去了法律效力。
由于英國普通法傳統(tǒng)對北美殖民地的深厚影響，由于憲法之父的杰出思想，以及當時和后來的美國政治家們對政治規(guī)則的尊重以及善于妥協(xié)讓步的特點，加上馬歇爾大法官在司法實踐中超乎尋常的智慧和努力，在憲政法治的歷史進程中，美國最高法院逐漸成為分權(quán)制衡體制中舉足輕重的關(guān)鍵角色，使美國政治制度真正具有了三權(quán)分立、相互制衡的特點，使司法審查制度成為美國憲政體制有別于英、法等西方民主國家政治制度的一個重要特點，而且成為美國憲政法治的基石。
二百年后的今天，在美國最高法院的院史博物館中，唯有馬歇爾大法官一人享有全身銅像的特殊待遇。在九位大法官專用餐廳的墻壁上，則并列懸掛著馬伯里和麥迪遜二人的畫像。
2000年的美國總統(tǒng)選舉最后出現(xiàn)了最高法院大法官“選”總統(tǒng)的奇特局面。民主黨總統(tǒng)候選人戈爾（Al Gore）盡管心里一百個不服氣，背后又有贏得多數(shù)普選選票的民意撐腰，但表面上也不得不表示完全尊重和服從最高法院的權(quán)威，老老實實地宣布競選失敗。
若不是當年馬歇爾大法官在馬伯里訴麥迪遜一案中令人稱奇的絕妙判決，恐怕就不會有今天最高法院至高無上的權(quán)威，戈爾和布什各自的擁護者沒準兒已在白宮前面真刀真槍地開打了。
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