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導(dǎo)讀：

大型的國際項(xiàng)目如TCGA，GTEx創(chuàng)造出了大量的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，為人們提供了數(shù)據(jù)挖掘、理解基因功能的機(jī)會。而如何能快速獲取到這些生物大數(shù)據(jù)，從其中能夠得到什么有價(jià)值的信息，是人們一直在探索的命題。為了讓沒有生物信息學(xué)背景的研究人員也能夠輕易獲取、分析生物大數(shù)據(jù)，北京大學(xué)張澤民教授實(shí)驗(yàn)室的唐澤方等人通過 R 、Perl等語言對數(shù)據(jù)進(jìn)行處理、可視化，設(shè)計(jì)了癌癥大數(shù)據(jù)可視化手機(jī) APP GE-mini (gemini.cancer-pku.cn)以及癌癥大數(shù)據(jù)分析網(wǎng)站GEPIA (gepia.cancer-pku.cn)。研究人員能夠通過 GE-mini 和 GEPIA來提出問題或是驗(yàn)證假設(shè)。

高通量RNA測序（RNA-Seq）已經(jīng)成為一個(gè)強(qiáng)有力的轉(zhuǎn)錄組分析方法，廣泛應(yīng)用于基因功能和模式生物研究、尋找候選藥物靶點(diǎn)、識別疾病分類和診斷的生物標(biāo)記物等領(lǐng)域。癌癥基因組圖譜（TCGA）和GTEx項(xiàng)目對數(shù)以萬計(jì)癌癥和非癌癥樣本進(jìn)行了RNA-Seq，為包括癌癥生物學(xué)在內(nèi)的許多相關(guān)領(lǐng)域提供了前所未有的機(jī)會。TCGA項(xiàng)目中，除了726個(gè)癌旁正常組織的數(shù)據(jù)外，來自33種癌癥類型的9736例腫瘤樣本也進(jìn)行了RNA-seq分析。

GTEx項(xiàng)目產(chǎn)生的RNA-Seq數(shù)據(jù)包含超過8000例正常樣本。由于存在一定的差異，這樣的數(shù)據(jù)不能直接用于綜合分析。為使來源不同的數(shù)據(jù)更為兼容，UCSC Xena項(xiàng)目（http://xena.ucsc.edu/）已基于標(biāo)準(zhǔn)流程重新計(jì)算所有表達(dá)的原始數(shù)據(jù)，成為了迄今為止最全面的表達(dá)數(shù)據(jù)。

一些分析工具，如Xena、cBioPortal 、HPA等，提供了一定程度的可視化和分析功能，也在被廣泛使用，但沒有充分解決實(shí)驗(yàn)生物學(xué)家需要的許多額外的表達(dá)分析功能。

唐澤方博士等人開發(fā)的GEPIA，滿足了上述未得到充分解決的需求。

GEPIA提供了關(guān)鍵的交互分析和定制功能，包括腫瘤/正常差異表達(dá)譜分析、剖面繪制、病理分期、患者生存分析，相似基因檢測分析和降維分析。通過簡單的點(diǎn)擊GEPIA 就可以進(jìn)行綜合全面的表達(dá)分析，大大促進(jìn)了研究領(lǐng)域內(nèi)的數(shù)據(jù)挖掘、科學(xué)討論和治療的發(fā)現(xiàn)過程。GEPIA能夠提供快速定制功能，填補(bǔ)了癌癥基因組學(xué)大數(shù)據(jù)和為終端用戶提供集成信息之間的缺口，從而幫助實(shí)現(xiàn)當(dāng)前數(shù)據(jù)資源的價(jià)值?；诨虮磉_(dá)水平的生存分析也被廣泛用于評估某一特定基因的臨床重要性。此外，由于具有相似表達(dá)模式的基因可能具有相關(guān)功能，因此在需要識別與已知基因相似基因時(shí)，GEPIA的表現(xiàn)令人滿意。

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