八旗制度最初源于滿人（女真人）的狩獵組織。最開始只有兩個(gè)旗，分別是清太祖努爾哈赤所領(lǐng)的黃旗和努爾哈赤弟弟舒爾哈齊所領(lǐng)的黑旗。后來由于黑旗在夜間不便區(qū)分，所以就改成了藍(lán)旗。
隨著努爾哈赤勢(shì)力的擴(kuò)大，旗下人口不斷增多，為了便于管理，于是又增添了一個(gè)白旗，由努爾哈赤長子褚英擔(dān)任旗主。
后來，局勢(shì)發(fā)生了重大變化。舒爾哈齊和褚英都相繼獲罪被處死。努爾哈赤將原來的三旗改為黃、白、紅、藍(lán)四旗。不久后，又在四旗的基礎(chǔ)上增設(shè)鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍(lán)四旗。至此，八旗制度初步形成。
八旗的第一代旗主分別是：努爾哈赤擔(dān)任正黃旗、鑲黃旗旗主；努爾哈赤次子代善和代善的兩個(gè)兒子岳托、碩托擔(dān)任正紅旗、鑲紅旗旗主；努爾哈赤五子莽古爾泰擔(dān)任正藍(lán)旗旗主；努爾哈赤侄子（舒爾哈齊之子）阿敏擔(dān)任鑲藍(lán)旗旗主；努爾哈赤八子皇太極擔(dān)任正白旗旗主；努爾哈赤之孫（褚英之子）杜度擔(dān)任鑲白旗旗主。
八旗旗下的單位稱為牛錄，每個(gè)牛錄有三百人，原則上每旗應(yīng)有二十五個(gè)牛錄。但是實(shí)際上，每旗的牛錄數(shù)量都不一樣，而且隨時(shí)會(huì)調(diào)整。努爾哈赤在位時(shí)期，八旗牛錄數(shù)量大致為：正黃旗四十五個(gè)牛錄，鑲黃旗二十一個(gè)牛錄，正紅旗二十五個(gè)牛錄，鑲紅旗二十六個(gè)牛錄，正藍(lán)旗二十個(gè)牛錄，鑲藍(lán)旗三十三個(gè)牛錄，正白旗二十五個(gè)牛錄，鑲白旗十五個(gè)牛錄。
天命八年（1623年），當(dāng)時(shí)努爾哈赤已經(jīng)六十多歲了。于是他將自己親領(lǐng)的兩黃旗大部分授予他和大妃阿巴亥所生的三個(gè)兒子，即阿濟(jì)格（18歲）、多爾袞（11歲）、多鐸（9歲）。當(dāng)時(shí)正黃旗和鑲黃旗經(jīng)過調(diào)整，各自擁有三十個(gè)牛錄。阿濟(jì)格領(lǐng)正黃旗十五個(gè)牛錄、多爾袞領(lǐng)正黃旗十五個(gè)牛錄、多鐸領(lǐng)鑲黃旗十五個(gè)牛錄，剩余鑲黃旗十五個(gè)牛錄依舊由努爾哈赤親自統(tǒng)領(lǐng)。同時(shí)，努爾哈赤還明確表示自己去世后，由阿濟(jì)格擔(dān)任鑲黃旗旗主，多鐸擔(dān)任正黃旗，另賜一旗給多爾袞。
由于經(jīng)過此次分配后，鑲黃旗成了努爾哈赤唯一親領(lǐng)的旗，所以鑲黃旗也被稱為頭旗，并且在此后一直被稱為八旗之首。
努爾哈赤去世后，皇太極在眾人擁護(hù)下繼位。皇太極將鑲白旗旗主改為他的長子豪格。同時(shí)，為了體現(xiàn)黃旗“國主之色”，皇太極將屬于他們父子的兩白旗和阿濟(jì)格、多爾袞、多鐸三兄弟的兩黃旗進(jìn)行對(duì)調(diào)。不過所改變的僅僅是名稱和旗號(hào)，各旗旗主所統(tǒng)領(lǐng)的人事關(guān)系并沒有改變。
天聰九年（1635），有人告發(fā)已經(jīng)去世的原正藍(lán)旗旗主莽古爾泰、德格類謀反，皇太極趁機(jī)剝奪了莽古爾泰、德格類一門的旗權(quán)，并調(diào)任豪格擔(dān)任正藍(lán)旗旗主，兩黃旗則由他親自統(tǒng)領(lǐng)。從此，八旗形成了上三旗和下五旗的格局。上三旗作為皇帝的親兵，由皇帝直接統(tǒng)領(lǐng)。
清朝入主中原后，多爾袞成為滿清第一號(hào)人物。小皇帝順治（皇太極第九子）對(duì)他又恨又怕，無奈地尊稱他為皇父攝政王。
順治五年（1648年），多爾袞誣陷豪格，將其下獄。同時(shí)，他調(diào)任多尼（多鐸次子）、阿濟(jì)格頂替豪格成為正藍(lán)旗旗主，而他自己則擔(dān)任正白、鑲白兩旗旗主。此外，他還將正藍(lán)旗調(diào)出上三旗，將自己的正白旗調(diào)入。此后，上三旗和下五旗未再變動(dòng)。
多爾袞死后，順治皇帝終于揚(yáng)眉吐氣對(duì)死后的多爾袞進(jìn)行了清算，原來由多爾袞所領(lǐng)的兩白旗也重新易主。正白旗作為上三旗之一，收歸皇帝本人統(tǒng)領(lǐng)。鑲白旗則由豪格之子富綬擔(dān)任旗主。
此后，八旗的格局為：皇帝統(tǒng)領(lǐng)上三旗（正黃、鑲黃、正白）；禮親王（代善世系）統(tǒng)領(lǐng)正紅、鑲紅兩旗；肅親王（豪格世系）統(tǒng)領(lǐng)鑲白旗；豫親王（多鐸世系）統(tǒng)領(lǐng)正藍(lán)旗；鄭親王（濟(jì)爾哈朗，舒爾哈齊之子）統(tǒng)領(lǐng)鑲藍(lán)旗。
清初時(shí)期，旗主的權(quán)力還是非常大的。后來經(jīng)過幾代皇帝的不斷分化，從清朝中期開始，八旗實(shí)際控制人都是皇帝本人了。
八旗之間原則上沒有排名先后之分，也無實(shí)力強(qiáng)弱之分。八旗中的旗人在待遇上也沒有任何差別，不存在上三旗旗人比下五旗旗人享有更多福利的情況。但上三旗包衣和下五旗包衣在待遇上差別巨大，前者是吃皇糧，后者是領(lǐng)王府俸祿。
此外，上三旗旗人比下五旗旗人擁有更多機(jī)會(huì)，比如皇宮內(nèi)廷侍衛(wèi)一般都是上三旗旗人才能擔(dān)任。在上三旗中，頭旗為鑲黃旗而不是正黃旗。下五旗則完全沒有先后之分。
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