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CRISPR 打斷 DNA 的同時，提供打靶載體，能夠敲入外源 DNA。當需要敲入長度較小 DNA 片段時，CRISPR 能夠有效地提高效率，如制作的免疫檢查點基因 PD1，CTLA4，Tim3，和 LAG3 的人源化小鼠，都是通過 CRISPR 技術，將小鼠的基因替換成人源的基因。對于 GFP 等各種標簽的插入也可以用 CRISPR 來幫助制備。

基因敲入小鼠制備示意圖