菲律賓的馬尼拉軍分區(qū)司令下僅500名美軍，由于實際上沒什么工作，麥克阿瑟這段時間將大部分精力用于家庭。1923年6月，麥克阿瑟被任命為新建的菲律賓師第23步兵旅旅長，自此項任命后，麥克阿瑟開始著重關(guān)注菲律賓的防御問題，這相當(dāng)程度地影響他日后的仕途。1924年7月7日，菲律賓偵察軍（英語：Philippine Scouts）麾下士兵因不滿薪資待遇而嘩變，超過200人被捕，麥克阿瑟平息了局勢，但后續(xù)改善其待遇的要求被因為財政緊縮和種族偏見而未果。1925年1月17日，麥克阿瑟以44歲年齡晉升為少將，為陸軍中最年輕者，同時麥克阿瑟也受命回國接任新職務(wù)。
在陸軍軍法署長愛德華·克瑞格見證下，麥克阿瑟宣誓就任陸軍參謀長
1925年5月2日，麥克阿瑟接任佐治亞州亞特蘭大麥克弗森堡（英語：Fort McPherson）的第4軍區(qū)司令。不久又調(diào)至馬里蘭州巴爾的摩麥克亨利堡任第3軍區(qū)司令。同年9月，麥克阿瑟接獲命令出任審理威廉·米切爾一案的軍事法庭成員，是13名法官中最年輕的。麥克阿瑟日后對這項任命評價為一生中最令人感到厭惡的命令之一，他與米切爾同為密爾沃基人，是同鄉(xiāng)兼好友、父輩關(guān)系良好。
米切爾行事激進(jìn)，大力宣傳發(fā)展獨立空軍和空權(quán)論，在1925年9月的一次飛船失事意外后，米切爾公開指責(zé)陸軍部與海軍部無能與失職，陸軍部便以違抗上級罪對其提出指控。在審理過程中，麥克阿瑟反常地保持沉默，他事后稱投下了無罪票，并表示一名高級軍官不應(yīng)由于同上級意見相左或與現(xiàn)有教條有異而三緘其口，米切爾最終于12月27日被判有罪，受到降職與減薪等處分，但麥克阿瑟采取的態(tài)度仍為對米切爾的懲罰起到了減輕的作用。
另一方面，麥克阿瑟夫婦間的裂痕日益加深，路易絲對軍旅生涯并無興趣，力勸麥克阿瑟退出軍界、轉(zhuǎn)往商場，最終兩人關(guān)系破裂，路易絲獨自搬到紐約，兩人最終于1929年9月離婚。1927年8月，由于美國奧委會主席威廉·克里斯托弗·普勞特（英語：William C. Prout）突然死亡，委員會推選麥克阿瑟為新任奧運委員會主席，主要任務(wù)是為1928年參加荷蘭阿姆斯特丹的夏季奧運會作準(zhǔn)備。麥克阿瑟非常重視這項任務(wù)，他組織運動員訓(xùn)練，并經(jīng)常與教練交談、觀看訓(xùn)練、激勵運動員，稱奧運比賽是沒有武器的戰(zhàn)爭、我們跨越3000英里不是為了優(yōu)雅地輸?shù)簟?/span>
最終美國代表隊取得其有史來最好的成績，創(chuàng)下17項奧運會紀(jì)錄和7項世界紀(jì)錄、贏得最多面獎牌，其金牌比其他任一個國家的兩倍還多，總獎牌數(shù)則為第二的德國與第三名的芬蘭之總和，阿瑟·赫爾曼（英語：Arthur L. Herman）稱麥克阿瑟為美國現(xiàn)代奧運精神之父?；貒?，麥克阿瑟受命再度前往菲律賓，出任菲律賓美軍司令（英語：Philippine Department），繼續(xù)關(guān)注當(dāng)?shù)氐姆绖?wù)問題。
1929年3月，赫伯特·胡佛就任美國第31屆總統(tǒng)，由于與麥克阿瑟在一戰(zhàn)有過交情，上任后僅三個月，胡佛就透過陸軍參謀長征詢麥克阿瑟是否愿意擔(dān)任工程兵主任，這是他上任后向后者提供的第一個職務(wù)，主要任務(wù)是治理當(dāng)時泛濫成災(zāi)的密西西比河洪患，也是美國自挖掘巴拿馬運河后最大的工程。然而麥克阿瑟認(rèn)為接任工程兵主任意味陸軍仕途的終點，在此之上的陸軍參謀長向來是從步兵中選拔的，還未有過從工程兵主任晉升的前例，另一方面，他也擔(dān)憂拒絕會被認(rèn)為不忠，最終麥克阿瑟以工程專業(yè)度不足和菲律賓防務(wù)為由婉拒。
與此同時，華盛頓方面也有人游說麥克阿瑟任命為下任陸軍參謀長，包括現(xiàn)任參謀長薩默爾、前岳父愛德華·斯托斯伯里（英語：Edward T. Stotesbury）和戰(zhàn)爭部長帕特里克·杰伊·赫爾利。1930年8月5日，麥克阿瑟獲任下一任陸軍參謀長。9月19日，麥克阿瑟離開菲律賓，短期指揮舊金山第9軍區(qū)。11月21日，麥克阿瑟就任陸軍參謀長，是美國陸軍史上最年輕的參謀長（50歲），為臨時上將軍銜，也是全國唯一的陸軍上將。
陸軍參謀長負(fù)責(zé)在戰(zhàn)爭部長下實施陸軍的各種政策，并確保各兵種、軍區(qū)和部門得以協(xié)調(diào)一致。在當(dāng)時大蕭條的經(jīng)濟危機下，美國失業(yè)率激增、社會動蕩，主張裁減軍費和軍隊的呼聲不斷，大約53個軍事基地被關(guān)閉、大量軍官提前退休，也有國會議員提出議案，希望將軍官團從12000人減少至10000人。麥克阿瑟為保留日后擴軍的根基，將主要經(jīng)費用于人員的確保，不斷的游說，成功阻止了減少軍官團數(shù)量的議案，此外還推動不少改革，包括：
1941年8月15日于“墨菲營（英語：Camp Aguinaldo）”的菲律賓陸軍航空兵（英語：Philippine Army Air Corps）建軍儀式上，麥克阿瑟正發(fā)表演說
卸除陸軍參謀長一職后，麥克阿瑟轉(zhuǎn)往1935年成立、是時已為半獨立狀態(tài)的菲律賓自由邦，此時奎松已為菲律賓總統(tǒng)，后者前往華府委托美國政府派遣顧問監(jiān)督菲律賓的建軍工作，以對應(yīng)未來可能遭遇的日本侵略，在羅斯福的許可下，麥克阿瑟接過領(lǐng)導(dǎo)駐菲軍事顧問團（英語：Office of the Military Advisor to the Commonwealth Government of the Philippines）的任務(wù)，除了領(lǐng)取美國陸軍少將職等薪金外，還享有菲律賓政府的額外報酬和津貼。
此行是麥克阿瑟第五次被派往遠(yuǎn)東，1935年10月，麥克阿瑟連同已高齡83歲的母親、兄長阿瑟的遺孀瑪莉、助手艾森豪與詹姆斯·巴塞維·奧爾德（英語：James Basevi Ord）等人自舊金山搭乘胡佛總統(tǒng)號出發(fā)，航行中麥克阿瑟邂逅了年屆37歲的未婚女子瓊妮·瑪莉·費爾克洛思，盡管雙方年齡差距18歲，互動仍相當(dāng)投緣，以至于費爾克洛思放棄原計劃去上海游玩的計劃，跟隨麥克阿瑟一同前往馬尼拉，關(guān)系也日益親密。然而與此相對的是，麥克阿瑟之母在航行至香港時健康狀況惡化，至1935年12月3日去世。
關(guān)于菲律賓軍隊的建設(shè)工作與美軍早年對日作戰(zhàn)構(gòu)想的“橙色計劃”有密切關(guān)系，后者旨在戰(zhàn)爭爆發(fā)后，將駐守呂宋島的美菲軍隊在亞洲分艦隊支援下堅持6個月，之后再撤退至多山的巴丹半島和要塞島嶼科雷希多死守，阻止日軍入侵馬尼拉灣，而同時美軍主力艦隊自本土前來支援，與日軍艦隊進(jìn)行決戰(zhàn)。然而橙色計劃因日本在一次大戰(zhàn)后接管德國在太平洋的島嶼，使其能截?fù)粼泼儡娕炾牰尚行源嬉?，麥克阿瑟在陸軍參謀長任內(nèi)斥其為一紙空文而否定，然而美國軍方因為一時沒有更好的替代方案，仍將橙色計劃作為既定軍事戰(zhàn)略實施，麥克阿瑟只得設(shè)法補充其不足，并將重點置于組建菲律賓政府的軍隊上。麥克阿瑟于任職第二年的1936年8月24日，奎松在馬拉坎南宮代表菲律賓政府授予其陸軍元帥稱號，并贈予一套麥克阿瑟自行設(shè)計的元帥制服與金質(zhì)元帥杖。
麥克阿瑟計劃采用類似瑞士軍隊的模式整編菲律賓軍，原本的維持秩序的保安部隊被改編為少數(shù)的常備軍作為骨干、以征兵方式確保兵源，每年將訓(xùn)練4萬人，預(yù)計將會在1946年菲律賓完全獨立時擁有40個師、共40萬人的兵力，并仿照西點軍校建立菲律賓軍事學(xué)院培育軍官，另外還計劃建設(shè)一支擁有250架作戰(zhàn)飛機的陸軍航空兵和由50艘魚雷艇組成的海軍。然而麥克阿瑟的整軍計劃推展并不順利，其所需的龐大資金使菲律賓政府增加賦稅，引起當(dāng)?shù)孛癖姷牟粷M，即使奎松對國民大力呼吁，菲律賓國會仍將預(yù)算自每年800萬美金減為600萬、受訓(xùn)人員也減半，訓(xùn)練營極其缺乏，第一批征召的兩萬兵員直到1937年初才報到、被寄予厚望的空軍也到1939年才組織第一個中隊。華盛頓方面也不予支持，認(rèn)為及早武裝菲律賓將引發(fā)類似1899年的武裝沖突，提供菲軍的裝備也陳舊過時。
1937年初，麥克阿瑟陪同奎松出訪日本、美國和墨西哥。在返回美國后，奎松要求羅斯福同意菲律賓較原計劃提早7年獨立，遭后者嚴(yán)詞拒絕，而麥克阿瑟也在同一時間竭力爭取陸軍部援助菲律賓的防務(wù)，但同樣不被理睬。4月30日，麥克阿瑟與費爾克洛思于美國紐約市政大樓結(jié)婚，兩人后于1938年2月21日有了獨生子——阿瑟·麥克阿瑟四世。1937年8月6日，參謀長馬林·克雷格通知麥克阿瑟其軍事顧問職務(wù)將于該年10月屆滿兩年，將會返國接受其他職務(wù)。然而麥克阿瑟選擇繼續(xù)留在菲律賓擔(dān)任奎松的顧問，于1937年12月31日正式從美國陸軍退役，結(jié)束其38年服役生涯，但他也告知克雷格若戰(zhàn)爭爆發(fā)隨時可接受征召。
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