洪武十八年（1385年），郭桓案發(fā)。洪武二十三年（1390年），李善長的家奴盧仲謙告發(fā)李善長與胡惟庸往來勾結(jié)，以“狐疑觀望懷兩端，大逆不道”見誅，接續(xù)又誅殺陸仲亨與唐勝宗、費聚、趙雄三名侯爵，株連被殺的功臣及其家屬共計達三萬余人，連“浙東四先生”（劉基、宋濂、章溢、葉?。┮嗖荒苊?。朱元璋還特地頒布《昭示奸黨錄》。洪武二十六年（1393年），藍玉被錦衣衛(wèi)指揮蔣獻誣告謀反，牽連到十三侯、二伯，連坐族誅達一萬五千人，把打天下的將領幾乎一網(wǎng)打盡，此時又頒布《逆臣錄》，詔示一公、十三侯、二伯。
洪武二十七年（1394年），朱元璋殺江夏侯周德興，以及殺穎國公傅友德，與他同時被殺的還有藍玉的副將，在捕魚兒海戰(zhàn)役中立功的定遠侯王弼，藍玉死后不久，定遠侯王弼就對傅友德說：“帝晚歲峻誅殺，我輩幾無噍類矣”，朱元璋知悉后，賜死王弼。洪武二十八年（1395年），開國六公爵最后一位僅存者馮勝被殺。至此，明朝的開國功臣幾乎被殺盡，開國六公爵除了鄧愈外，可以說無一善終。這時朱元璋說：“自今胡黨藍黨概赦不問?！敝煸巴砟晔葰?，大臣們祇要觀察皇帝當日臨朝的穿戴，即悉皇帝心情好不好，“太祖視朝，若舉帶當胸，則是日誅夷蓋寡，若按而下之，則傾朝無人色矣。”
總括而言，朱元璋誅殺功臣是鐵的事實，這也造成靖難之役時，能勤王衛(wèi)主的老臣已經(jīng)不多見，僅存者只剩下武定侯郭英、長興侯耿炳文等人。曾經(jīng)向朱元璋建議“高筑墻，廣積糧，緩稱王”的朱升，洪武三年告老還鄉(xiāng)，特地向皇帝請求賞賜“免死券”，但他的兒子朱同最后被賜自縊。
清代學者趙翼說朱元璋：“借諸功臣以取天下，及天下既定，即盡舉取天下之人而盡殺之，其殘忍實千古所未有?！?br>
除大誅功臣外，太祖也殺文人，吳晗《朱元璋傳》中開列了被殺文人的名單：“處州教授蘇伯衡以表箋論死；太常卿張羽坐事投江死（注，不是他跳江自殺，而是綁起來扔到長江里）；河南左布政使徐賁下獄死；蘇州經(jīng)歷孫右；曾為藍玉題畫，泰安州知州王蒙嘗謁胡惟庸，在胡家看畫，王行曾作過藍玉家館客，都以黨案被殺；郭奎曾參朱文正軍事，文正被殺，奎也論死；王彝坐魏觀案死；同修
《元史》的山東副使張夢兼、博野知縣傅恕、福建僉事謝肅都坐事死，曾在何真幕府的趙介，死在被逮途中，曾在張士誠處作客，打算投奔擴廓帖木兒的戴良，畏罪自殺。不死的，如曾修《元史》的張宣，謫徙濠州；楊基罰作苦工；烏斯道謫役定遠；顧德輝父子在張士誠亡后，并徙濠梁，都算是十分僥幸的了?！?br>
有個別說法稱，明太祖雖標榜復古，但有部分制度是學習元朝的，例如廷杖與責打臣下，有人稱其違反了“刑不上大夫”的古訓。另外，其為了動員全社會，他十分重視戶口普查，每個人有固定的義務，每個大臣首先是家臣，然后才是大臣。人民分為軍戶、匠戶、民戶，不允許隨便轉(zhuǎn)換工作，這與成吉思汗的十戶非常相似。從前大臣上朝是不用跪?qū)Φ?，明朝則要。
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