用過Linux服務(wù)器分析數(shù)據(jù)的小伙伴，一定對Linux強大Shell命令所折服，經(jīng)常會感覺windows缺少這些命令而感覺不方便。
還有想學(xué)習(xí)Linux Shell命令的小伙伴，一直沒有一個很好的學(xué)習(xí)環(huán)境。雙系統(tǒng)安裝涉及分區(qū)改變對硬盤數(shù)據(jù)不安全，虛擬機效率太低，服務(wù)器也是不每個人都會買的。
現(xiàn)在方便了，Github推出了一款軟件 gitforwindows，只有30 M的一個windows軟件，卻可以取代windows下的dos環(huán)境，輕松實現(xiàn)200多個linux命令，讓每個windows用戶輕松擁有一個功能強大的終端。
Windows用戶和Mac只差一個git的距離！
Git for Windows，主頁：http://gitforwindows.org/
點擊頁面中“Download”進入下載列表?？筛鶕?jù)個人喜好和系統(tǒng)選擇下載版本。
這里我選擇下載最新版64位版：Git-2.16.1.4-64-bit.exe (如有更新請下載最新版)
下載完畢，雙擊開始安裝，全都默認(rèn)選項，一路Next至安裝成功。
默認(rèn)安裝成功，在桌面或任何文件目錄中，點擊右鍵菜單中會有Git Bash Here選項
左鍵單擊Git Bash Here即打開Git Bash終端
現(xiàn)在你有了一個功能強大的終端，管理你windows文件系統(tǒng)像linux一樣。
如~家目錄，就是用戶主目錄，我們位置在桌面，即~/Desktop
值得注意幾點：
啟動Git bash的位置即當(dāng)前目錄
/為系統(tǒng)根目錄，系統(tǒng)的分區(qū)c/d僅為根目錄下的目錄，如進入C盤，則輸入cd /c
git只是實現(xiàn)了部分shell命令
git運行/bin目錄中所有命令，同時支持系統(tǒng)中的dos命令和安裝的程序，如查看文件可以使用ls也可以使用dos命令dir
Git有那些Shell命令
本質(zhì)上Git將Linux命令重新編寫了適合windows使用的exe可執(zhí)行文件版本，查看一下系統(tǒng)中有那些可用的linux命令：
# 進入系統(tǒng)命令目錄cd /bin# 查看所有exe可執(zhí)行程序ls *.exe列出了247個Shell命令程序，不在目錄的shell命令也可上網(wǎng)搜索相應(yīng)的windows版本exe文件，人工添加至windows環(huán)境變量即。
看看git支持哪些常用命令
是不是已經(jīng)很強大了，強大到了一多半你都沒用過。剛?cè)腴T的小伙伴夠?qū)W習(xí)一陣了。
其實我們常用的也就幾個：
awk 文本行列處理，如兩個表共有列合并，即是一個小命令，也是一門語言，用好了功能極其強大
cat 顯示文件內(nèi)容
cp 復(fù)制文件，與windows系統(tǒng)的copy功能類似
cut 文件列操作
dos2unix 轉(zhuǎn)換windows換行符為linux格式
gzip 文件壓縮解壓
head 顯示文件前N行，或去除后N行
less 按頁查看文件內(nèi)容
ln 建立文件軟鏈(快捷方式)和硬鏈
ls 顯示文件目錄，windows中類似命令為dir
mkdir 創(chuàng)建新目錄
mv 移動或改名
rm 刪除文件
rmdir 刪除空目錄
scp 遠(yuǎn)程復(fù)制文件
sed 文本替換，也是一門語言，功能極強
seq 產(chǎn)生連續(xù)等間隔數(shù)值序列
sort 排序，可實現(xiàn)excel中多條件同時排序
ssh 登陸ssh服務(wù)器，你和mac只差一個ssh的距離
zless 查看壓縮文件
我們在桌面上進建一個test文件夾，進入后右鍵執(zhí)行 git bash，這時我們的起始目錄即為當(dāng)前test目錄~/Desktop/test。
我們創(chuàng)建一個fasta序列文件，內(nèi)容如下：
>protein1MEMEQEKMTMNKELSPDAAAYCCSACHGDETWSYNHPIRGRAKSRSLSASPALGSTKEFRRTRSLHGPCP>protein2VTTFGPKACVLQNPQTIMHIQDPASQRLTWNKSPKSVLVIKKMRDASLLQPFKELCTHLMEENMIVYVEKKVLEDPAIASDESFGAVKKKFCTFREDYDDISNQIDFIICLGGDGTLLYASSLFQGSVPPVMAFHLGSLG>protein3FLTPFSFENFQSQVTQVIEGNAAVVLRSRLKVRVVKELRGKKTAVHNGLGENGSQAAGLDMDVGKQAMQYQVLNEVVIDRGPSSYLSNVDVYLDGHLITTVQGDGVIVSTPTGSTAYAAAAGASMIHPNVPAIMITPICPHSLSFRPIVVPAGVELKIMLSPEARNTAWVSFDGRKRQEIRHGDSISITTSCYPLPSICVRDPVSDWFES>protein4LAQCLHWNVRKKQAHFEEEEEEEEEG復(fù)制上以fasta格式蛋白序列全部內(nèi)容，在終端中輸入如下命令：cat加>創(chuàng)建新文件test.txt并寫始寫入
cat > test.txt回車執(zhí)行上述命令即開始編寫文件狀態(tài)，我們只需按鼠標(biāo)滾輪即可快速粘貼剪切板中內(nèi)容，再按Ctrl+D組合實現(xiàn)結(jié)束編輯并保存。
接下來對這個序列文件進行簡單的操作：
# 使用cat命令顯示文件內(nèi)容cat test.txt# fasta文件通常為.fa的擴展名，mv命令改名mv test.txt test.fa# 文件很大可使用less按頁查看，空格翻頁，q退出查看模式less test.fa# 只查看序列名稱行g(shù)rep '>' test.fa# 統(tǒng)計序列條數(shù)：即上條命令接wc統(tǒng)計字?jǐn)?shù)，-l只統(tǒng)計行數(shù)grep '>' test.fa |wc -l# sed去除序列名中的大于號grep '>' test.fa | sed 's/>//'# 顯示每條序列長度# 基本思路將fasta文件多行并單行兩列，為序列名和序列# 統(tǒng)計第二列長度并輸出awk '/^>/ {printf('\n%s\t',$0);next;} {printf('%s',$0);} END {printf('\n');}' test.fa | awk '{print $1,length($2)}'
現(xiàn)在我們可以在windows里輕松實現(xiàn)大文件操作，文件查看、壓縮解決，序列分析，是不是很方便。
筒子們，燥起來吧！
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