明朝建立初期，職官設(shè)置沿襲元朝，中央以中書(shū)省、都督府、御史臺(tái)分掌行政、軍事、監(jiān)察。后來(lái)朱元璋撤消中書(shū)省，并規(guī)定永不設(shè)丞相，把一切政務(wù)統(tǒng)歸六部，由皇帝直接轄制。因政務(wù)繁多，朱元璋從翰林院等文翰機(jī)關(guān)指派官員加殿閣大學(xué)士銜，協(xié)助皇帝閱看奏章、草擬詔旨。這便是內(nèi)閣的雛形。
嘉靖以后，大學(xué)士則“朝位班次，俱列六部之上”，儼然是宰相之職。但翰林學(xué)士?jī)H為五品官，于是對(duì)內(nèi)閣大學(xué)士多加六部尚書(shū)、侍郎等銜，以提高其地位，實(shí)際并不真管該部事務(wù)。凡大學(xué)士兼六部尚書(shū)者，一般尊稱為“閣部”。
比如張居正的官職，他是太師太傅、中極殿大學(xué)士、上柱國(guó)，內(nèi)閣首輔。太師和太傅都是正一品，大學(xué)士只是五品官，而上柱國(guó)更是榮譽(yù)頭銜。
內(nèi)閣就比較特殊了，它雖然實(shí)職上是明朝最高的行政部門(mén)，但名義上卻不是，六部也不是它的下屬部門(mén)，它比較像皇帝的智囊團(tuán)，最有權(quán)力的智囊團(tuán)。
內(nèi)閣的權(quán)力的體現(xiàn)在“票擬”上，也就是代替皇帝對(duì)奏折提出意見(jiàn)，經(jīng)皇帝批準(zhǔn)后交六部辦理。但內(nèi)閣對(duì)皇帝“不合理”的詔旨，可以拒絕草擬，封還執(zhí)奏。皇帝不滿內(nèi)閣意見(jiàn)發(fā)回重?cái)M時(shí)，如果內(nèi)閣認(rèn)為自己的意見(jiàn)正確，可以拒絕重?cái)M，以原票封進(jìn)。
但最終還是要皇帝的“披紅”，皇帝把“披紅”的權(quán)力交給了司禮監(jiān)的秉筆太監(jiān)，這也是太監(jiān)權(quán)力的主要體現(xiàn)。內(nèi)閣的“票擬”和太監(jiān)的“披紅”就合成了完整的皇帝權(quán)力，這就組成了明朝最上層的權(quán)力構(gòu)架。張居正也因?yàn)橛辛吮P太監(jiān)馮保的支持，才能改革。
朱元璋廢除中書(shū)省后，六部尚書(shū)實(shí)際上成為朝廷的最高的行政長(zhǎng)官，其品位也由正三品升為正二品。其副職叫侍郎。
都察院是明朝中央的司法監(jiān)察機(jī)構(gòu)，明朝院、部權(quán)并重，院長(zhǎng)官都御史與尚書(shū)平級(jí)，為正二品。
內(nèi)閣和六部并沒(méi)有統(tǒng)屬關(guān)系，六部尚書(shū)完全可以不鳥(niǎo)內(nèi)閣大臣。
地方上則以承宣布政使為明省級(jí)行政長(zhǎng)官，明朝全國(guó)設(shè)有13個(gè)布政使司。巡撫一職最初只是臨時(shí)性官職，但后面慢慢變成了常設(shè)，成為一省最高行政長(zhǎng)官。
軍事方面主要有兵部和五軍都督府。兵部有出兵之令而無(wú)統(tǒng)兵之權(quán)；五軍都督府掌統(tǒng)兵之權(quán)，轄管各衛(wèi)所衛(wèi)軍，而無(wú)出兵之令，且五軍都督府沒(méi)有軍兵。兵部尚書(shū)是正二品，文職；五軍都督府左、右都督為正一品，武職。
文官的三師為正一品，三孤為從一品，太子三師為從一品，以上官員雖然位尊，但只是一種虛職，是皇帝對(duì)大臣的加官和贈(zèng)官。因此正二品的六部尚書(shū)可以說(shuō)是文官里的頂頭官職了。
官職體系大概就這樣，我們來(lái)看看毛文龍的官職：
天啟二年（1622年）六月，升為平遼總兵官，掛征虜前將軍印
天啟三年（1623年）二月，賜尚方劍，加都督僉事銜
天啟四年（1624年）朝廷升其為太子太保、左都督
太子太保為三師之一，文職正一品，左都督為武職正一品，雖然都是虛職，可實(shí)打?qū)嵉奈奈涠际钦黄?，而且還有尚方劍。
至于袁崇煥的官職則為兵部尚書(shū)兼右副都御史，督師薊﹑遼，兼督登﹑萊﹑天津軍務(wù)。 兵部尚書(shū)正二品，雖然兵部和五軍都督府的權(quán)力相當(dāng)，但品級(jí)畢竟差了一些。右副都御史是正三品，督師并不是正式的官名，可以看作是一個(gè)臨時(shí)工作小組，就是總督薊﹑遼，兼督登﹑萊﹑天津軍務(wù)。
這樣算下來(lái)，袁崇煥以正二品的文職矯詔殺了文武職都是正一品，而且還有尚方劍的毛文龍的確是逾越。毛文龍不是他的下屬，嚴(yán)格說(shuō)起來(lái)還是他的領(lǐng)導(dǎo)。
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