佳木斯原名“甲母克寺噶珊”、“嘉木寺屯”，為滿(mǎn)語(yǔ)，意譯為“站官屯”或“驛丞村”。
早在 6000年前，佳木斯地區(qū)就有人類(lèi)活動(dòng)。歷史文獻(xiàn)記載，在公元前20世紀(jì)夏商之際，肅慎人即在此地繁衍生息，并向中原王朝連年朝貢，接受管轄與封賞。
漢晉時(shí)代，肅慎改稱(chēng)為挹婁，南北朝時(shí)稱(chēng)為勿吉，隋唐時(shí)稱(chēng)為靺鞨，均臣服中原王朝。
唐朝曾設(shè)立黑水都督府，管轄今佳木斯一帶。
遼時(shí)靺鞨改稱(chēng)女真，遼王朝在依蘭以下沿松花江、黑龍江兩岸建立五國(guó)部，管轄這一地區(qū)。
元初歸開(kāi)元路，后屬水達(dá)達(dá)路。明代于黑龍江入海口附近設(shè)立奴兒干都司，統(tǒng)轄黑龍江、松花江和烏蘇里江流域，直至庫(kù)頁(yè)島廣大地區(qū)。
清代初年設(shè)寧古塔昂邦章京，管轄吉林、黑龍江地區(qū)，北至外興安嶺，東至濱海及庫(kù)頁(yè)島。清雍正十年(1732年)增設(shè)三姓副都統(tǒng)。
1888年（清光緒十四年），依蘭旗署設(shè)東興鎮(zhèn)(后改為佳木斯鎮(zhèn))。
1906年（清光緒三十二年）設(shè)置依蘭府，歸依蘭府管轄。
1909年改屬樺川縣。
1910年3月1日（清宣統(tǒng)二年正月二十日）正式設(shè)置樺川縣，改隸樺川縣管轄。樺川縣署駐東興鎮(zhèn)。
1912年11月遷往悅來(lái)鎮(zhèn)。
1925年1月，樺川縣公署在佳木斯設(shè)“佳木斯行署”，縣知事在佳、悅兩地輪流辦公。
1929年5月5日改為“樺川縣駐佳木斯辦事處”。
1930年佳木斯屯與東興鎮(zhèn)合并，定名為“佳木斯鎮(zhèn)”，隸屬樺川縣管轄。
1931年“九·一八”事變后，屬偽滿(mǎn)洲國(guó)三江省。
1934年12月 1日，偽滿(mǎn)洲國(guó)實(shí)行新省制，將東北地區(qū)分割為14個(gè)省。其三江省省公署設(shè)在佳木斯。轄1市(佳木斯市)、14縣，其中乙種縣 1個(gè)，即依蘭縣；丙種縣8個(gè)，即樺川、富錦、方正、撫遠(yuǎn)、寶清、通河、蘿北、湯原；丁種縣 5個(gè)，即同江、勃利、饒河、鳳山、綏濱。1937年設(shè)市，為省會(huì)。
1937年6月27日，偽滿(mǎn)決定，調(diào)整行政區(qū)劃，設(shè)置佳木斯市，9月成立佳木斯市制籌備處，12月1日正式成立偽佳木斯市公署，由三江省管轄。
1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭(zhēng)勝利后，同年10月下旬，在中國(guó)共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)下，在佳木斯成立三江地區(qū)行政公署。
1945年11月17日，成立中共合江省工作委員會(huì)，李范五任書(shū)記。
1945年11月21日，三江地區(qū)行政專(zhuān)員公署撤銷(xiāo)；成立合江省政府，省會(huì)設(shè)在佳木斯。
1946年將市郊純農(nóng)村部分村屯劃歸樺川縣管轄。
1948年7月9日，東北行政委員會(huì)命令撤銷(xiāo)牡丹江省，該省所轄東安地區(qū)的6縣劃歸合江省管轄。此時(shí)，合江省共轄21市、縣。9月27日，湯原、鶴立兩縣合并為湯原縣。
1949年5月，合江省共轄佳木斯、興山、東安3市，富錦、依蘭、虎林、綏濱、湯原、樺南、寶清、撫遠(yuǎn)、蘿北、樺川、勃利、密山、同江、佛山、集賢、饒河、雞寧、永安、依東、雙河、刁翎、林口等22縣。
1949 年4月21日，東北行政委員會(huì)決定，重劃東北行政區(qū)域，撤銷(xiāo)合江省建制，并入松江省。5月 11日，合江省政府停至辦公。
1952年1月，將樺川縣的耿家、模范、雙合、四豐、中興5個(gè)村劃歸佳木斯市管轄。同年全市分設(shè)4個(gè)區(qū)。
1954年8月，松、黑兩省合并后，由黑龍江省直轄。
1954年10月 1日，中共黑龍江省委、省政府決定成立中共合江地委、合江專(zhuān)員公署，機(jī)關(guān)設(shè)在佳木斯市。
1956年，將與市郊周?chē)B的樺川縣太平山、三家子、新華、靠山、蒙古力、新民6個(gè)村劃歸佳木斯市管轄，同年3月，樺川縣人民委員會(huì)由佳木斯移駐湖南營(yíng)鎮(zhèn)。
1957年11月，將樺川縣的黑通、西格木、永安、大來(lái)崗、裕太、興華6個(gè)鄉(xiāng)和四合山鄉(xiāng)花園屯劃歸佳木斯市管轄。
1958年1月，全市人口超過(guò)20萬(wàn)人，恢復(fù)市轄區(qū)，分設(shè)長(zhǎng)安、三合、和平3個(gè)城市區(qū)和1個(gè)郊區(qū)。
1958年6月18日，省政府決定，將佳木斯、鶴崗、雙鴨山3市劃歸合江專(zhuān)署管轄。
1959年3月，將樺川縣的悅來(lái)、新城、星火3個(gè)公社劃歸佳木斯市管轄。
1960年1月7日，饒河縣與虎林縣合并成立虎饒縣，劃歸牡丹江農(nóng)墾局管轄。
1960年 4月29日撤銷(xiāo)集賢縣，設(shè)立友誼縣，受合江專(zhuān)署和合江農(nóng)墾局雙重領(lǐng)導(dǎo)。
1961年1月，增設(shè)佳東區(qū)。同年3月，撤銷(xiāo)郊區(qū)。
1962年10月20日撤銷(xiāo)友誼縣，恢復(fù)集賢縣。
1963年 2月1日，虎饒縣劃歸合江專(zhuān)署管轄。同年12月30日設(shè)立綏濱縣，歸合江專(zhuān)署管轄。
1964年 6月撤銷(xiāo)虎饒縣，相繼恢復(fù)虎林、饒河、樺南和友誼縣，歸合江專(zhuān)署領(lǐng)導(dǎo)。
1964年8月，為縮小城市郊區(qū)，將郊區(qū)的大來(lái)、永安、西格木、悅來(lái)、建國(guó)、星火、拉拉街、蘇家店、中伏、梨樹(shù)、新城11個(gè)公社劃歸樺川縣管轄，但西部的大來(lái)、永安、西格木3個(gè)公社因距樺川縣城較遠(yuǎn)，不變領(lǐng)導(dǎo)，仍由佳木斯市代管。
1965年2月2日撤銷(xiāo)勃利縣七臺(tái)河鎮(zhèn)，成立七臺(tái)河特區(qū)，受合江專(zhuān)署領(lǐng)導(dǎo)。同年8月23 日恢復(fù)同江縣，歸合江專(zhuān)署領(lǐng)導(dǎo)。
1966年 2月8日，佳木斯、鶴崗雙鴨山3市改為省直接領(lǐng)導(dǎo)。
1968年4月8日，佳木斯市劃歸合江地區(qū)管轄。同年 8月10日，合江地區(qū)和佳木斯市合并稱(chēng)合江地區(qū)革命委員會(huì)，對(duì)外仍保留佳木斯市名稱(chēng)。
1968年12月13日撤銷(xiāo)友誼縣建制。
1970年4月 1日，虎林縣劃歸牡丹江地區(qū)管轄；七臺(tái)河特區(qū)改為七臺(tái)河市建制。
1972年恢復(fù)設(shè)立郊區(qū)，全市共轄5個(gè)區(qū)。
1973年3月31日，地、市分開(kāi)，恢復(fù)佳木斯市建置，仍歸合江地區(qū)管轄。
1978年12月，將樺川縣的大來(lái)、永安、西格木3個(gè)公社劃歸佳木斯市管轄。
1982年8月，將依蘭縣的高峰、樺南縣的陡溝子和樺川縣的順山堡等6個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)劃歸佳木斯市管轄。
1983年10月8日，佳木斯市、七臺(tái)河市改由省直接領(lǐng)導(dǎo)。勃利縣劃歸七臺(tái)河市管轄。
1983年11月1日，佳木斯市改由省直轄。
1984年12月15日，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷(xiāo)合江地區(qū)，實(shí)行地市合并，將其原轄的依蘭、湯原、樺南、樺川、蘿北、綏濱、富錦、集賢、寶清、饒河、同江、撫遠(yuǎn)、友誼13縣，于1985年1月1日正式劃歸佳木斯市。
1985年1月1日撤銷(xiāo)合江地區(qū)行署，地市合并稱(chēng)佳木斯市，實(shí)行市管縣體制。合江行署所屬各縣，由佳木斯市管轄。
1987年2月，同江撤縣設(shè)市，由佳木斯市代管。同年11月，將佳木斯市所屬的蘿北、綏濱兩縣劃歸鶴崗市領(lǐng)導(dǎo)；將集賢縣劃歸雙鴨山市領(lǐng)導(dǎo)。
1988年8月，富錦撤縣設(shè)市，由佳木斯市代管。
1991年4月1日，將佳木斯市所屬的依蘭縣劃歸哈爾濱市領(lǐng)導(dǎo)；將寶清、友誼兩縣劃歸雙鴨山市領(lǐng)導(dǎo)。
1993年7月5日，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)將佳木斯市的饒河縣劃歸雙鴨山市管轄。
2004年，經(jīng)省政府同意，佳木斯市對(duì)市轄區(qū)行政區(qū)域進(jìn)行部分調(diào)整：將郊區(qū)的松江鄉(xiāng)整建制劃歸東風(fēng)區(qū)管轄；將東風(fēng)區(qū)佳南辦事處的紅霞、三江、宏達(dá)、雙合四個(gè)社區(qū)劃歸前進(jìn)區(qū)管轄；將郊區(qū)四豐鄉(xiāng)的南崗村整建制劃歸前進(jìn)區(qū)管轄；將永紅區(qū)的建設(shè)街道、長(zhǎng)安街道、友誼街道的西站、北鐵西、南鐵西三個(gè)社區(qū)和郊區(qū)長(zhǎng)青街道的江南社區(qū)、萬(wàn)發(fā)社區(qū)、長(zhǎng)青鄉(xiāng)的長(zhǎng)青村，四豐街道的和平社區(qū)、四豐鄉(xiāng)的新豐村劃歸向陽(yáng)區(qū)管轄。同年，將郊區(qū)的建國(guó)鄉(xiāng)整建制劃歸東風(fēng)區(qū)管轄。
2006年7月27日，撤銷(xiāo)佳木斯市永紅區(qū)，將其所轄行政區(qū)域劃歸佳木斯市郊區(qū)管轄。調(diào)整后，佳木斯市轄4個(gè)市轄區(qū)、4個(gè)縣，代管2個(gè)縣級(jí)市。
2011年，經(jīng)省委、省政府批準(zhǔn)，撫遠(yuǎn)歸省直接管理。
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