1949年上海解放后，上海市軍事管制委員會接管上海市立吳淞水產(chǎn)?？茖W校。1951年學校更名為上海水產(chǎn)?？茖W校，教學管理機構也相應發(fā)生一些變化，增設輔導室、生產(chǎn)實習指導室和3個實驗室。此時教務處管轄注冊組、課務組、教學檢查組、體育組、輔導組、圖書館、生產(chǎn)實習指導室、化學實驗室、生物實驗室、漁撈航海室、漁具實驗室和制造工廠。1952年開始學習蘇聯(lián)高校辦學經(jīng)驗，大學教學科研的基層單位由學院改為系，系按學科劃分．在系下設專業(yè)或課程教研組(室)，教研組為由一門或由數(shù)門性質(zhì)相近課程的任課教師共同組成的最基本的教學組織，是教學科研的基層組織。
上海水產(chǎn)學院成立后，隨著學校教育事業(yè)的發(fā)展，校級教學管理組織和各系教學組織均有較大的發(fā)展變化。1952年學校第一次院務會議上討論《上海水產(chǎn)學院院章》。根據(jù)擬定的學院院章。學校采取院長負責制，主持學院的教學、科研工作，下屬教務處設正、副教務長。全院設置海洋漁業(yè)、養(yǎng)殖生物、水產(chǎn)加工3個系和海洋漁業(yè)研究室，以及圖書館、體育組、政治課和基礎課等教學科研單位，這些教學科研組織根據(jù)院長授權，在教務處直接管轄下進行工作，學校還設有9個系屬教學小組。1954年學校將教學小組改為教研組，設有捕撈、航海、水產(chǎn)加工、水產(chǎn)養(yǎng)殖、水生生物、化學、數(shù)理、機械、政治、俄文、體育11個教研組。
1955年制訂的《上海水產(chǎn)學院各級機構的任務與職責》明確：教務處負責學院的教學與研究工作，下設教務科(包括出版組)、注冊科，各系、研究室、圖書館仍受教務處的領導。1957年經(jīng)院長辦公會議決定，將教務處下設的職能機構調(diào)整成教務科、學生科、生產(chǎn)實習科、教材供應科4個科。同年12月又決定將教務處所屬的4個科撤并成教學科和教材供應科。隨著學校教學規(guī)模和師資人數(shù)的擴大，1958年全校教研組從1956年的15個發(fā)展到20個。到1966年全校教研組有進一步發(fā)展，達到27個。1972年學校遷廈門后，行政管理及辦事機構設置為：院辦公室、政治處、教務處、總務處等，在基層
教學組織管理上先后設五系一部兩室，即海洋漁業(yè)系、水產(chǎn)加工系、水產(chǎn)養(yǎng)殖系、漁業(yè)機械化系、造船系和基礎部、馬列主義教研室及魚類研究室，基礎部下有數(shù)學、物理、力學、外語、體育和漁業(yè)經(jīng)濟教研室。學校1979年從廈門遷回上海辦學后，設置水產(chǎn)養(yǎng)殖、海洋漁業(yè)、水產(chǎn)加工、漁業(yè)機械4個系。1982年根據(jù)學校教育發(fā)展及專業(yè)設置，將原漁業(yè)機械化系與海洋漁業(yè)系合并成海洋漁業(yè)系。1984年在漁業(yè)經(jīng)濟教研室的基礎上．成立漁業(yè)經(jīng)濟與管理系。
1985年學校教學管理體制經(jīng)改革調(diào)整，學生管理(學生科)、實驗室管理(設備科)、研究生教育(研究生科)等部分職能從教務處分離。校級教學管理機構除教務處外，還設立研究生辦公室、實驗設備管理辦公室等、全校系(部)調(diào)整發(fā)展為四系(水產(chǎn)養(yǎng)殖系、海洋漁業(yè)系、水產(chǎn)加工系和漁業(yè)經(jīng)濟與管理系)、一部(基礎部)、兩室(馬列主義教研室、德育教研室)。
從20世紀80年代后期開始，為適應學校管理體制和教學改革的需要，全校教學管理機構陸續(xù)進行調(diào)整。1988年海洋漁業(yè)系更名為漁業(yè)工程系，水產(chǎn)加工系更名為食品科學技術系．在馬列主義教研室
基礎上成立社會科學部。1989年全校設置水產(chǎn)養(yǎng)殖、漁業(yè)工程、食品科學技術、漁業(yè)經(jīng)濟管理、基礎部、社會科學部四系二部，教務處下屬管理部門調(diào)整為教務科、教材科、職教科、電教室。
1993年7月經(jīng)農(nóng)業(yè)部批準，全校教學管理機構進行較大調(diào)整。教務處和學生處合并成立教學辦公室，原來的水產(chǎn)養(yǎng)殖、漁業(yè)工程、食品科學技術等三系改為學院．全校設置漁業(yè)學院、食品學院、工程技術學院、成人教育學院、經(jīng)濟貿(mào)易系、外語系、基礎部和社科部等四院二系二部。同年秋，海洋漁業(yè)專業(yè)和漁業(yè)資源與漁政管理專業(yè)劃歸漁業(yè)學院；冷凍冷藏工程專業(yè)劃歸工程技術學院。
1995年經(jīng)濟貿(mào)易系與外語教研室合并，成立國際經(jīng)濟貿(mào)易學院，海洋漁業(yè)專業(yè)和漁業(yè)資源與漁政管理專業(yè)劃歸工程技術學院，冷凍冷藏工程專業(yè)劃歸食品學院。當年學校教學辦公室在體制改革中撤
銷后，恢復設置教務處，下設辦公室、教學研究室、教務科和考試中心。原教務處下屬的電教室劃歸新成立的校信息中心。
為加強學校計算機學科建設和人才培養(yǎng)，1996年學校與聯(lián)想計算機集團簽訂聯(lián)合辦學協(xié)議，成立聯(lián)想計算機學院。1997年在原社科部、基礎部、德育教研室以及經(jīng)貿(mào)學院的英語系、日語系基礎上成立人文與基礎科學學院。同年國際經(jīng)濟貿(mào)易學院更名為經(jīng)濟貿(mào)易學院。1998年學校終止與聯(lián)想集團公司的聯(lián)合辦學后．原聯(lián)想計算機學院更名為計算機學院。
1999年學校與上海水產(chǎn)集團、上海水產(chǎn)學校聯(lián)合成立高等職業(yè)技術學院。2000年學校在原工程技術學院的基礎上，依托學科辦學特色和學科優(yōu)勢．組建成立海洋學院。這是上海第一家以培養(yǎng)海洋高級人才、發(fā)展海洋科技為主的專業(yè)學院。屆時學校院(系)設置發(fā)展為漁業(yè)、海洋、食品、經(jīng)濟貿(mào)易、計算機、人文與基礎科學、成人教育、高等職業(yè)技術8個學院。2001年學校在上海南匯科教園區(qū)設立學海路校區(qū)。為探索兩校區(qū)辦學條件下的教學管理運行機制和管理模式，在學海路校區(qū)曾實施“121工程”三級教學管理體制改革試點，即實行一年級學生統(tǒng)一由人文與基礎學院管理，二、三年級進入專業(yè)學院主要學習專業(yè)基礎課程和專業(yè)課程，四年級進入學院研究室、實驗室。主要參加實踐教學訓練。
為借鑒國外先進的辦學經(jīng)驗，學校積極推進中外合作辦學。2001年與澳大利亞塔斯馬尼亞大學合辦信息管理與信息系統(tǒng)(環(huán)境信息系統(tǒng))專業(yè)的申請．獲得上海市教委批準。2002年與塔斯馬尼亞大學、上海愛達投資管理公司聯(lián)合成立上海水產(chǎn)大學愛恩學院，作為中外合作辦學的實體。
2003年學校決定將人文與基礎科學學院的數(shù)學、物理教研室和原計算機學院合并，組建信息學院，同時將人文與基礎學院更名為人文學院。為適應教育國際化的發(fā)展。學校于2005年組建成立國際文化交流學院。
2006年學校院(系)又有較大調(diào)整，英語系、日語系、大學英語教學部從人文學院分離出，組建成立外國語學院；在原海洋學院機電工程系和工程基礎系的基礎上，組建成立工程學院。同年原經(jīng)濟貿(mào)易學院更名為經(jīng)濟管理學院。通過這些調(diào)整發(fā)展，當年學校形成生命、海洋、食品、經(jīng)管、信息、工程、人文、外語、高職、成教、愛恩、國際文化交流12個學院；學校教務處下設機構調(diào)整為行政管理辦公室、教學運行管理辦公室、注冊中心、考試管理辦公室、實踐教學管理辦公室、教學研究與質(zhì)量管理辦公室。隨著學校學科專業(yè)和辦學規(guī)模的發(fā)展，學?；鶎咏虒W組織有新的發(fā)展。到2006年全校各學院基層教學組織達50個。根據(jù)各學院學科專業(yè)設置及師資配備，這些基層教學組織設置及其名稱有所不同，有的按學科專業(yè)或課程設置教研室，有的按學科專業(yè)設置系。2006年各學院基層教學組織情況：生命科學與技術學院、海洋科學學院、食品學院、工程學院、信息學院、經(jīng)濟管理學院、人文學院、外國語學院
2008年學校搬遷到滬城環(huán)路校區(qū)．結合教學管理新型體系的建設和遠郊辦學的特點．在學生事務中心設立教務、學生、招生就業(yè)、財務等部門為一體的面向?qū)W生的一站式服務。教務處下設機構調(diào)整改名為綜合行政辦公室、教學運行、教學考試、教學實踐、教學評估和教學研究中心5個中心。到2010年學校初步確立遠郊條件下新校區(qū)本科教學新秩序和教學運行新模式。
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