公元208年，曹操下令將孔融處死。當(dāng)官兵上門抓捕時(shí)，孔融的一對(duì)兒女正在下棋，看著父親被抓，卻依舊淡定下棋，不為所動(dòng)。官兵奇怪道：“你們的父親都要被抓走處死了，你們?cè)趺催€有心思下棋？”
這時(shí)，孔融的兒子回答道：“哪里巢穴都要?dú)Я?，卵卻不破的呢？”這就是至今流傳的著名成語：“覆巢之下焉有完卵”。
此次曹操下令處死孔融，誅殺其全家。但他這雙兒女，女兒7歲，兒子9歲，因?yàn)槟挲g尚小，原本沒有被列入抓捕名單。孔融被抓走后，兩個(gè)孩子被人收養(yǎng)照顧，
收養(yǎng)之人看著這對(duì)失去家人的兄妹很可憐，就做肉湯給他們喝。男孩因?yàn)榭诳?，接過肉湯就大口喝了起來。妹妹見到哥哥的樣子，不屑道：“今天的禍?zhǔn)拢烙?jì)我們倆也活不了多久了？你還有心思品嘗肉湯！”
哥哥聽到妹妹的話，肉湯也喝不下去了，兄妹倆放聲大哭起來。沒多久，便有人將這兩個(gè)孩子在抓捕孔融時(shí)的反應(yīng)以及被人收養(yǎng)后的事情，告訴了曹操。
曹操聽后，為之一驚。曹操為人一向疑心心狠，他沒想到孔融的兩個(gè)孩子還那么小就已經(jīng)懂得這些道理了，如果將這兩個(gè)孩子留下來，將來豈不是要替他們父親報(bào)仇。為了避免再起事端，于是下令將兩個(gè)孩子抓起來殺掉。
等官兵前來抓捕時(shí)，妹妹對(duì)哥哥說：“哥哥，如果死后能夠見到我們的父母兄弟，我是死而無憾的?！闭f完，這個(gè)7歲的女孩便抬頭挺胸，神情淡定得等待行刑，隨后兩個(gè)孩子都被誅殺了，周圍之人無不動(dòng)容。
孔融之死，用現(xiàn)在的話來說就是不作死就不會(huì)死。因?yàn)樾愿駝傊?，雖然孔融是接受曹操的征召入朝為官，可卻從不把曹操放在眼里，認(rèn)為自己是大漢朝的官，效忠的是漢獻(xiàn)帝。
雖然明白曹操在文治武功等方面的才能都強(qiáng)自己數(shù)倍，可孔融認(rèn)為曹操這種挾天子以令諸侯的行為就是心術(shù)不正，在忠心漢室方面根本沒辦法和自己比，自己也不屑與之為伍。
因?yàn)檫@種心態(tài)，孔融對(duì)曹操也是一百個(gè)看不上，對(duì)于曹操的功績(jī)，他不但不認(rèn)同，還經(jīng)常上表，用犀利的言辭諷刺他。
曹操率軍攻下鄴城后，曹丕娶了袁熙的妻子甄宓，孔融聽說后，就給曹操上表，說道：“當(dāng)初武王伐紂后，將妲己賞給了周公?！辈懿僖彩鞘熳x史書之人，卻沒看明白孔融這句話的意思。
后來問及孔融這句話的出處，孔融不屑道：“你的兒子不是娶了袁熙的妻子甄宓嗎？我就是以現(xiàn)在的事情，想當(dāng)然地認(rèn)為當(dāng)年周武王也是這樣做的？”曹操聽后，十分不悅，可最終忍住沒發(fā)作。
后來，因?yàn)檫B年征戰(zhàn)，糧食欠收，老百姓的吃飯和軍隊(duì)打仗的糧草給養(yǎng)都成了問題。于是曹操一方面實(shí)行屯田政策，一方面上表禁酒，酒是糧食精，現(xiàn)在人吃飯都成問題，哪還有多余的糧食釀酒呢？
按理說，曹操的舉措很得當(dāng)，也符合當(dāng)下的實(shí)際情況，可孔融就是看不順眼，站出來表示反對(duì)，甚至還上表道：“丞相不是擅長(zhǎng)治理國(guó)家嗎？以前老百姓有酒喝，可如今你要讓天下百姓喝不上酒了，你就是這樣治理國(guó)家的嗎？”
孔融在表章中言辭傲慢無禮，言語間都是諷刺的意味，而且，就為了禁酒這件事，孔融就上表了很多次。曹操惜才是出了名的，可再惜才，碰到孔融這樣，有事沒事就找茬的下屬，開始還能包容，可時(shí)間長(zhǎng)了，必定就忍不了了。
而孔融的這些言論，實(shí)質(zhì)上就是對(duì)曹操的人身攻擊，對(duì)朝政大局卻沒有影響，盡管如此，那曹操對(duì)孔融也是煩透了，也恨透了。
當(dāng)時(shí)朝廷御史大夫郗慮和孔融有矛盾，兩人曾經(jīng)在漢獻(xiàn)帝面前，互相攻擊，吵得不可開交。后來郗慮看出曹操也很反感孔融，于是就以蔑視國(guó)法為由，彈劾孔融，奏請(qǐng)罷免他的官職。
曹操看到也有人和自己一樣反感孔融，心里暗自高興，不過他沒有罷免孔融，用降職的方式對(duì)他施以警告?？蓪?duì)著曹操對(duì)孔融積怨已深，最終郗慮再次彈劾孔融。
曹操就借機(jī)指使一名叫路粹的官員寫了一篇《路粹奏孔融書》，狀告孔融“招合徒眾”，“欲圖不軌”、“謗訕朝廷”、“不遵超儀”等罪名，從而將孔融抓捕下獄。不久后將孔融處死，誅殺其全家。
孔融的死多半是自己的原因造成的，俗話說老虎的屁股摸不得，可孔融身為下屬，卻一再挑釁曹操這只猛虎。縱然曹操惜才，也有容人之量，可他畢竟也是人。
曹操作為實(shí)際上的掌權(quán)者，不管是出于面子，還是為了以儆效尤，孔融這般如此狂傲，不知分寸的挑釁，也注定了曹操是勢(shì)必不能留他性命的。
