秋天，清平南大將軍孔有德、尚可喜、金礪等率師自荊州南向，攻占岳州后順湘江而下。佟養(yǎng)甲、李成棟部清軍自閩南入粵攻占惠州、潮州。此時(shí)，永歷、紹武兩朝廷爭戰(zhàn)方酣，李成棟乘機(jī)襲占廣州。朱聿■兵敗自盡，短命的紹武政權(quán)只維持了四十三天。此后，永歷政權(quán)也在清軍追趕下四處播遷。
但是，到順治五、六年（1648年、1649年）間，清軍對(duì)南明戰(zhàn)爭卻受到了阻遏。由于各地降清漢將紛紛起兵反正，使清軍不得不出動(dòng)八旗勁旅平叛。在反正軍、南明軍聯(lián)合反擊下，孔有德、尚可喜部被迫退出桂北、湖南。金聲桓、李成棟兵敗降明。一時(shí)間，永歷政權(quán)重占湖南、兩廣、江西、四川、云貴七省。至順治六年（1649年）秋，清軍一一平定了叛亂。順治七年（1650年）初，耿仲明、尚可喜部清軍越過大庾嶺，再度南下，攻克南雄、韶關(guān)，招降潮州、惠州，十月，占領(lǐng)廣州。廣東大部已為清軍所占?？子械萝妱t從湖南永州南進(jìn)，連下全州、桂林。瞿式耜于桂林兵敗被俘，不屈而死。廣西大部也為清軍所占。永歷帝則在大西軍保護(hù)下入黔，此時(shí)，永歷朝軍事力量基本消耗殆盡，孫可望、李定國的大西軍則成了永歷政權(quán)的支柱。
清軍占領(lǐng)湖南、兩廣后即部署云貴戰(zhàn)事，但是在順治九年至十三年（1652年至1656年）間，永歷政權(quán)在西南以大西軍為主，在東南以鄭成功、張煌言為主，舉行東征和北伐，迫使清廷對(duì)云貴的軍事行動(dòng)中斷了四五年之久。順治十四年 （1657年），洪承疇移駐長沙，經(jīng)略西南。十月，孫可望在內(nèi)戰(zhàn)中被李定國擊敗后降清，清軍于是掌握了云貴虛實(shí)。第二年 （1658年）二月，清朝兵分三路入黔，遣寧南靖寇大將軍羅托自湖南西進(jìn)，平西大將軍吳三桂和都統(tǒng)墨爾根、李國翰由漢中、四川南進(jìn)，征南將軍趙布泰和提督線國安由廣西北進(jìn)。四月，羅托軍占領(lǐng)貴陽。七月，清軍三路會(huì)師，全占貴州。此時(shí)，李定國剛剛在滇西永昌 （今云南保山）平定了孫可望舊部的叛亂。十月，清廷派信郡王鐸尼總統(tǒng)三軍，從四川、廣西、貴州三面大舉進(jìn)攻云南，明軍全線崩潰。不久，清軍占領(lǐng)昆明。永樂帝逃往永昌。清軍繼續(xù)追擊李定國軍，順治十六年 （1659年）二月，李定國在磨盤山（今云南騰沖、龍陵間）伏擊清軍失敗，被迫退走邊境。永歷帝見大勢已去，遂入緬甸。
順治十八年 （1661年），清軍以內(nèi)大臣愛星阿為定西將軍自騰越發(fā)兵，分兩路追擊逃緬明軍，南明軍受到重大打擊。十二月，9永歷帝被緬人交出，翌年，被吳三桂絞死于昆明。不久，李定國病逝于勐臘。南明政權(quán)至此徹底滅亡。
清軍從入關(guān)到消滅南明政權(quán)花了18年的時(shí)間，入關(guān)戰(zhàn)爭遂告結(jié)束，清朝終于建立起對(duì)全國的統(tǒng)治。
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