(一)立案
工程合同糾紛在立案階段，需要審查的除了《民事訴訟法》上規(guī)定的立案條件外，就案由、管轄等方面需要特別重視和加強(qiáng)審查。
合同立案的審查主要包括兩個(gè)方面，審查案由和審查管轄。
1、審查案由
實(shí)踐中，大量建設(shè)工程施工合同糾紛是以其他類型合同形式出現(xiàn)。例如，名為合作建房實(shí)為建設(shè)工程施工合同的糾紛；名為房屋買賣實(shí)為建設(shè)工程施工合同的糾紛；名為建設(shè)工程施工合同而實(shí)為合資合作開發(fā)房地產(chǎn)合同糾紛。因此不僅要審查基礎(chǔ)合同的形式，還要對(duì)基礎(chǔ)合同的內(nèi)容進(jìn)行基本審查。
2、審查管轄
根據(jù)最高人民法院司法解釋的規(guī)定，建設(shè)工程施工合同不再如一般不動(dòng)產(chǎn)案件適用專屬管轄規(guī)定，而是適用一般合同地域管轄，即由被告住所地或合同履行地法院管轄。
在建設(shè)工程施工合同中，合同履行地就是施工行為地，一般是施工合同項(xiàng)下建筑物所在地。以合同履行地作為管轄地符合便于人民法院審理和便于人民群眾訴訟的“兩便原則”。但需要注意的是，作為一般合同地域管轄，當(dāng)事人還可以在書面合同中協(xié)議選擇由合同訂立地、原告所在地、標(biāo)的物所在地人民法院管轄。
(二)訴訟前的準(zhǔn)備
首先，在庭前準(zhǔn)備程序中，除進(jìn)行證據(jù)交換和對(duì)證據(jù)初步質(zhì)證工作外，通常需要進(jìn)行司法鑒定工作。
一般有以下幾種情況：對(duì)工程造價(jià)進(jìn)行審核；對(duì)延誤工期造成的損失進(jìn)行審核；對(duì)已付工程款、墊付材料款等財(cái)務(wù)憑證進(jìn)行審核；對(duì)相關(guān)有爭(zhēng)議的簽證、結(jié)算材料印鑒或簽名真實(shí)性進(jìn)行審核；對(duì)工程質(zhì)量進(jìn)行鑒定并設(shè)計(jì)修復(fù)方案以及對(duì)修復(fù)方案所需費(fèi)用作出預(yù)算等。
在建設(shè)工程施工合同案件的審理過程中，司法鑒定幾乎涵蓋了所有的鑒定內(nèi)容。因此在庭前準(zhǔn)備階段，對(duì)當(dāng)事人是否在舉證期限內(nèi)提出鑒定申請(qǐng)、是否予以準(zhǔn)許、當(dāng)事人未提出申請(qǐng)是否需要證據(jù)釋明等問題均需要認(rèn)真審查，并根據(jù)實(shí)際情況作出處理。
其次，在庭前準(zhǔn)備中須注意被告的反訴與抗辯問題。
在建設(shè)工程施工合同案件審理過程中，經(jīng)常發(fā)生被告將反訴內(nèi)容作為答辯意見提出，要求直接在本訴中抵扣的情況。針對(duì)這種情況，法官應(yīng)當(dāng)準(zhǔn)確判斷上述主張屬于抗辯還是屬于反訴，并根據(jù)個(gè)案情況分別作出釋明。
在作這類型的判斷中，勢(shì)必對(duì)基礎(chǔ)合同條款進(jìn)行詳細(xì)審查，而不能簡(jiǎn)單地進(jìn)行判斷。如在建設(shè)工程施工合同案件中，最常見的情形是，承包人向發(fā)包人主張工程欠款，而發(fā)包人以承包人逾期竣工或工程存在質(zhì)量問題要求承包人承擔(dān)違約賠償責(zé)任。此類答辯意見，一般認(rèn)為屬于反訴請(qǐng)求。但有些施工合同條款中約定了上述違約責(zé)任應(yīng)當(dāng)在工程款結(jié)算中直接抵扣，或原告同意在本訴中根據(jù)雙方合同的約定直接結(jié)算抵扣，對(duì)此類情形，法官也可以在本訴中一并處理，而不必要求被告提起反訴。
(三)審理
在建設(shè)工程施工合同案件庭審中，一般除了對(duì)合同條款、履行情況進(jìn)行庭審調(diào)查外，對(duì)以下幾個(gè)方面也需要進(jìn)行具體審查：
1、對(duì)建設(shè)工程施工項(xiàng)目相關(guān)手續(xù)的審查。
建設(shè)工程施工既是發(fā)包人與承包人之間的合同關(guān)系，同時(shí)因建設(shè)工程施工合同標(biāo)的的特殊性，行政主管機(jī)關(guān)對(duì)建設(shè)工程施工項(xiàng)目也有相應(yīng)的管理職責(zé)。
2、對(duì)建設(shè)工程施工合同履行過程的審查。
工程施工合同履行期間比較長(zhǎng)，少則一兩個(gè)月，長(zhǎng)則一兩年，甚至有些施工工程由于資金、技術(shù)等方面的原因，可能斷斷續(xù)續(xù)施工建設(shè)多年才完工。在施工過程中，承包人和發(fā)包人之間的聯(lián)系、產(chǎn)生糾紛、解決糾紛的情況可以說是經(jīng)常發(fā)生的。也許在這些問題產(chǎn)生之際，雙方尚未發(fā)展到需要對(duì)簿公堂的地步，通過協(xié)商可能當(dāng)時(shí)就可以解決問題或者因雙方達(dá)成諒解而對(duì)問題予以忽略。
但是，一旦承、發(fā)包人之間產(chǎn)生訴訟，可能這些以前積累下來的小問題都會(huì)被作為對(duì)方違約的事實(shí)、理由而提出。這就需要法官全面審查合同履行經(jīng)過，從而正確判斷案件的訴因，找到糾紛發(fā)生的導(dǎo)火線。通過對(duì)合同履行過程的全面審查，還能夠?qū)υ靸r(jià)、付款、工期、質(zhì)量等案件關(guān)鍵事實(shí)有一個(gè)全面了解。
3、對(duì)司法鑒定結(jié)論一般需要在庭審中進(jìn)行質(zhì)證，充分聽取雙方當(dāng)事人的質(zhì)證意見。
在建設(shè)工程施工合同糾紛中，有時(shí)會(huì)涉及工程審價(jià)、工程款審核、審計(jì)等司法鑒定內(nèi)容。這些鑒定內(nèi)容，從性質(zhì)上屬于當(dāng)事人提供的證據(jù)材料，但從內(nèi)容上卻是確定案件基本事實(shí)，特別是存在爭(zhēng)議的事實(shí)的主要依據(jù)。一般而言，雙方對(duì)工程造價(jià)有爭(zhēng)議的，最終裁判結(jié)果在很大程度上由工程審價(jià)結(jié)論決定。
而承包人主張因發(fā)包人原因?qū)е缕渫９?、窩工損失的，無論是停工、窩工的天數(shù)還是停工、窩工具體損失的數(shù)額，除非合同有特別約定，一般也是由工期審價(jià)結(jié)論來作出確定。正是由于司法鑒定結(jié)論對(duì)案件最終結(jié)果具有舉足輕重的作用，因此對(duì)鑒定結(jié)論應(yīng)當(dāng)在庭審中進(jìn)行正式的質(zhì)證，由鑒定人對(duì)雙方當(dāng)事人的質(zhì)證意見發(fā)表專業(yè)意見，從而使得法官(合議庭)對(duì)鑒定結(jié)論是否足以成為定案證據(jù)作出正確判斷。
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