三種模式有共同點，也有區(qū)別。區(qū)別主要表現(xiàn)在納稅環(huán)節(jié)、行政備案環(huán)節(jié)和激勵機制強弱程度的差異。法人型治理結(jié)構(gòu)存在雙重納稅的問題；一般認為，有限合伙型私募股權(quán)基金的治理結(jié)構(gòu)，在激勵和責(zé)任機制上，要大大優(yōu)越于契約性和合伙型治理結(jié)構(gòu)。
私募股權(quán)基金治理結(jié)構(gòu)共同特征可以歸納為三個方面，試分析如下：
第一、跨越法人治理邊界的治理機制。私募股權(quán)基金治理大多是以基金資本的“融入、投資、退出”為周期，通過企業(yè)契約和金融契約，在投資人、管理人、托管人和被投資目標(biāo)公司幾個獨立法律主體間形成以委托代理關(guān)系和股權(quán)投資關(guān)系為核心的治理機制。
第二、在專業(yè)基金管理人與基金投資人之間確立一種由“充分授權(quán)”和“法定問責(zé)制”共同保證的良好信任關(guān)系是基金治理結(jié)構(gòu)的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。無論哪種組織形式，基金投資人與主要的資金管理人都不是普通的雇傭關(guān)系，而是“商業(yè)信托關(guān)系”，即出資人不以設(shè)立公司的方式來自己經(jīng)營事業(yè)，而以信托的方式，將出資集中于受托人，由受托人負責(zé)管理運營；出資人則以受益人的身份，受領(lǐng)信托財產(chǎn)收益的分配。與一般的公司治理相比私募股權(quán)基金的代理問題更為突出。解決這一問題，一方面，需要培養(yǎng)一批具有良好職業(yè)信用和道德素質(zhì)的專業(yè)金融人才團隊；另一方面，更重要的是需要在法律上建立有效的激勵機制和問責(zé)制。通過激勵機制把投資人的利益與管理人的利益緊密結(jié)合在一起；通過監(jiān)督機制、問責(zé)機制以及良好的糾紛解決機制和司法救濟渠道，彌補投資人與管理人形成的信息不對稱，降低代理成本，控制代理風(fēng)險。
第三、合理界定投資人的決策干預(yù)權(quán)。私募股權(quán)基金的運作更依賴管理人個人的商業(yè)判斷和投資經(jīng)驗。投資人權(quán)利過大，會削弱管理人的積極性，不利于其作出專業(yè)的商業(yè)判斷；管理人權(quán)利過大，又存在出現(xiàn)背棄忠信、侵害投資人利益的危險。因此，在具體私募股權(quán)基金治理機制的設(shè)計中，需要根據(jù)其所在的管理人市場的信用狀況、代理風(fēng)險的法律救濟渠道和資本市場的投資環(huán)境等權(quán)衡左右，保證兩種權(quán)利的制衡以實現(xiàn)基金利潤最大化。
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