小孤山的寺廟，始建于唐代。當時中國佛教興盛，禪宗馬祖道一(709-788年)云游天下名山，行腳至星子縣的龔公山，宿松的靈隱山一帶傳授佛法，后以小孤秀過靈隱，便至此開山建廟，曰“啟秀寺”。其弟子“百丈清規(guī)”的創(chuàng)始人懷海，世稱百丈禪師，于唐德宗時曾到此寺講法，傳下了《禪門規(guī)式》。故《山譜》上有“馬祖開山，百丈傳規(guī)”的記載。
相傳，唐時山上寺廟很是狹小，內(nèi)朔一男形神象，姓氏不詳，無從考記。廟在盛唐后，日見荒蕪。北宋時期，廟重建。改名“惠濟寺”始祀海神媽祖，故宋代在此立廟祀之，并對女神一再加封，給她以“助順安濟廣濟惠濟夫人”的稱號。如此一來，由馬祖開山變成了媽祖，像由男形變成女形。南宋紹興初，魏國公張俊從湖湘還，曾對小孤山寺廟加以修葺，擴建為六重，規(guī)模宏敞。
元代以海運效靈，又對小孤山寺廟略加修葺，賜額“廣濟”給女神加封“顯靈”稱為“顯靈廣濟夫人”。天歷年間，又在廟南山門側(cè)立一鐵柱，長約三丈有余，系有鐵索，讓舟人攀援渡險。石上鐫有俞翰書的“海門第一關(guān)”，門首重書“啟秀寺”三字。
明代是小孤山寺廟鼎盛時期，洪武二年(1369)遣良工派官員，對寺廟進行維修和致祭，封女神為“天妃圣母”。永樂年間，封山神為“護國佑民妙靈昭應(yīng)宏仁普濟天妃”并遣官司致祭。二十六年(1547年)，因山小廟隘。敕別建天妃行宮于山西里許處，使小孤山名盛一時，可謂達到頂點。小孤山成為不是五岳的五岳，佛教活動也相應(yīng)地發(fā)展起來。進入昌盛階段。
清代以后對此山廟宇，不斷加以修葺。
1996年以后，住持匡成老和尚帶領(lǐng)監(jiān)院釋行義，四處募集資金，新建藏經(jīng)樓和僧舍，并對山上危樓進行大量維修。2004年修新復舊大雄寶殿、圣母殿、娘娘殿。至此，這座千年古剎在歷代僧侶和他的護持之下又煥然一新、初具規(guī)模。
由于啟秀寺位于長江絕島，山神被視作船只航行的保護神，又有一些美麗動人的傳說故事，因而游客、香客不斷。
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