今天我們不介紹文章了，回答一個(gè)問題：批量miRNA的靶基因預(yù)測，不用代碼怎么實(shí)現(xiàn)？
具體來說是這樣的：有同學(xué)說在做數(shù)據(jù)分析的時(shí)候通過GEO的芯片分析找到了幾十條顯著差異的miRNA，想對這些miRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測，下面是22條舉例的miRNA：
我們可以看到這里出現(xiàn)了miRNA的名字，但是出現(xiàn)了星號*等標(biāo)記，我們前面在miRNA的名字，到底是什么意思？和3p還是5p，有必要區(qū)分嗎？中說過，對于大多數(shù)miRNA來說，如果編號一樣但3p和5p不同，其功能及調(diào)控的靶基因可能都是不同的，如miR-223-3p和miR-223-5p（通過mirbase查詢）：
我們看到miR-223-3p和miR-223-5p的序列是不同的，而兩條miRNA的previous ID分別是hsa-miR-223和hsa-miR-223*，而平時(shí)我們在文章里面經(jīng)常見到的很多時(shí)候都是只出現(xiàn)hsa-miR-223或者h(yuǎn)sa-miR-223*，
而不出現(xiàn)具體的3p還是5p信息，因此當(dāng)我們看到這樣信息的時(shí)候就可以通過mirbase（http://www.mirbase.org/）查詢了。
下面我們回到問題，當(dāng)我們拿到22條miRNA后，我們可以通過以前介紹過的一個(gè)工具進(jìn)行靶基因預(yù)測（我好像發(fā)現(xiàn)了一個(gè)miRNA各種軟件的大本營……），
工具：DIANA Tools，網(wǎng)址：http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=site/page&view=software
我們用microT-CDS這個(gè)軟件：
在搜索框中直接輸入22條miRNA的名字后回車：
我們看到一個(gè)名字匹配到了多條miRNA，我們需要確定是哪一條，如果數(shù)量少的情況下，我們通過mirbase查詢即可：
通過查詢結(jié)果我們知道hsa-mir-96指的是hsa-mir-96-5p：
這樣我們在界面選擇hsa-mir-96-5p前面的箭頭就可以了：
同樣的道理，如果數(shù)量少我們可以一個(gè)個(gè)查，然后選擇。
如果數(shù)量比較多的情況下，我們可以用mirbase的注釋文件，需要進(jìn)入FTP site：
然后選擇aliases.txt.zip文件下載后打開：
我們看到hsa-mir-96*與hsa-mir-96-3p對應(yīng)的是一個(gè)ID，這樣我們就可以在Excel里面批量操作了。具體的操作方法大家可以通過Vlookup函數(shù)等實(shí)現(xiàn)，比較簡單（不懂的同學(xué)可看這篇教程：(工具篇)：S4E07: 用Excel就能實(shí)現(xiàn)的幾個(gè)逆天功能！）
好了，當(dāng)我們選好以后在新的頁面里面就出現(xiàn)了靶基因的情況：
每個(gè)預(yù)測的通過箭頭可以打開：
右上角的紅框里面可以下載：
簡單篩選一下就可以了：
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