作者：Wenhu
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本講為第一部分，介紹git的“足夠你用”命令；第二部分，還將介紹github的主要用途以及如何在R中使用git，部分內(nèi)容改編自廖雪峰的《Git教程》。
源代碼：https://github.com/mckf111/mckf111.github.io/tree/master/_posts
正統(tǒng)解釋：分布式版本控制系統(tǒng) (Distributed Version Control System)，但這其實對理解和愛上git沒啥卵用，反而讓人覺得它很高深，望而卻步！
Git的靈魂在于其讓人欲罷不能的實用性！
先舉兩個場景，相信大多數(shù)人都碰到過：
寫論文：不管是博士、碩士論文還是雜志上發(fā)表的paper，相信誰都不可能一遍寫完就直接提交，你干你老板也不會干，不改個幾十遍，那是不會罷手的 （剛剛親身經(jīng)歷的真實案例。。。）！假設(shè)，你今天寫了幾段，保存為dissertation.docx，明天轉(zhuǎn)念一想，還是把其中一段改掉好，但是怕后面再需要，咋辦？那只能另存一個文件，比如revised-1.docx，然后在dissertation.docx中繼續(xù)寫，這樣，數(shù)次刪改之后，你的文件夾中會有相當(dāng)多的revised-n.docx文件，如果過了兩周，你突然想起有一段還是改回去好，你能記得原版本在哪個revised文件中么？是不是得一個一個打開來查看，暈不暈？這還沒算上，老板給你改的諸多版本，要把它們合并到自己的新版本上，真是要暈死！一般來說，對于咱們生物專業(yè)的童鞋，用word寫文章還是絕大多數(shù)，有沒有覺得審閱模式很坑？（當(dāng)然碰到個年輕的老板，愿意接受latex那就沒毛病了）
擼代碼：生物信息離不開寫代碼，腳本也好，軟件包也好，都不可能一成不變，因為需求在變化，原先的代碼可能需要經(jīng)常改動；或者你的上游分析軟件或者導(dǎo)入、加載的軟件做了修改，你也不得不隨之改動；又或者你想到了一個新的功能，想加在自己或別人的軟件包中，但又擔(dān)心會影響其他的已有功能，咋辦？是不是還是像上面那樣，保存一堆堆的文件，然后把自己搞瘋？
如果，有那么個“天網(wǎng)”軟件，能一直監(jiān)控我對于文件夾中的文件所進行的一切操作，包括增、刪、改，而且能把每次的改動，像相機一樣拍下快照存起來，再順便起個唯一的名字，這樣可以隨意把文件夾回溯到任意一個時刻，就像時空穿梭一樣，那該有多美好？
這就是git系統(tǒng)的主要功能之一——版本控制，有關(guān)分布式的含義，后面再說！相信到這里，你們應(yīng)該有點想要了解它了吧：）
第一個例子中，說到了word文檔的git監(jiān)控，可能有人知道，word不是純文本文件，而git來源于linux系統(tǒng)，對于純文本的監(jiān)控最為安全有效，那是不是就沒辦法了呢？其實有，在此給出兩個鏈接，大家有興趣可以閱讀一下，其實是把word（.docx)轉(zhuǎn)換成markdown格式的純文本：Using Microsoft Word with git 和 Simul——專為word做的版本控制系統(tǒng)。
Git是一個軟件，你首先得安裝它！下載地址：git
上面的網(wǎng)址里有明確的各種系統(tǒng)中的安裝指導(dǎo)，這里只說下如何在windows中進行初始配置，也可以參考廖雪峰的《Git教程》。
安裝完之后，在開始菜單中找到Git Bash，打開它，會出現(xiàn)命令行窗口，這是之后會一直用到的東西。
配置：
git config --global user.name "your_name"git config --global user.email "email@example.com"在上面的指令中將your_name改成你想使用的名稱，最好不要有空格，將email@example.com換成你常用的郵箱地址。這樣，你的電腦上的版本庫就有了自己的名稱了，一般不會和其他電腦上的混淆。
git init)假設(shè)你在一個名為myapp的文件夾中寫軟件，你想對這個文件夾（在git中，我們一般稱之為庫，repository or repo）進行g(shù)it監(jiān)控，怎么操作？
cd your/own/path/to/myappgit init## Initialized empty Git repository in F:/myapp/.git/會出現(xiàn)上面一行字，代表git已經(jīng)在監(jiān)控你的myapp庫了，并且創(chuàng)建了一個隱藏文件夾.git，沒事別碰它，這是git的命根子！
git status)在git操作的過程中，我們需要時時掌握監(jiān)控狀態(tài)，有沒有新的增改刪？和遠程庫有沒有同步？等等。
git status## On branch master## Initial commit## nothing to commit (create/copy files and use "git add" to track)git add和git commit)當(dāng)你在進行任何改動時，git都會關(guān)注到，但它還沒有拍照，所以，你想進行時空穿梭還早了點。那如何拍照呢？按快門add，打包存照commit。注意：add這一步也被成為stage，標(biāo)志著你的改動被添加進了緩存區(qū)，但還未進入監(jiān)控的版本庫中，屬于中間的一個stage！
touch readme.txt # create a new readme.txt filegit status## On branch master## Initial commit## Untracked files:## (use "git add <file>..." to include in what will be committed)## readme.txt## nothing added to commit but untracked files present (use "git add" to track)git add readme.txtgit commit -m 'add readme file'## [master (root-commit) 90b9f6a] add readme file## 1 file changed, 0 insertions(+), 0 deletions(-)## create mode 100644 readme.txtcommit后面的-m參數(shù)是message的意思，給你每次打包存照加上一點信息，方便以后查找。另外，每個commit都有一個唯一的hash碼對應(yīng)，保證不會互相混淆，也方便準(zhǔn)確的時空穿梭！
可以多次拍照(
add)，一次打包提交(commit)git是對改動本身打包存照，而非對改動的文件存照，所以沒有
add的改動是不會被后面的commit保存下來的，一定記住監(jiān)控分兩步：add+commit！
git diff)如果想對比一下這次的改動和上次有啥區(qū)別，git diff（difference）能清晰展示你要的信息。為了讓命令行窗口漂亮點，我們先給git的指令上點顏色：
git config --global color.ui true接著，我們給readme.txt加點內(nèi)容，用你喜愛的編輯器打開，然后添加一行字：I want to learn git!，保存，查看狀態(tài)：
git status## On branch master## Changes not staged for commit:## (use "git add <file>..." to update what will be committed)## (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)## modified: readme.txt## no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")git告訴我們有改動Changes沒有存照進入緩存區(qū)not staged，如果過了一段時間，你再回來工作，忘了具體改了啥，不敢隨便提交，咋辦？
git diff readme.txt## diff --git a/readme.txt b/readme.txt## index e69de29..235024b 100644## --- a/readme.txt## +++ b/readme.txt## @@ -0,0 +1 @@## +I want to learn git!## \ No newline at end of file改動一目了然！
git log)當(dāng)你的myapp存在了一段時間后，改來改去，會有很多次的commit被保存在版本庫中，如何查看一下做了哪些改動呢？這樣，既可以史為鏡，也能為以后的“時光倒流”做準(zhǔn)備。
如果直接輸入git log，輸出的結(jié)果會比較冗雜，不容易把握信息概要，所以一般要加上幾個參數(shù)（--pretty=oneline --abbrev-commit，具體含義請對比不加參數(shù)時的輸出來理解）來美化輸出：
git log --pretty=oneline --abbrev-commit## 90b9f6a (HEAD -> master) add readme file日志顯示，目前有一個commit，90b9f6a是它唯一的hash碼的前幾位（這是隨機分配的，所以你的電腦上的碼一般不會和我的一樣，這很正常），它的message是add readme file，這是我們之前自己標(biāo)注的。另外，后面會說到，HEAD是指向當(dāng)前版本的指針，目前就指在這個唯一的commit上，master是我們目前的版本分支，稱為主分支，也是必須有的一個分支！
git reset)如果我們想回到之前的某個版本，那就要使出殺手锏git reset了，為了方便演示，我們先做點準(zhǔn)備，首先提交之前的改動（即加上I want to learn git!這行字）：
git add readme.txtgit commit -m 'first change in readme'## [master ddafbba] first change in readme## 1 file changed, 1 insertion(+)git status## On branch master## nothing to commit, working tree clean接下來，我們再在編輯器中添加第二行字Git is awesome!，保存。
git diff readme.txt## diff --git a/readme.txt b/readme.txt## index 235024b..76d1c1b 100644## --- a/readme.txt## +++ b/readme.txt## @@ -1 +1,2 @@## -I want to learn git!## \ No newline at end of file## +I want to learn git!## +Git is awesome!## \ No newline at end of filegit add readme.txtgit commit -m 'second change in readme'## [master d63de44] second change in readme## 1 file changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-)這時，整個master分支已經(jīng)有了3個commit了，我們可以查看一下日志：
git log --pretty=oneline --abbrev-commit## d63de44 (HEAD -> master) second change in readme## ddafbba first change in readme## 90b9f6a add readme file這時，我們發(fā)現(xiàn)了最近的提交有誤，需要回到上一個提交的狀態(tài)（hash為ddafbba），怎么辦？
第一種方法，如果只需要回到最近幾次的版本，那么直接移動HEAD指針即可，回退一版：HEAD^，回退兩版：HEAD^^，依次類推；或者用數(shù)字表示：退N版：HEAD~N。
git reset --hard HEAD^## HEAD is now at ddafbba first change in readme此時，版本已經(jīng)倒流到倒數(shù)第二個commit提交后的狀態(tài)，可以查看目錄確認一下。（--hard，顧名思義，硬刪除，把之后所有的改動都刪掉）
第二種方法，如果想要回到很久之前的一個版本，寫^或者~N都不合實際，那么可以用commit id，即hash碼去回退，先用git log去查看之前的commit，找到你想回退的那個版本id，然后reset。比如，上面的例子，也可以這樣操作，注意下方命令行尾的commit id是你想要退回的版本id，來自你電腦上運行g(shù)it log時顯示的值為準(zhǔn)，每個人顯示的是不同的：
git reset --hard ddafbba## HEAD is now at ddafbba first change in readme個人推薦用第二種方式，準(zhǔn)確定位，省去不必要的麻煩！
git reflog + git reset)假設(shè)你把版本倒流了，老板不喜歡，讓你再改回來，咋辦？git一樣能輕松搞定，還是接上面的例子，我們想回到最新的版本second change in readme，首先，得找到這個commit id，git reflog可以記錄你的每一次commit，不論是HEAD之前還是之后，只要你commit過，它就記錄下來了，然后再reset即可指定版本的commit id，如second change(d63de44)，你操作時ID會不一樣，注意修改。
git reflog## ddafbba (HEAD -> master) HEAD@{0}: reset: moving to HEAD^## d63de44 HEAD@{1}: commit: second change in readme## ddafbba (HEAD -> master) HEAD@{2}: commit: first change in readme## 90b9f6a HEAD@{3}: commit (initial): add readme filegit reset --hard d63de44## HEAD is now at d63de44 second change in readme奇妙吧，之前消失的commit又回來了！
說到這里，我想簡要說一下git監(jiān)控的工作原理，我們的myapp文件夾中除了.git以外的地方都是被監(jiān)視區(qū)域，稱為工作區(qū)（working directory），也就是你進行各種操作的地方；剩下的.git文件夾，則是git的版本庫（repo），記錄你在工作區(qū)所作的每次改動，其中又分為暫存區(qū)和分支兩塊。
監(jiān)視流程：你進行了某次改動后，git一開始僅僅只會察覺到，而只有當(dāng)你git add時，此次改動會被添加進版本庫的暫存區(qū)，當(dāng)你再git commit時，暫存區(qū)的改動將會融入到分支（文中為master主分支）中，形成一個版本節(jié)點，與當(dāng)前工作區(qū)保持一致。
前面說完了git的一些基本玩法，接下來再補充一些，能讓你玩得更流暢。
git checkout)add）當(dāng)你在工作區(qū)做了修改之后，還沒有add，發(fā)現(xiàn)不想要了，想恢復(fù)到之前的狀態(tài)。你當(dāng)然可以手動刪除本次的修改，但如果本次改了好幾處地方，你不太記得了，怎么辦？
我們先在編輯器里給readme.txt加一行字：Hello git!，保存。
git status## On branch master## Changes not staged for commit:## (use "git add <file>..." to update what will be committed)## (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)## modified: readme.txt## no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")輸出中提示可以用git checkout指令，我們嘗試一下。
git checkout -- readme.txt再看你的編輯器，這行修改自動消失了，回到了最近的版本狀態(tài)。如果想要撤銷很多文件中的未提交的修改，可以用通配符.來指代所有文件，即git checkout -- .。
其實，
git checkout指令就是用版本庫里的當(dāng)前版本來覆蓋工作區(qū)的版本。
add），但尚未打包（commit）還是上面的例子，我們再把這行字：Hello git!加上，保存，并git add。
git add readme.txtgit status## On branch master## Changes to be committed:## (use "git reset HEAD <file>..." to unstage)## modified: readme.txt同樣，輸出中又貼心的做了提示，可以用git reset指令，我們試一下。
git reset HEAD readme.txt## Unstaged changes after reset:## M readme.txtgit status## On branch master## Changes not staged for commit:## (use "git add <file>..." to update what will be committed)## (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)## modified: readme.txt## no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")注意看，此時的狀態(tài)是不是和第1中情況，尚未拍照add時一模一樣啦，此時你要做的和之前一樣：
git checkout -- readme.txt那行字又神奇的消失了，有木有？
commit）請參考前面的時光倒流一節(jié)，不再贅述。
push到遠程庫你沒救了。。。
git rm）這一次，你不是在文件中做改動了，你想直接刪掉整個文件，我們舉個例子，先在工作區(qū)加一個空文檔test.txt，并提交。
touch test.txtgit add test.txtgit commit -m 'add test.txt'## [master d8a2099] add test.txt## 1 file changed, 0 insertions(+), 0 deletions(-)## create mode 100644 test.txt然后，我們刪掉文件，再查看一下git狀態(tài)。
rm test.txtgit status## On branch master## Changes not staged for commit:## (use "git add/rm <file>..." to update what will be committed)## (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)## deleted: test.txt## no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")Git告訴我們，這一次的刪除操作還尚未提交，這里，我們要轉(zhuǎn)換一下思維，雖然說是提交，但你已經(jīng)刪除了整個文件，如果用add就顯得沒道理了，故而輸出中提示了另一個指令remove——git rm。最后，別忘了也要commit哦！
git rm test.txt## rm 'test.txt'git commit -m 'remove test.txt'## [master 7dcb016] remove test.txt## 1 file changed, 0 insertions(+), 0 deletions(-)## delete mode 100644 test.txtgit log --pretty=oneline --abbrev-commit## 7dcb016 (HEAD -> master) remove test.txt## d8a2099 add test.txt## d63de44 second change in readme## ddafbba first change in readme## 90b9f6a add readme file以上就是Git中的大部分常用指令，還有幾個會在下一講的Github介紹中講到。
廖雪峰的《Git教程》https://www.liaoxuefeng.com/wiki/0013739516305929606dd18361248578c67b8067c8c017b000
學(xué)R學(xué)初階-03-R-Git和Github-1 http://bioinfostar.com/2018/06/15/%E5%AD%A6R%E5%AD%A6%E5%88%9D%E9%98%B6-03-R-Git%E5%92%8CGithub-1/
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