好多童鞋都在研究lncRNA，指望著能出好文章呢，但是現(xiàn)實是錢少時間趕分?jǐn)?shù)要求高，而有的老師還得趕著明年3月就要申請基金了，一點實驗結(jié)果都還沒呢！
為什么說lncRNA越來越難做，一方面是機制研究要求高了，另一方面lncRNA研究工具也在不斷升級。
nanoCAGE、MERFISH、SHAPE、PAR-CLIP是什么鬼？最近師兄打算嘗試一下，就看老板愿不愿意割肉了！
1） lncRNA文章、基金申請
LncRNA的文章也這么多了，灌水也沒那么容易了。
2017年lncRNA相關(guān)的基金項目為421個，總資助金額為1.77億，明年的國自然就得從現(xiàn)在馬上準(zhǔn)備了。
2）LncRNA研究新、老技術(shù)回顧
技術(shù)，不管新老，必定是基于lncRNA的作用模式，都知道lncRNA可在轉(zhuǎn)錄水平、轉(zhuǎn)錄后水平、翻譯后水平參與調(diào)控，具體的可閱讀：國科金寫作，lncRNA的機制該怎么設(shè)計？
今天咱們就看看涌現(xiàn)的高逼格新技術(shù)，師兄看完是一臉懵逼的。
0.往期經(jīng)典lncRNA技術(shù)回顧
咱們前面有一期文章介紹的非常詳細(xì)，你都知道？非編碼RNA研究技術(shù)大盤點。
對RNA-FISH、ChIRP-seq、CLASH、CHART、CLIP-seq、EMSA、RIP技術(shù)做了詳細(xì)的介紹，大家可以看看。
1.首先是找到lncRNA，并預(yù)測作用模式
毫無疑問就是作RNA-seq、RNA MicroArray，發(fā)現(xiàn)新lncRNA。
沒錢做測序或者芯片？沒關(guān)系，可以靠數(shù)據(jù)庫來完成，利用GEO和TCGA的測序和芯片數(shù)據(jù)，找到差異的lncRNA。
最后，找到的lncRNA通過ENCODE、FANTOM、Starbase、lncRNAtargets等網(wǎng)站推測該lncRNA的轉(zhuǎn)錄、機制模式。（如何預(yù)測lncRNA的靶基因？）
新的幾個高逼格技術(shù)往下看↓
2.功能驗證、定位分析的新技術(shù)
研究lncRNA時首先要做功能試驗（過表達和敲減），然后是細(xì)胞定位（locallization），然后根據(jù)預(yù)測的作用模式，開展實驗，例如與RBP結(jié)合等。
①lncRNA轉(zhuǎn)錄抑制：CRISPR/dCas9
最火的基因編輯技術(shù)，問題是刪除了lncRNA的基因，也會影響相同位置的其他轉(zhuǎn)錄本表達，這就比較棘手了。
一個替換的模式是用dCas9，將不具有核酸剪切活性dCas9(deadCas9)與負(fù)責(zé)轉(zhuǎn)錄激活、轉(zhuǎn)錄抑制、表觀調(diào)控和熒光表達等蛋白相融合，可以實現(xiàn)對靶基因的轉(zhuǎn)錄水平及表觀遺傳的調(diào)控
②單分子熒光原位雜交（smFISH）
FISH只能定性，而定量版本就是smFISH，它是一種新的基因定量分析方法，能報告轉(zhuǎn)錄本豐度和空間定位。
③MERFISH（multiplexederror-robust fluorescence in situ hybridization）
MERFISH是一個高度多重化的smFISH成像方法，可以在單個細(xì)胞中鑒定數(shù)千種RNA的拷貝數(shù)和空間定位，可謂高逼格的FISH技術(shù)。
④nanoCAGE
這種技術(shù)實現(xiàn)高通量的lncRNA表達分析以及轉(zhuǎn)錄起點的圖譜分析，2011年由日本科學(xué)家發(fā)明。
⑤PAR-CLIP ( photoactivatable–ribonucleoside- enhanced CLIP)
其依賴了具有光活性的核糖核苷類似物，例如4-硫尿核苷，在活體細(xì)胞中將其插入到新生RNA轉(zhuǎn)錄本中。在365nm紫外燈輻射的細(xì)胞中，光活性的核糖核標(biāo)記的RNA被誘導(dǎo)與RBP相互作用。RNA隨即被轉(zhuǎn)換成cDNA文庫并且進行深入測序。
3.lncRNA二級、三級結(jié)構(gòu)分析
lncRNA可以形成特殊的二級和三級結(jié)構(gòu)來執(zhí)行它們的功能。通過selective 2’-hydroxyl acylation analyzed by primer extension (SHAPE)和in-lineprobing來獲得局部核苷酸柔性。
SHAPE可用于高通量分析，如SHAPE-Seq。
這么高逼格的技術(shù)很花錢，經(jīng)費有限的話就別考慮了，是土豪的工具，一把辛酸淚啊。
老老實實學(xué)生物信息找分子，用普通的FISH和RNAi、WB、Q-PCR發(fā)文章吧。
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